近几年有关单细胞多组学测序的高分文章越来越多,相关科研进展层出不穷。Nature 杂志曾专栏介绍单细胞组学技术的研究进展,并指出单细胞的多组学时代即将到来[1]。今年 3 月, Nature reviews genetics 杂志在线发表一篇单细胞多组学综述,该文章可以作为单细胞多组学分析领域的新手入门教材,并提供一套单细胞多模态数据分析的最佳实践[2]!
然而,随着技术的发展,单细胞组学技术不断推陈出新,让刚入门的研究人员不知从何下手。例如,不同 scRNA-seq 技术间存在较大不同,很多人并不清楚哪种方法最适合绘制组织、器官和生物体的细胞图谱。
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发表在 Nature Biotechnology 上的一项研究就对目前常用的 13 种单细胞 RNA 测序的方法做了全面的性能评估[3]。综合考虑实验成本及检测能力方面的表现,10x Genomics 的 Chromium 平台依旧是单细胞测序领域优选。但是根据样本的实际情况,选择最适合的实验平台才能高效利用数据、发表高分文章。

13 种 sc/snRNA-seq 方法的对标总结(图片来源:nature biotechnology)
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内容策划:邹礼平
内容审核:朱超敏
题图来源:图虫创意
参考文献:
[1] Perkel JM. Single-cell proteomics takes centre stage. Nature. 2021 Sep;597(7877):580-582. doi: 10.1038/d41586-021-02530-6. PMID: 34545225.
[2] Heumos, L., Schaar, A.C., Lance, C. et al. Best practices for single-cell analysis across modalities. Nat Rev Genet (2023). https://doi.org/10.1038/s41576-023-00586-w
[3] Mereu, E., Lafzi, A., Moutinho, C. et al. Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects. Nat Biotechnol (2020). https://doi.org/10.1038/s41587-020-0469-4