2022 年，Endicott 等人[1]在 Nature Commun 发表了一篇文章提出 DNA 甲基化的缺失是诱发癌症的一个重要成因。简单来说，部分甲基化结构域（PMD）中 DNA 甲基化的缺失，基因组中连接到核膜的晚期复制区域，正常组织中随着年龄的增长而进展，在癌症中进一步加剧。实验表明这种 DNA 低甲基化直接由增殖相关的 DNA 复制驱动。在 PMD 中，富含 T 的直接环境（PMD 单独的 WCGW）中低密度 CpG 的 DNA 甲基化缺失追踪了原代细胞培养中的累积种群倍增。细胞周期减速导致 DNA 低甲基化率成比例下降。
而其中，原癌基因甲基化水平降低，抑癌基因和 DNA 修复基因由于超甲基化而沉默，这会使得癌细胞增殖的指令加强，导致细胞的增殖不受控制，在不断的增殖过程中形成更大的组织-肿瘤。
早在 2020 年复旦大学研究团队就发现一项名为 PanSeer 的新型肿瘤检测技术（通过不同癌症类型中异常的甲基化的基因组区域来检测肿瘤的发生），能够比常规检测早 4 年检测出癌症[2]。
因此，特定基因的甲基化可以作为肿瘤筛查的指标。
那我们该如何最大程度利用 DNA 甲基化来辅助科研？找对渠道很关键！
你还在为构建游离 DNA 甲基化文库而烦恼嘛？美国 ZYMO RESEARCH 公司为您提供了从游离 DNA 提取，纯化，甲基化修饰到文库构建的一整套解决方案。
Zymo-Seq™ Cell Free DNA WGBS Library Kit 为从游离（cfDNA）制备全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）文库提供了优化和可靠的工作流程。这个通用试剂盒操作流程简单，快速上手，低至 5 ng 的 cfDNA 也能轻松制备高质量的甲基化测序文库，完成只需三个基本步骤：亚硫酸氢盐转化、直接接头连接和 PCR 扩增。
基本原理
初始的亚硫酸氢钠处理对 cfDNA 是温和的，而且转化任何未修饰的胞嘧啶为尿嘧啶的效率非常高。创新的拼接接头捕获 Illumina 兼容的接头并将其直接连接到任何大小片段的 DNA 片段上，从而可以对微量、受损和 DNA 片段进行测序，否则这些片段可能会被传统的文库制备方法丢失。接头的直接连接还消除了对第二链合成、末端修复和 dA 拖尾步骤的依赖，从而通过保持片段末端存在的任何原始甲基化的完整性来减少偏差。最后，通过使用 Zymo Seq UDI 的 PCR 对连接接头的 cfDNA 进行 index 扩增，生成可在任何 Illumina 仪器上测序的文库。
特点
对于小片段样品处理最理想的选择：适用于小的或损伤的 DNA 片段例如游离 DNA（cfDNA）。
准确的甲基化响应：基于直接连接接头的操作步骤，可以准确读取甲基化的每个 DNA 片段读长。
简化的工作流程：只需 3 个步骤即可准备强大的甲基化测序文库。
优化和简单的工作流程
高质量的 cfDNA 甲基化文库
（左右滑动查看）
采用 Zymo-Seq™ Cell Free DNA WGBS Library Kit 制备多个 cfDNA WGBS 文库。Agilent 4200 TapeStation HS D1000 文库凝胶分析。（样品取自健康和癌症供体血浆中提取的 cfDNA）。A1 是对照。B1 是从 59 岁的健康供体中制备的文库。C1 是从 66 岁的癌症非小细胞肺癌供体中制备的文库。D1 是从 69 岁的腺癌组织中制备的文库。所有文库输入的 cfDNA 起始量都是 5 ng，并在 9 个指数 PCR 循环中扩增。
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福利来袭！
即日起至 2023 年 4 月 14 日，热门产品免费试用，数量有限，快来查看！
免费试用：游离 DNA 提取试剂盒（磁珠法)
数量：20 套（每个实验室只能领取 1 套）
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游离 DNA 提取试剂盒（磁珠法）
※ 可从 10 ml 以内的血清/血浆、1 ml 以内的羊水或脑脊液中提取到高纯度的游离 DNA。
※ 获得的 DNA 产量高、纯度好，可以直接用于酶切、PCR、高通量测序等分子生物学实验。
※ 采用创新的化学修饰磁珠完美的结合游离 DNA。
线性相关性
※ 三种不同输入体积的游离 DNA 提取
※ 输入量与回收率呈线性相关
简单的工作流程
※ 可手动操作完成整个提取流程
※ 兼容主流「开放」自动化平台实现自动化提取
简单、开放、快速的流程，易于在任何自动化平台或实验室工作台上使用。
广泛的样本兼容性
兼容的采血管
· K2EDTA·Streck-DNA · K3EDTA · Na2EDTA · 柠檬酸钠 · Na-F/K-草酸钠
兼容
· 血浆 · 血清 · 唾液 · 尿 · 脑脊液 · 羊水
不兼容
· 肝素 · 滑膜液
免费试用：血浆 cfDNA 提取试剂盒（离心柱）
数量：20 套（每个实验室只能领取 1 套）
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游离 DNA 提取试剂盒（离心柱）
· 可从 10 ml 以内的血清/血浆，1 ml 以内的羊水或脑脊液中提取到高纯度的游离 DNA。
· 获得的 DNA 产量高、纯度好，可以直接用于酶切、PCR、高通量测序等分子生物学实验。
采用游离 DNA 提取试剂盒从不同体积血浆中提取到的游离 DNA 与 Q 公司游离 DNA 提取试剂盒进行对比。
采用游离 DNA 提取试剂盒（磁珠法）从不同体积的血浆中提取到的游离 DNA
使用游离 DNA 提取试剂盒从孕妇血浆，羊水，脑脊液中提取到的总 DNA（包含高低分子量的）
关于简石生物：
简石生物技术是一家集医用耗材生产，体外诊断试剂，医疗器械生产于一体的高新技术企业，公司研发基地位于北京，生产基地位于浙江，拥有 6 000 平方米的十万级净化厂房，通过 ISO13485 等体系认证，产品获得 CE，FDA 认证，远销欧美等二十多个国家。
内容策划：潘成
内容审核：邱天天
题图来源：图虫创意
参考文献：
[1] Endicott, J.L., Nolte, P.A., Shen, H. et al. Cell division drives DNA methylation loss in late-replicating domains in primary human cells. Nat Commun 13, 6659 (2022). https://doi.org/10.1038/s41467-022-34268-8
[2] Chen, X., et al., Non-invasive early detection of cancer four years before conventional diagnosis using a blood test. Nat Communications, 2020. 11(1): p. 3475.
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