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凡混入细胞培养环境中对细胞生存有害的成分和造成细胞不纯的异物都应视为污染，细胞污染不能完全被消除，但能减少其发生的频率和后果的严重性。
细胞污染根据污染源主要可以分为物理性，化学性和生物性污染。细胞污染一般可分为微生物污染和真核生物污染。其中微生物污染包括真菌和酵母、细菌、支原体等。而真核生物一般是细胞系间的交叉污染。
细菌、真菌或酵母的污染很容易辨识，直接可通过培养基颜色变化、显微镜下观察便可判断。如细菌污染后细胞培养基变黄色，而且镜下有小黑点，且有规律的运动。
而酵母污染后培养基变紫色，镜下可见透明、且连成一串的圆形。但如果是支原体污染的话，由于最开始支原体生长缓慢，而且显微镜下难以看出，因此很难发现。
真核细胞污染是指一种细胞污染了另外一种细胞，主要发生在操作不当，尤其是长时间进行某些细胞系的研究而传代时。目前越来越多的科研人员发现了细胞间污染这一被忽略的问题。据不完全统计，约有 15～20% 的细胞存在细胞间污染。
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