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师姐,我想做吸烟未患癌人群跟吸烟患癌人群的基因差异分析,但是做全基因组重测序费时费钱,数据量大分析起来慢,测序深度不够的话有弱差异会检测不到。
可以把文献报道过的吸烟患癌会突变的基因区域富集出来,用靶向测序试试。
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靶向测序能解决我的问题吗?
靶向测序深度足够,准确性也高,而且跟全基因组测序相比,相同预算下可以增加很多样本量!导师肯定能通过~
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那可太好了,我去查查资料。
在液相杂交体系中,将靶区序列捕获出来再通过 PCR 扩增进一步富集,即得到 NGS 文库。然而,文库构建过程中会引入大量的非靶区 DNA 序列,如重复序列、接头和标签序列等。这些序列会干扰探针和靶区的结合,引入大量非特异性捕获,从而导致捕获效率降低。因此在靶向捕获过程中,需要将非靶区 DNA 序列进行封闭,阻断文库之间的串联反应发生,提高数据利用率。
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图 1. 液相杂交捕获流程
Human Cot-1 DNA 是液相杂交捕获中常用的封闭试剂,来源于人胎盘中提取的基因组 DNA,为人基因组中长约 50 至 300 bp 的高度重复序列,能够方便、有效地对探针或待检测样品的核酸序列中的重复序列进行封闭,屏蔽重复序列,从而避免核酸杂交过程中非特异性杂交信号的干扰,以便增强核酸杂交的效果,最终实现对检测核酸样本中的核酸序列的有效捕获,起到「封闭(block)」的作用。
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图 2. 使用 Blocker 消除非特异性捕获
产品应用
● Northern 杂交
● Southern 杂交
● 原位杂交(组织原位杂交、体细胞原位杂交、荧光原位杂交)
● 液相杂交捕获
● 可用作文库筛选探针来筛选体细胞杂合体文库和由体细胞杂合体组成的流式分选染色体文库。
产品优势
● 质控严格:使用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测产品大小和纯度,保证平均片段大小在50~300 bp;A260/A280在1.8~2.0。
● 高纯度:无 HIV1、2 RNA, HCV RNA, HBV DNA 污染。
● 提供工业级大包装:可按要求进行不同规格定制。
了解更多产品信息可详询 136 6667 3257(林经理)
内容策划:王丹琦
内容审核:朱晓芳
文中图片来源:舒桐
题图来源:图虫创意
参考文献
[1].Bao P, Frutos A. G, Greef C, et al. Anal Chem (2002) 74:1792-1799.
[2].Tang Y M, Wo Y Y, Stewart J, et al. J Biol Chem (1996) 271:28324-28354.
[3].Trifonov V.A, Vorobieva N.N, Rens W. Springer (2009): FISH With and Without COT1 DNA.
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