眼看别人肿瘤研究又发顶刊,我却还在找 protocol (有奖调研)

2023-04-26 16:02 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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肿瘤研究一直是基础医学领域和临床医学领域的大热门,然而看着别人的重量级成果一个接一个,论文一篇接一篇,自己却还在为实验头秃:


● 不是样本提取的核酸质量太差,就是找不到测序结果中的差异基因;
● 流式样本制备细胞活性低,多色方案配色搞不定;
● 做WB背景又脏又乱,目的条带没有,杂带倒是一堆;

● 最后想着做个活细胞成像,拍了一天发现大多数细胞都跑路不在视野内,仅剩的荧光还猝灭了……(文中含有奖调研和实验手册免费领)



除了以上问题,如果您对基因编辑构建相关细胞系或 3D 细胞及类器官培养、其他的关于癌细胞相关研究思路或者实验操作也感兴趣,我们准备了肿瘤细胞培养、成像和免疫学研究相关技术手册,供大家免费领取。


同时,为了帮助大家更好的完成肿瘤相关研究,更顺利地在实验上乘风破浪,我们准备了简单的有奖调研活动,点击「阅读原文」扫描下方二维码完成调研,在免费领取技术手册的同时,您还有机会赢取无线蓝牙键盘、凌美笔、nalgene 水杯200 份惊喜好礼哦~


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活动规则

1、参与奖限量 180 份:即日起至  2023 年 5 月 10 日,前 180 名完整填写问卷,经信息核实正确后,就有机会获得 Nalgene 水杯、加湿器、时尚棒球帽、帆布袋、DNA70 周年胸针等好礼(每人或每个手机号限领 1 份,礼品随机发放)


2、幸运奖 30 份:即日起至 2023 年 5 月 10 日,在完成问卷填写者中随机抽取 30 位幸运儿,赢取获得无线蓝牙键盘、凌美笔、无线鼠标!(礼品随机发放)。


3、礼品将于活动结束后 20 个工作日内安排发放。


4、若相关礼品派送完,赛默飞会用等值的其他礼品代替。


5、如发现问卷内容乱填、错误等内容,则默认放弃礼品。

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手册内容抢先看   


今天带大家从基因、蛋白以及细胞三个层次中,挑选了一些癌症相关研究可能遇到的重难点易错点问题进行解答。


♦ 基因 ♦


1. 无法从样本中分离出高质量的核酸


可能原因:样本保存不当或者反复冻融过;组织样本裂解不完全;细胞样本浓度太高裂解不充分;外源核酸酶降解等


解决方法:尽量选择新鲜的样品,不能立即处理的样品应进行低温保存(液氮或 -80℃)或者用保存在类似 RNAlater 的稳定溶液中,避免核酸降解。样品处理时应适量,液氮研磨或匀浆时应充分,使样本裂解完全。尽量使用无核酸酶的实验用品,经常使用核酸酶去污剂清洁,定期对实验室进行核酸酶检测。


2. 无法从复杂的 NGS 数据中挖掘有效信息


可能原因:样本对象不具有代表性;测序深度不够;缺乏生物信息学知识难以对数据进行分析


解决方法:可先确定好目标基因,再针对目标基因进行靶向测序,数据分析模型可参考文献,也可求助于专业人士。


♦ 蛋白 ♦


1. 免疫沉淀靶标检测不到


可能原因:靶标蛋白丰度低或者难分离;靶标蛋白在处理过程中已降解;抗体特异性不高;抗体与 beads 结合效率低,靶标蛋白洗脱效率低等


解决方法:可先通过文献查找,对靶标的丰度进行确认,如果丰度低则可使用高载量的 beads 尽可能的收集靶标蛋白;样本处理应选用温和的裂解试剂,并加入蛋白酶/磷酸酶抑制剂,最大程度保证靶标蛋白的完整性;选择经过 IP 验证过的抗体,并且按照说明书比例进行使用;使用与抗体匹配 beads,或者盲选带有 Protein A/G 的 beads,或者选择不依赖抗体种属的固定方式,比如直接法 IP


2. 体外表达蛋白产量低


可能原因:表达系统不合适;密码子未做优化


解决方法:各类蛋白表达系统各有优缺点可按需选择,例如原核系统载体灵活且成本低,但有些蛋白无法正确折叠,哺乳系统虽然昂贵但表达的蛋白具有高水平的翻译后修饰和折叠,另外在合成时可按照所选系统进行对应的密码子优化。


♦ 细胞 ♦


1. 肿瘤细胞难以进行转染


可能原因:细胞转染后死亡率高;肿瘤细胞对外源 DNA 具有其防御机制


解决方法:使用普通的 PEI 试剂对肿瘤细胞转染效率低下且对细胞伤害性大,可选用转染效率更高且对细胞伤害更小的转染试剂,如 Lipofectamine 3 000 等。


2. 难以构建 3D 肿瘤细胞模型


可能原因:营养需求不同于正常细胞;除去间质使肿瘤细胞失去基质、营养物质及自分泌生长因子;培养条件不合适


解决方法:选择和培养具有代表性的细胞系用于 3D 培养,优化培养条件和接种密度,可使用 Nunclon Sphera 超低吸附培养板促进形成细胞球状体,同时,向培养体系中添加特定的细胞外基质也可以促进球状体的形成。


3. 肿瘤细胞成像做不好


可能原因:活细胞成像易跑焦、易逃离视野;细胞状态不好


解决方法:出现跑焦时,可在机器运行后静置一段时间后再进行拍摄,或者使用自动对焦功能,细胞漂移可选择倍率低的镜头拍摄大的视野。为观察到最佳状态的细胞,应该注意控制染料浓度、激发光强度和二氧化碳浓度、温湿度等环境因素。当然,也可尝试赛默飞 EVOS 智能细胞成像系统,一键即可轻松获取高质量成像数据,从此告别负责成像系统带来的多重困扰。


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● 《癌症研究指南》手册汇集了核酸、蛋白和细胞层面的全流程解决方案,从培养、改造到检测全面助力肿瘤实验到临床方案的探索。


● 《流式细胞分析实验方案》中包含了从样本制备、表型分析及细胞活性凋亡检测的流式实验步骤,使用这本手册,更好地完成流式实验。


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● 《生物标志物定量指南》涵盖了单个和多个生物标志物定量检测的所有可用产品,可用于炎症、癌症、神经生物学、免疫球蛋白同种分型、SARS-CoV-2 血清、心血管疾病、代谢等重要研究领域。


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内容策划:邹礼平

内容审核:吴军

题图来源:图虫创意


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编辑: 王凯

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