零基础上手!单细胞测序样本制备、实验流程、文库构建一次说清

2023-09-17 14:31 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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单细胞测序技术是当下研究的一个大热门,不仅在顶尖实验室被广泛应用,就连在大家周围的实验室里,也有不少的研究者开始从单细胞入手,获得研究的进一步突破。眼瞅着别人重量级的成果一个接一个,论文一篇接一篇,自己却还在单细胞研究的门口打转:


「单细胞测序,听起来就高深玄虚,又是表又是图,看不懂」

「师兄最近在做了,和我讲了几遍原理,我连个大概都没听明白」

「导师安排我做单细胞测序,要开肝了,但是完全没有肝的思路啊」

「单细胞测序成本贵吗?我们组是真没钱了」

「都说好用好用,但是单细胞测序技术真的适合我的研究吗?


针对以上问题,丁香园联合瑞沃德开展「单细胞测序全解析:从样本制备、单细胞捕获到文库构建」专题直播,将从单细胞测序技术的基础实操讲起,带大家快速入门上手!报名直播还可申请纳米磁珠细胞分选产品、单细胞悬液制备仪试用,还有蓝牙音响、精美帆布包、钥匙扣等礼品等你来拿~

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同时,课程实时答疑,现场为大家解惑。文内为大家整理了一些常见问题的 Q&A,希望能够解决大家的问题。


单细胞测序常见问题 Q&A

1,如何从零开始我的单细胞测序实验?好上手吗?


单细胞测序的流程包括:单细胞捕获——单细胞裂解——遗传物质的提取扩增——文库构建、测序与数据处理。相对于传统测序虽然更加复杂一点,但是单细胞测序也已经是一项很成熟的技术了。本次课程会为大家做一个单细胞测序的技术详解,在详细为大家拆解了各步骤的原理后,相信单细胞测序技术也不难上手。


2,单细胞悬液制作时,有哪些注意事项:


> 全程无菌操作

> 避开破溃、坏死、液化部位,以防污染

> 尽量去除混杂的结缔组织

> 血细胞/淋巴细胞等注意抗凝

> 血管处理

> 环境温度控制

> 新鲜组织样本建议立即处理,否则需置组织于保存液中,4 ℃ 保存,一般可以维持 72 h。


3,单细胞转录组和单细胞核转录组测序有什么差别?该如何进行选择


两者使用的场景不同,一般优先推荐单细胞转录组,如果样本是冷冻或者大粒径细胞 (直径 > 60 um) ,那就建议提取细胞核。与单细胞转录组相比,单细胞核转录组捕获到的基因总数比减少了约 20%~40%。但在细胞分群上两者数据具有可比性,单细胞核转录组测序具有维持细胞标志物的表达,更容易鉴定罕见细胞群,没有太多应激基因表达等优势,但是免疫细胞捕获灵敏度较低,不太适合进行免疫组库或者针对免疫细胞检测。


4,单细胞悬液制作时总是粘稠,具体是啥原因,该如何解决?


 核酸外溢:大量细胞被裂解后释放大量 DNA,使得细胞聚集粘稠。解决方案:增加酶混合液中 Dnase 酶的浓度。

 组织样本问题:较大的软质地肿瘤组织血管缠绕多。解决方案:降低裂红溶液浓度或者减少裂红时间;取材过程中,仔细剔除血管和残留的血块等杂质,反复漂洗干净肿瘤组织,处理干净非实质的粘膜等。

 消化过度:消化时间过久/酶解试剂选择有误。解决方案:调整酶混合液浓度和酶解时间进行改善,适当考虑加入纯度更高杂质更少的酶

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更多内容报名直播观看,将为大家详细介绍技术的发展,并且会以具体的样本为例,把样本前处理、细胞捕获以及文库构建的内容一一详解,同时,课程实时答疑,现场为大家答疑解惑。单细胞,这次一定为你讲透!



内容策划:潘成
内容审核:朱晓芳

题图来源:图虫创意

编辑: 王凯

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