中央财政科技投入是我国研发经费的重要来源，是国家基础前沿研究、战略高技术研究、社会公益研究和重大共性关键技术研究的重要保障。中央财政科学技术支出从2006年的774亿元，增加到2013年的2460亿元，年均增长率约18％。合理、有效地配置和利用好中央财政科研经费，对于提高国家创新体系的效率和效益至关重要。
在科技投入总量和强度都大幅提高的情况下，科技管理方式与快速增长的科研资金还不完全适应，资源配置方式和效率有待进一步提高，我国科研项目和资金管理方面还存在一些问题，主要表现在：科技工作缺乏有效的统筹协调，各类科技计划、专项林立，相互之间边界不清，重复交叉严重，科技资源配置效率不高；科研项目和资金管理还不完全适应科技创新活动的特点和规律，管理不够科学透明，资金使用存在违规违纪现象；鼓励科技创新的政策激励措施还没有落实到位，科研人员的创新热情和创造活力还没有得到充分发挥。
今年3月，国务院出台了《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》，提出了改进加强中央财政民口科研项目和资金管理的具体措施。但是，要从根本上解决中央财政科技投入在优化配置和提高使用效益方面存在的深层次矛盾和问题，还需进一步推进科研经费配置和管理的改革，将科研经费管理改革纳入科技体制改革整体框架，并且需要经济、教育、人事、社会保障等领域的改革与之相配套。建议今后中央财政科研经费管理改革应重点推进以下几方面的工作：
第一，改革竞争性资助和稳定性支持的科研经费配置方式
自上世纪80年代中期启动以减少科研机构事业费拨款、实行科学基金制和课题制为核心的科技拨款制度改革以来，我国中央财政科研经费配置逐渐走上了以竞争性科研经费资助为主导的轨道，无论是科学基金，还是科技部三大主体计划（973、863、支撑），乃至行业部门和地方的各类科技计划，都采取了以竞争性方式立项、课题组长负责项目执行和经费使用的项目资助与管理方式，这种竞争性的科研资助方式对于早期改变计划经济下科研机构效率低下的问题、调动科研人员积极性以及利用好财政有限的科技经费投入等发挥了明显的作用。
但是，经过30多年的发展，继续沿用以竞争性资助为主导的科研经费配置方式，其弊端越来越凸显。一是国立科研机构和大学竞相争取各类竞争性科技计划项目资助，缺乏明确的分工，各自的优势没有得到充分发挥；二是竞争性科技计划的课题和项目周期较短，导致科研人员以短期产出目标为导向，缺乏冲击长期的、战略性、前沿性问题的动力、勇气和条件；
三是为了竞争各类科技计划项目，消耗了科研人员大量无效的时间和精力，真正静下心来用于创新研究的时间十分有限；四是稳定性经费支持短缺，导致科研机构无法自主组织战略性、前沿性、长期性的研究，研究团队和研究人员各自为战，相互之间难以合作交流、攻坚克难。
因此，逐步减少或合并竞争性的科技计划，加大对国立科研机构和大学重要研究基地的稳定支持，应该是下一轮科技经费管理改革的重点。当然，提高对国立科研机构和大学重要科研基地的稳定支持绝不能回到计划经济的老路，必须建立现代科研机构治理体系，建立符合国际惯例的科学、规范、严格的科研机构目标规划、绩效评估和考核机制，对不符合要求的科研机构实行动态调整。
第二，按照科学前沿与基础研究发展特点、国家重大需求和产业创新驱动发展需要，整合、优化国家科技计划
国家应加大对基础研究的投入，加强科学基金、973计划、国家重点实验室专项、国家重大科学基础设施、国家科技基础条件平台、重大仪器研制专项、基础性工作专项等相关计划之间的统筹协调，形成更加合理的“项目-基地-人才-工具”资助格局，建立对大学以竞争性资助为主，对国立基础研究机构、国家重点实验室、国家重大科学基础设施基地以稳定性资助为主的资助机制；
将国家重大需求（如安全、能源、环境、健康、农业等）和产业创新驱动发展市场失灵的需求（如工程和技术科学、战略高科技、重大前沿技术、竞争前技术、基础性、共性技术等）分解为使命导向型研究和战略任务导向型研究，使命导向型的国家和产业重大需求研究应该成为有关国立研究机构的基本定位和职能，采取稳定的经费支持方式；
战略任务导向型研究应该加强顶层设计，确立特定主题、目标明确的重大科学前沿计划、重大前沿技术计划、重大战略性新兴产业技术计划、重大国家需求计划（如人类基因组计划、脑科学计划、纳米科学技术计划、极大规模集成电路装备与制造计划、水资源综合治理计划等），采取竞争性的招标方式，集中全国各系统的优势力量，开展综合交叉研究，有些全球共同面临的问题，可以采取重大国际合作研究计划方式组织实施。
在各类科技计划统筹协调管理过程中，要开放共享项目资助与管理信息，各有关资助和管理部门要加强对大学、国立研究机构及其研究团队、项目负责人承担全部研究任务和科研经费的动态监测和评估，避免在一定时期科研经费过度集中到少数人员和少数团队身上，而造成经费使用中不合理、浪费的问题。
第三，改进对科研人员的收入分配制度和激励机制
推进国立科研机构和高校事业单位科研人员收入分配制度改革，建立与科研人员创造性工作相适应的薪酬分配制度，切实提高科研人员的工资待遇水平。当前科研人员主要依靠绩效工资提高收入水平，而科研机构的绩效工资来源不稳定、没有保障，高校的绩效工资主要靠承担教学任务酬金、发表论文的奖励，难于安心做学问，按现行的国家科研项目经费管理办法，承担国家科研任务的在岗大学教师不能提取课题人员费，无法体现创造性劳动的价值。
建议国家率先在研究型大学和国立研究机构建立教师和科研人员年薪制改革试点，参考效益较好的中央企业或转制院所的标准，结合各单位的实际情况，确定各级人员年薪制的工资标准，研究型大学和国立研究机构稳定支持经费中对于人员经费不足部分，可以从竞争性科研项目经费中提取予以补充，前提是要提高国家竞争性科研项目经费中人员费的比例，视不同类型项目的情况，人员费比例可以提高到30%—50%。
第四，健全大学、科研机构科研经费管理体系，加强对法人单位科研经费管理评估，建立科研人员诚信制度
要进一步健全大学、科研机构科研经费管理组织和制度建设，促进科研经费管理的制度化、规范化与专业化，引进先进管理理念，完善管理组织机构设置，提高管理与服务水平。当前，国内高校、科研机构的科研经费管理一般由单位财务处负责，并没有相应的专门机构负责，人员配备也并不齐全，常常是一人身兼数职，培训网络与培训机制不够健全，管理人员的专业技术水平有待进一步提高，成本分析的管理手段运用较少。
这种科研经费管理水平显然与科研经费日益增长的趋势不相适应，势必会造成科研经费管理上的疏漏和工作不到位。哈佛大学科研项目管理办公室（OSP）的模式可供借鉴，其全面负责，构建“四部七队”的矩阵式管理架构，坚持成本管理理念和专人负责、全环节、全过程管理，并营造出规章制度完备、管理技能与服务水平优良的管理软环境，有效地支持了哈佛大学研究与学术团队开展各项科学研究活动。
同时，有关资助管理部门要加强对大学、科研机构科研经费管理水平和质量的评估，明确法人单位科研经费管理责任制。加强科研信用制度建设，建立科研人员科研信用数据库，有关资助管理部门对科研人员信用进行动态监测、评估与管理。