2014年11月13日，Nature出版集团（Nature Publishing Group）首次正式发布全球前200名科研机构与高校的自然指数（Nature Index,简称NI指数）情况。据最新数据显示，南京大学的2014自然指数在世界各大科研机构和高校中排名第38位，在全国高校中排名第3位。
自然指数（NI指数）的数据库追踪了约6万篇优质科研论文的作者单位信息，涵盖全球2万多家科研机构和高校。纳入自然指数的论文取自68种自然科学类期刊，都是被科研人员认定为最好科研成果的期刊。这些期刊由全球在职科学家所组成的两个独立评选小组选出，组长由伦敦大学学院John Morton教授和伦敦国王学院Yin-Biao Sun博士担任。
此外，评选小组还通过一个大规模的全世界各大科研机构与高校的调查对甄选出的期刊进行验证，该调查共收到2800多个回复。这68种期刊约占自然科学期刊总引用量的30%。自然指数正是基于各科研机构和高校在这68种期刊上的发文贡献情况做出的统计。
首个发布的自然指数（2014）的分析是基于上一年度的数据（2013年1月至12月），并聚焦于上一年度全球范围内贡献了最高质量科研论文的国家和机构。其中特别值得一提的是，中国的科研产出和科研质量均在稳步提升，其2014自然指数仅次于美国，位列世界各国第二位。
据Nature出版集团的统计结果显示，南京大学在这68种期刊上的发文表现优秀，其2014自然指数在世界各大科研机构和高校中排名第38位，在全国高校中排名第3位，紧随北京大学（世界排名第22位）、清华大学（世界排名第37位）。
另外，Nature出版集团还发布了化学、物理、生命科学、地球和环境科学四个学科的自然指数前50名的科研机构和高校的名单。在68种期刊中，南京大学在有关化学学科的18种期刊上发文的自然指数位列世界第15位，在全国高校中排名第2位，仅次于北京大学（世界排名第10位）；
在有关物理学科的23种期刊上发文的自然指数位列世界第49位，在全国高校中排名第5位，前四位依次是北京大学（世界排名第18位）、清华大学（世界排名第30位）、中国科学技术大学（世界排名第41位）、浙江大学（世界排名第48位）。
《Nature》执行主编暨Nature出版集团大中华地区总监尼克 坎贝尔（Nick Campbell）说：“自然指数以一种独特的视角反映了中国科研的持续成长，尤其是高质量科研产出的增长……自然指数提供了一个评价科研论文及其贡献机构的新方法。
通过聚焦于研究人员选出的一小部分期刊，我们希望能提供一种新层面的分析，并更有针对性和适应性。我们期望使用者能梳理出科研的模式，关注趋势，分析各项实力，并了解机构和国家如何进行合作。”