用假 TRIzol 提 RNA 十几次后,怨种我总结了 5 大识别方法

2023-08-19 19:02 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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TRIzol 提取 RNA 虽然基础,但实验结果真的几家欢喜几家愁,失败的场景总是在睡前反复重播。

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谁懂啊,最大的内耗居然是自己!提个 RNA 基本就是盲区狂踩雷而不自知。师兄说 RNA 质量和浓度很大程度决定于 TRIzol 的使用,它是影响实验结果的关键之一!今天带大家从原理到实操一步步详细学习如何使用 TRIzol 提取 RNA,再小的坑也不踩!


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从原理说起:万千试剂,提 RNA 为何用 TRIzol?


1977 年,德国科学家 Axel Ullrich 和他的同事们提出使用异硫氰酸胍(Guanidine Thiocyanate)用于 RNA 的分离纯化。1987 年,Piotr Chomczynski 和 Nicoletta Sacchi 使用了改良的硫氰酸胍-苯酚-氯仿萃取法提取得到样本中的总 RNA。在 1990 年,优化该方法后,推出商业化的 TRIzol 试剂。


TRIzol 试剂进行样本匀浆化后,不但可以破坏细胞,溶解细胞组分,同时还可高效的抑制 RNA 酶的活性,维持 RNA 的完整性。同时 TRIzol 试剂允许按顺序沉淀单一样本中的 RNA、DNA 和蛋白质 (Chomczynski,1993)。


TRIzol 试剂像一把被无数匠人精心打磨过的利剑,帮助科学家们在充满困难的探索之路上披荆斩棘。那么我们在使用 TRIzol 时又有哪些注意事项呢?


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准备阶段:


1. 确保实验环境无核酸酶污染,可以使用 RNaseZap™ RNase 去污溶液(货号 AM9780)去除实验台表面和非一次性物品。


2. 实验过程中,请使用一次性手套和不含核酸酶的一次性枪头和离心管,防止引入核酸酶污染。


3. 准备好相应的实验材料:

a. 提取 RNA:异丙醇,乙醇(75%),0.5% SDS 溶液。

b. 提取 DNA:乙醇(100%),乙醇(75%),0.1 M柠檬酸钠溶于 10% 乙醇,8 mM NaOH,HEPES。

c. 提取蛋白质:异丙醇,乙醇(100%),含 0.3 M 盐酸胍的 95% 乙醇,1% SDS 溶液。


tips

实验环境和实验用品的核酸酶污染是导致 RNA 实验失败的重要因素,做好核酸酶清除工作,使用无核酸酶的实验用品,可以让我们实验事半功倍哦!


实验步骤:


裂解样本


1. 根据不同样本材料在 TRIzol 试剂中裂解并匀浆化样本。

a. 组织:每 50~100 mg 组织加入 1 mL TRIzol 试剂,用匀浆仪对样本进行匀浆化。

b. 单层培养细胞:移除培养基,每 1×105~107个细胞加入 0.3~0.4 mL TRIzol 试剂,反复吹打匀浆化样本。

c. 细胞悬液:离心后弃除上清液,收集细胞,每 0.25 mL 样本加 0.75 mL 的 TRIzol 试剂,反复吹打以匀浆化。


tips

1)在 TRIzol 试剂中可以防止 RNA 降解,故加入 TRIzol 试剂前,不要洗涤细胞。

2)样本体积不应超过用于裂解的 TRIzol 试剂体积的 10%。


2. 孵育 5 分钟,随后每 1 mL TRIzol 试剂添加 0.2 mL 氯仿,盖紧盖子,剧烈混匀。孵育 2~3 分钟。4℃ 下 12,000×g 离心 15 分钟。


3. 此时混合物分离成为三层,如下图,我们需要将对应提取部分吸出进行后续操作。


tips

Invitrogen™ Phasemaker 分层管(货号:A33248,A33249)可在 TRIzol 混合物样品的水相和有机相间形成一层牢固可靠的胶封,使科研人员能够轻松移取 RNA 相。


RNA 提取


1. RNA 沉淀:取尽上层水相,每 1 mL TRIzol 试剂加 0.5 mL 异丙醇。4℃ 孵育10分钟。4℃ 下 12,000×g 离心 10 分钟。此时底部的白色胶状沉淀即为总 RNA 沉淀。弃上清液。


2. RNA 洗涤:每 1 mL 用于裂解的 TRIzol 试剂,用 1 mL 75% 乙醇重悬沉淀。瞬时漩涡震荡,在 4℃ 下 7,500×g 离心 5 分钟。弃上清,RNA 沉淀在空气中干燥 5~10 分钟。


3. RNA 溶解:用 20~50 μL 不含 RNase 的水,0.1 mM EDTA 或 0.5% SDS 溶液,反复吹打重悬沉淀。在 55~60℃ 孵育 10~15 分钟,然后继续下游实验或者 -70℃ 长期保存。


tips

1)如果起始样本很小(106 个细胞或 < 10 mg 组织),请将 5~10 μg 不含 RNase 的糖原作为载体加入到水相中,这样有助于促进 RNA 沉淀。

