实验差点白做!PCR 的离谱条带你中招了几个?

2023-08-24 11:35 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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新来的师妹做了一个多月 PCR 实验,条带结果一直不尽人意,连着两周组会都挨了老板批评。想安慰下师妹,结果这周末她居然拜佛去了。


所谓的科研玄学,实验做不出来去拜佛成了当代科研人的选择之一。不过这次得让师妹来拜拜大师兄了!



师妹

师兄,我的 PCR 总失败,要么没条带,要么杂带多、条带不正确。该咋办啊!

我分析了你的引物,设计的不对,容易引起非特异扩增,而且两条引物 Tm 值相差也太大了。我重新教你设计引物吧!

师妹

谢谢谢谢师兄!我的救命恩人呐!


你有没有在实际 PCR 实验中遇到小师妹那样的问题?快来看看下面这些问题是不是对号入座了?


常见问题问答:


1.

无凝胶电泳条带的可能原因:

 反应体系错误。重新配置反应体系确保各种试剂加入的量没有问题。

 DNA 胶问题。DNA 凝胶电泳时加阳性对照

 退火温度不合适。以 2 度为梯度设计梯度 PCR 反应优化退火温度。

 DNA 模板量太少。增加 DNA 模板量。

 引物错误。利用 BLAST 检查引物特异性或重新设计引物。

 DNA 模板中存在抑制剂。确保 DNA 模板干净

模板有复杂结构。加入 DMSO,BSA 或者甜菜碱。可尝试 Touch down PCR。

2.

PCR 产物量过少的可能原因:

 退火温度不合适。以 2 ℃ 为梯度设计梯度 PCR 反应优化退火温度。

 PCR 循环数不足。增加反应循环数。

 延伸时间太短。以 1 kb/分钟的原则设置延伸时间。

 变性时间过长。变性时间过长会导致 DNA 聚合酶失活。

 DNA 模板中存在抑制剂。确保 DNA 模板干净。


3.

有杂带的可能原因

 复制提前终止。使用非热启动的聚合酶时常有发生。冰上准备反应体系或采用热启动聚合酶。

 引物退火温度过低。以 2 度为梯度设计梯度 PCR 反应优化退火温度。

 引物特异性差。利用 BLAST 检查引物特异性或重新设计引物。

 引物量过多。减少反应体系中引物的用量。

 模板量过多。质粒 DNA 的用量应 < 50 ng,而基因组 DNA 则应 < 200 ng。

 外源 DNA 污染。确保操作的洁净。

4.

条带弥散的可能原因

 复制提前终止。使用非热启动的聚合酶时常有发生。可冰水上准备 PCR 反应体系或采用热启动聚合酶。

 模板量过多。质粒 DNA 的用量应 < 50 ng,而基因组 DNA 则应 < 200 ng。

 循环数过多。减少反应循环数至 30。

 引物浓度不够优化。对引物进行梯度稀释重复 PCR 反应。

 引物错误。利用 BLAST 检查引物特异性或重新设计引物。

5.

阴性对照出现条带的可能原因

 检查试剂,枪头,工作台是否存在污染。使用全新的试剂和枪头,对工作台进行清洁。


6.

条带大小与理论不符的可能原因

 污染。使用全新的试剂和枪头,对工作台进行清洁。

 模板或引物使用错误。更换引物和模板。

 基因亚型。对研究的基因进行序列分析和 BLAST 研究。


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寻找那些年一起用过的 PTC

看到了这些多实验技巧和 troubleshooting,是不是你心中也涌起一种冲动,有 PCR 实验的经验想要分享呢。


正好近期 Bio-Rad 已经广发英雄帖,正在诚邀各位 PCR 高手分享自己的独家 PCR 秘籍,参与下面的征集活动就能把iPadipad、APPle Watch、Airpods 等大奖拿到手~


心动不如行动,快拿起你那做 PCR 实验的小手儿扫描下面的二维码~


谨以此次活动怀念那些难忘的实验时光,挥洒的青春汗水,以及那些年我们一起用过的 PTC~


参与对象

中国大陆地区使用过或正在使用 PTC 系列热循环仪的科研人员

 此次活动不含临床医疗机构


活动奖品

评奖规则及作品要求

 参赛作品按 Bio-Rad 评选委员会的打分从高到低进行排序,前 100 名有资格获得相对应的奖品。

 如有同一个参赛者提交多个作品,则以分数最高者为准。

 作品主题:作品需与 PTC 热循环仪、PCR 相关实验流程以及 PCR 凝胶电泳结果有关,图文或视频形式均可,并填写简要的作品描述(如新老 PTC 仪上 PCR 结果的比较、开展 PCR 实验的经历、实验技巧、troubleshooting 经验分享等等)。

 参赛作品需以凝胶电泳结果为基础,并提供证据(如仪器运行照片)以证明是在 PTC 系列热循环仪上完成。

 加分项:提供 PCR 实验细节、特色应用(基因编辑、甲基化、NGS、整合到自动化流程中等等)、已发表的文章等等。

 参赛作品需确保原创。


活动流程


参赛注意事项

 参赛区域为中国大陆地区

 若发现用户并非 PTC 系列(含 PTC Tempo)的真实用户,将取消用户参赛资格

 若参与本活动,则视参赛者同意将提交的所有内容无偿授权我司,Bio-Rad 可对您的参赛作品进行宣传展示、二次利用等,恕不提前通知

 法律允许范围内,我司对本活动拥有最终解释权


免责声明

● 参赛者应⾃⾏确认获得了投稿视频和图⽚的著作权和相关⼈员的肖像权,投稿即表⽰授权活动主办⽅在相关活动及宣传中⽆偿拥有所投稿作品的使⽤权和发布权。

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george_gao@bio-rad.com


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PCR 实验,因 PTC 而精彩~


注:

1. 相关产品仅限科研使用,不作为临床诊断。

2. Bio-Rad 是 Bio-Rad Laboratories, Inc. 在特定区域的商标。


内容策划:邹礼平
内容审核:周育红

题图来源:图虫创意

编辑: 王凯

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