3 年前 Nature 发布人类蛋白互作图谱,如今我们能做什么

2023-04-16 18:31 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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许多疾病的发生和进展与二元蛋白质互作的异常相关,特别是在某些癌症、神经退行性等疾病中。如果可以发现更多的异常蛋白并了解其互作机制,就为发现疾病、治疗疾病提供更多线索。


2020 年 Nature 上发布了人类互作组计划成果,「在酵母双杂交系统中,克隆了 17,500 个人类基因,通过 Y2H 一对一的互作验证,共获得了 5W+ 对 PPI,这项工作构建了人类二元蛋白质互作组参考图谱,为人类二元蛋白质互作组提供了重要数据,是很多蛋白质互作数据库的重要数据来源。」


图片来源:文献截图


Fig. 1 | Generation of a reference interactome map using a panel of binary assays


Fig. 2 | Tissue-specific functions are largely mediated by interactions between TiP proteins and uniformly expressed proteins



但美中不足的是,该项工作中每个基因仅构建了一种转录本,而很多疾病组织(如癌症)中的蛋白质可能是来自基因的不同转录本,也可能是来自同一转录本的不同变异形式。


这些蛋白质对疾病的发展非常重要,随着质谱技术的发展,虽然通过 IP/AP-MS 等技术也已经发现了更多的人类 PPIs 数据,但遗憾的是由于很多疾病组织中的蛋白质提取纯化的难度、采用标签抗体又会丢失病理信息等因素,依然存在大量的二元蛋白质互作数据尚未被发现。


例如肿瘤细胞与正常细胞相比,在基因表达、转录和加工等方面存在明显的差异,可能导致不同的 mRNA 转录本在肿瘤细胞中表达量或比例的改变,从而导致肿瘤中蛋白质的表达水平、互作类型发生变化。


因此,深入研究肿瘤组织中这些特异蛋白质所组成的 PPIs 作用,可以更好地理解肿瘤的发生和发展机制,并且为肿瘤治疗提供更精确的靶向策略。


为了促进人类二元蛋白互作的发现进程,建立精准的疾病组织二元蛋白互作数据库,促进靶向疗法发展,寻找这些病理组织中的特异蛋白质-蛋白质互作组十分重要。


欧易生物基于近 20 年的酵母杂交技术服务背景优势,特此发起肿瘤二元互作组计划


以肿瘤相关组织为起始,在特定组织水平上,构建特定转录本的 cDNA 酵母表达文库,利用酵母双杂交筛选技术,发现肿瘤组织中不同转录本间的蛋白质二元互作数据,揭示肿瘤环境中的蛋白质互作全景图。助力深入理解蛋白质功能和细胞生物学过程,并为开发新的治疗方法提供理论基础。


具体活动内容及参与方式详见海报↓

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酵母双杂交技术介绍:

酵母双杂交是利用酵母表达系统,在活细胞内检测蛋白质互作的技术。其原理是基于蛋白质相互作用会导致酵母中转录因子的激活,从而促进报告基因的表达。 

优势介绍:


1. 高通量筛选:酵母双杂交是一种高通量筛选方法,可以通过构建特定组织的 cDNA 文库和文库筛选方式,同时分析多个蛋白质相互作用。


2. 不需要抗体:在活细胞内,利用酵母表达系统,在核酸操作水平上,直接通过酵母生长状态,检测蛋白质是否互作。


不受环境影响:免疫共沉淀的效果受到生理环境、蛋白纯化环境等因素的影响。而酵母双杂交则不受这些因素的影响,因为该实验方法是在活细胞内检测蛋白质互作的,互作水平更接近真实的生理水平。


酵母双杂交与免疫共沉淀技术比较

注:建议结合多种技术进行研究,有助于获得更全面、准确、可靠的互作数据。


欧易生物已构建完成的肿瘤文库


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电话:400-808-5350/021-34781616 

邮箱:market@oebiotech.com

地址:上海市闵行区联航路 1188 号 25 号楼欧易生物总部 


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内容审核:潘成
项目审核:周育红

题图来源:图虫创意

编辑: 王凯

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