2)如果 RNA 会在随后的酶促反应中使用,则切勿将 RNA 溶解在 0.5% SDS 溶液中。


DNA 提取


1. DNA 沉淀:完全弃除上层水相,剩余相中每 1 mL 用于裂解的 TRIzol 试剂添加 0.3 mL 100% 乙醇,盖紧管盖,反复颠倒混匀。孵育 2~3 分钟。4℃ 下 2,000×g 离心 5 分钟,沉淀 DNA,移除溶有蛋白质的上清液。


2. DNA 洗涤:每 1 mL 用于裂解的 TRIzol 试剂加 1 mL 含 10% 乙醇的 0.1 M 柠檬酸钠(pH 8.5)重悬沉淀。孵育 30 分钟,偶尔轻轻颠倒混合。4℃ 下 2,000×g 离心 5 分钟,弃上清液。重复洗涤步骤一次。对于 DNA 含量较大的样本(> 200 μg)可以重复洗涤步骤两次。每 1 mL 用于裂解的TRIzol试剂加入 1.5~2 mL 75% 乙醇重悬沉淀,孵育 10~20 分钟,偶尔轻轻颠倒混合。4℃ 下 2,000×g 离心 5 分钟,弃上清液,沉淀风干 5~10 分钟。


3. DNA 溶解:用 0.3~0.6 mL 的 8 mM NaOH 上下吹打重悬沉淀,4℃ 下 12,000×g 离心 10 分钟,转移上清至新管子中。加 HEPES 调整 PH 用于下游应用或用 HEPES 和 1 mM EDTA 调节 PH 至 7~8 长期存储于 -20℃。


tips

干燥 DNA 的时候,不要用真空离心干燥,会影响 DNA 质量以及后续 DNA 溶解。


蛋白质提取


1. 蛋白质沉淀:完全弃除上层水相,剩余相中每 1 mL  用于裂解的 TRIzol 试剂添加 0.3 mL 100% 乙醇,盖紧管盖,反复颠倒混匀。孵育 2~3 分钟。4℃ 下 2,000×g 离心 5 分钟,沉淀 DNA。上清转移至新管中,每 1 mL 用于裂解的 TRIzol 试剂加 1.5 mL 异丙醇,孵育 10 分钟。在 4℃ 下 12,000×g 离心 10 分钟,弃上清液,留蛋白质沉淀。


2. 蛋白质洗涤:每 1 mL 用于裂解的 TRIzol 试剂需要加 2 mL 的含 0.3 M 盐酸胍的 95% 乙醇至沉淀中,孵育 20 分钟。在 4℃ 下 7,500×g 离心 5 分钟。弃上清液,沉淀在干燥空气中静置 5~10 分钟。


3. 蛋白质溶解:加入 200 μL 1% SDS 溶液,反复吹打重悬。4℃ 下 10,000×g 离心 10 分钟,将上清转移到新管中。检测蛋白质浓度并用于下游应用或者长期存储与 -20℃ 中。


tips 

蛋白质溶解步骤中的重悬,在 50℃ 水浴或者金属浴中孵育,有助于沉淀重悬充分。



学习结束,有的同学会说,原理操作我都烂熟于心了,这 RNA 我还是提不好是为什么呀!很有可能问题不出在你,出在山寨 TRIzol 身上!接下来就教大家辨别,看看你买的 TRIzol 试剂真不真。


真假 TRIzol 试剂这样区分超轻松,从此告别当冤种


1

TRIzol 试剂的瓶子大小一般是确定的,如果发现瓶子大小形状和以往购买的不同,则有可能是假货。

2

TRIzol 试剂的标签一般是固定的,条码字体等印刷都是清晰的,如果发现标签形式和以往购买的 TRIzol 不同,标签上印刷粗糙,则很有可能是假货。

3

如果您发现反复试验,得出的结果依然非常不理想,甚至导致实验失败,请注意您可能购买到了假货。

4

TRIzol 试剂的批号在官网都可以查到,如果您购买的试剂,批号在官网查不到,或者在官网查到后发现其他信息如生产日期等和实际不符,您很有可能购买的是假试剂。

5

为了避免购买到假试剂,请选择从赛默飞官网或者赛默飞指定经销商处购买 TRIzol 试剂。如果购买到了假试剂或者对您购买的试剂有疑惑,请及时和我们联系。您可以拨打赛默飞客户(生命科学产品客服电话:800-820-8982 或 400-820-8982)反映情况。如果确认假货,请联系代理商退货,并选择官方渠道购买。



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福利一:赛默飞 TRIzol 大促销


正所谓「冰箱满满,试剂在手,实验无忧」,为了助力科研 er 顺利开启新学期,赛默飞如火如荼展开「开学季促销」活动:


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福利二:留言互动赢好礼


分享你和 TRIzol 的故事,赢好礼。在提取 RNA 的漫漫长路上,很多小伙伴都得到过 TRIzol 的陪伴。那么,你还记得你第一次用的 TRIzol 产品是提取什么样本?有没有遇到什么困难?提取的效果如何?有没有什么有趣的故事?


欢迎文末留言,分享你和 TRIzol 相伴相识的故事。截止 2023 年 8 月 24 日 17 点,点赞前 3 位可获得罗技无线轻音鼠标,点赞数排名 4~10 位可获得乐扣随手杯!




内容策划:王丹琦
内容审核:吴军

题图来源:图虫创意


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编辑: 王凯

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