
qPCR 的实验变量较多,操作复杂,尤其最后一步相对定量分析数值计算,可能会花费很多精力,最常用的相对定量方法是 2^-△△Ct 法。
本文梳理 qPCR 数据计算经验,供大家参考!
「qPCR 影响 Ct 值」
的关键因素
模板浓度:模板浓度是决定 Ct 的最主要因素。控制在一个合适范围内,使 Ct 在 15~35 之间。
反应液成分的影响:任何分子的荧光发射都受环境因素影响——比如溶液的 pH 值和盐浓度。
PCR 反应的效率:PCR 反应的效率也会影响 Ct 值。在 PCR 扩增效率低的条件下进行连续梯度稀释扩增,与 PCR 扩增效率高的条件下相比,可能会所产生斜率不同的标准曲线。PCR 效率取决于实验、反应混合液性能和样品质量。一般说来,反应效率在 90~110% 之间都是可以接受的。
无 Ct 值出现怎么办?
检测荧光信号的步骤有误: 一般 SG 法采用 72℃ 延伸时采集,Taqman 法则一般在退火结束时或延伸结束采集信号。
引物或探针降解: 可通过 PAGE 电泳检测其完整性。
模板量不足: 对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。
模板降解: 避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。
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