
PCR 反应特异性扩增的一个关键条件是引物的正确设计。使用不合适的 PCR引物容易导致实验失败,表现为扩增出目的带之外的多条带(如形成引物二聚体带),不出带或出带很弱等等。
目的片段的获取
设计引物取决于待扩增的目的片段。在 NCBI 首页的搜索框的下拉菜单中选择 Gene,再在对话框中输入目的基因的名称;选择对应的来源之后,选择对应需要的亚型,将其编码基因的 CDS 区域保存。
如何用 NCBI 设计 PCR 引物
引物设计
在进行引物设计之前,首先大家都应该了解引物设计需要注意的一些细节与原则,归纳如下:
1. 引物长度:PCR 的特异性通过引物长度和退火温度控制,一般在 15~30 碱基之间。
2. G+C 含量:G+C 的含量一般控制在 40-60% 左右。
3. 碱基随机分布:为避免 PCR 产物的突变,一般不建议 3' 端连续相同的碱基,并且目的片段的某一序列连续多个相同碱基的位置,极容易出现突变。
引物设计原理与方法
PCR 引物设计的 11 条黄金法则
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