师弟一举赢得 qPCR 「最美」曲线,暗藏哪些小心机?

2024-06-01 18:31 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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出人意料,现在做 qPCR 也要「卷」!这不,导师提议举行一次「qPCR 最美曲线」评选大赛,实验群炸开了锅……

小师妹

我这熔解曲线又有杂峰,这不纯纯陪跑嘛!

一世英名毁于一旦,我的阴性质控扩增曲线有翘尾……

大师兄

师弟

看来我胜券在握!不枉我一番苦练啊!

厉害啊,师弟!还有隐藏技能,教教我们呗~

师姐

师弟

那当然,我可是做过功课的,课程也推荐给你们!


qPCR 可是科研人的必备技能,说起 qPCR 的实验经历,几乎人人都能吐槽两句。除了曲线杂乱无章,还有实验重复性差,对照设置错误等等……那么,出现这些问题的原因有哪些?如何解决? 数据如何分析?


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一.常见问题解析


1. 熔解曲线出现杂峰:

1)杂峰在主峰之前,说明存在引物二聚体,建议需要重新设计引物。

2)杂峰在主峰之后,大多由非特异性扩增引起,建议调整稀释倍数、减少引物。

 

2. 扩增曲线抖动,不光滑或没有平台期

可能因为仪器不准或模板不纯。建议进行仪器校准;增大模板稀释倍数。


3. 实验重复性差

1)样本问题:每次实验尽量保证样品部位、处理条件的一致性,确保提取核酸的纯度。

2)技术问题:通过定期校准加样器、配制预混合液、去除气泡等规范实验操作。



二.实验设计中的对照设置


完整的 qPCR 实验设计应包括实验组(处理样本)、阳性对照组(野生型或参考样本)、阴性对照组、空白对照组


其中,空白对照,即未添加模板的 qPCR 体系,用来验证 qPCR 体系是否受到污染。阴性对照,即添加阴性模板的 qPCR 体系,用于排除实验操作导致的假阴性。



三.数据处理(相对定量法)


1.目的基因 Ct 值的归一化:

ΔCt(实验组)= Ct(实验组的目的基因)-Ct(实验组的内参基因)   

ΔCt(对照组)= Ct(对照组的目的基因)-Ct(对照组的内参基因)


2.实验组 ΔCt 的归一化:

ΔΔCt = 各样本的 ΔCt- 对照组的 ΔCt


3.表达水平的差异倍数:2 –ΔΔCt

 

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内容策划:潘成

内容审核:钟可可

题图来源:图虫创意

编辑: 王凯

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