PCR 不是科学是玄学?实验室被逼到集体去寺庙求佛

2023-08-10 17:31 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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最近天气不错,课题组准备组织一次集体活动,可万万没想到大家的想法出奇一致,就是要去寺庙上香!原因是最近都被 PCR 实验虐到只能拜佛...(文中含惊喜彩蛋 

@ 明天就去庙里上香


PCR 是彻头彻尾的玄学吧!能不能 P 出来全部看命?前几天能 P 出来的东西今天用同样的引物、模板、同样的枪和耗材,甚至连 PCR 仪里的位置都一样就 P 不出来了?PS:为什么没记下当时用的哪盒枪头!

@ 实验室打螺丝


真绝了!一天到晚不停跑 PCR 还是失败。最近做 genotype PCR,要摸退火温度,设置了不同的梯度测试引物的最佳退火温度,结果陷入在反复调整模板上样量、换高保真酶的一系列漩涡中。

@ 热衷排队


别问我为啥每天起早贪黑,问就是在抢 PCR 仪!实验任务催的紧,但实验室人多啊,只能早点去排,要么就晚上加班做,求赶快 P 成功吧!

作为实验室的打工人,在面对最熟悉、最基础的 PCR 时也常常会陷入以下苦恼:


 在 P 出和没 P 出之间随机跳跃

 在无效优化 PCR 体系的过程中疯狂内耗

 在苦等实验室仅有 PCR 仪中起早贪黑


想要做一次完美的 PCR 实验,不仅需要高质量的模板、引物和酶,一个控温准确超靠谱、功能完备、操作方便的 PCR 仪也必不可少。


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注:如发现问卷信息乱填或信息有误,则默认放弃礼品,8 月 20 日活动结束后 15 个工作日内安排寄送礼品。


为了帮助大家通关 PCR,我们也为大家整理了以下知识点供大家学习:




3 个 PCR 常见难题与解决 Tips


常见问题一   非特异性扩增/条带模糊


可能原因: 变性不充分;退火温度过低;退火时间过长


解决方案:如果模板是富含 GC 和具有二级结构的序列时,可适当增加变性时间和温度,使 DNA 有效解离。此外,也可以升高退火温度,提高特异性


最佳退火温度通常比引物 Tm 低 3~5°C,并参考所用 DNA 聚合酶的推荐退火温度。


预实验推荐使用梯度 PCR 仪,以 1~2°C 增量逐步优化退火温度。MiniAmp Plus PCR 仪采用 Applied Biosystems PCR 仪专利的 VeriFlex 模块可精确设置分区温度,真正做到 PCR 梯度优化精确控温。此外,对于长片段 PCR,还可以尝试将延伸温度降低,延伸时间延长来进行优化。

 

常见问题二  PCR 扩增序列错误


可能原因:DNA 聚合酶的保真度较低;Mg2+浓度过高;循环数过多


解决方案:可以选用高保真度的 DNA 聚合酶。如:Invitrogen Platinum SuperFi II DNA 聚合酶(货号:12361010),其保真度高出一般 Taq 酶 300 倍以上,能出色的完成任何对保真度有特殊要求的扩增;其次,实验中按需降低 Mg2+ 浓度可以减少扩增序列错误。


此外,在确保不明显降低目标 PCR 产物的得率时,适当减少循环数。循环数过多可能会增加错配核苷酸的掺入。可以适当增加 DNA 起始量,避免运行过多的循环数。

 

常见问题三  长片段扩增困难


可能原因:所用 DNA 聚合酶不合适;引物用量不足;延伸温度偏高


解决方案:可以适当增加延伸时间。如果是扩增大于 5kb 的 DNA 片段,请注意所选 DNA 聚合酶是否具有长片段扩增能力和合成能力,建议使用专为长片段 PCR 设计的 DNA 聚合酶。如:Platinum SuperFi II DNA 聚合酶(货号:12361010),比较适用于难扩增的靶标,对大于 20kb 的长片段也有很强的扩增能力;


引物用量不足也会导致长片段扩增不出来,可以在最小起始浓度为 0.5 μM,进一步提升引物浓度;


此外,降低延伸温度(如降至 68℃),可以促进引物结合和提高酶热稳定性,提高长片段扩增成功率。

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通过以上常见问题分析以及解决方案我们可以看到,很多令人头疼 PCR 问题都与退火温度、循环时长有关


30 多年来,Applied Biosystems™ PCR 仪以其控温准确, 界面友好的特点,在全球受到无数科学家青睐。MiniAmp Plus PCR 仪是赛默飞首款国内生产的梯度 PCR 仪秉承一贯的可靠、控温准确、界面友好的特点,充分满足各位科研用户对采购国产高性能 PCR 仪的需求。

优点多,很靠谱!


o 体积小巧,同样空间可放置更多


实验室台面拥挤没有位置?不必担心,只有 19 厘米宽的机身可以随意放置。麻雀虽小,五脏俱全,可以满足日常 PCR 的所有功能。前后排风设计,在有限的实验空间可以并排放置更多台 PCR 仪,告别排队等待的苦恼。


o 不担心控温模块表里不一,分区精准控温,高效省时

 

沿用 Applied Biosystems PCR 仪一贯标准,温度校验标准可追溯至美国国家标准与技术研究院(NIST),实现准确控温,稳定可靠。

 

如果您正在优化 PCR 反应,使用 Applied Biosystems VeriFlex 加热模块可以提供更加精确的温度控制,可以更好地确定最佳退火温度。相比传统梯度 PCR 的方法,这种方法可以更准确地确定最佳退火温度,从而节省实验时间。


MiniAmp Plus 加热模块具有 3 个独立的温控区域,您可以同时运行 3 个不同的退火温度,以便在一次实验中确定最佳退火温度,这可以更加高效地优化 PCR 反应。


与传统梯度 PCR 不同,MiniAmp Plus 可独立控制 VeriFlex 加热模块和非 VeriFlex 加热模块运行的变温速率,这使得您可以根据需要调整变温速率,以确保最佳退火温度的精准性。



o 不用担心不会操作,上手超简单


采用灵敏的彩色触摸屏和导航式按钮,即使对于新手,您也可以轻松设置 PCR 程序或管理仪器。此外,我们还贴心提供详细操作说明书与操作指导视频,分分钟上手,无需恳求师兄师姐帮忙。



o 内置模拟模式,实现新旧平稳过渡


此功能可模拟 Applied Biosystems 2720,Bio-Rad T100,MJ Research PTC-200,Takara Dice,博日 XP 等其他型号的热学性能,大大节省程序优化所需时间,无需担心仪器更换影响实验进度。



o 功能完备, 解决后顾之忧


 多重权限账户管理模式, 不用担心程序被其他人修改或删除;

内置 AutoDelta 选项,设置温度或时间随循环递增或递减,用于 Touchdown PCR 或 Long PCR;

高通量联机操控:无需购买软件,允许多台机器在同一局域网内相互连接,并设置由其中一台来操控,可用于通量扩展;

 具有程序覆盖保护功能、自动断电重启、自动休眠、热盖可关闭或调整温度、仪器自检功能、查看运行日志并导出或打印、内置程序模板等功能等。


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内容策划:潘成
内容审核:吴军

图片来源:赛默飞

题图来源:视觉中国

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编辑: 王凯

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