转录组测序(RNA-Seq)作为一种高效、快捷的转录组研究手段,在发现新转录本、识别选择性剪接基因、检测等位基因特异性表达等研究中承担起了重要作用,已经被广泛应用于生物医学的各个领域,虽然二代测序高通量、快速且低成本的特点使其成为越来越多研究者的首选,但在实际应用中也会遇到各种各样的问题,比如
➣ 面对不同的样品不会收集和处理;
➣ 转录组测序中存在的系统噪音和偏差无法去除;
➣ 文库浓度过低想要改进却无从下手;
➣ 差异基因的筛选阈值不会定,样品间差异大小不会判断
……
你是否也遇到上述问题难以解决?或者是在自己的课题里加入转录组测序分析时,不知该从哪入手?
为了帮助大家从零基础到掌握转录组测序技术,2022 年 12 月 27 日(周二)15:00 ,丁香园联合诺唯赞生物开展「从原理到应用,带你全面了解转录组测序」的线上直播课程,本次课程将带领大家学习转录组测序的背景介绍、技术流程及案例分析,在实际案例中手把手教学转录组测序。识别下方二维码即可报名参与,准时观看直播更有机会赢取蓝牙耳机、电动牙刷、感应洗手机等上百份精美礼品!
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另外,本次直播我们也会针对大家在转录组测序中常遇到的问题进行解答,如果您也有问题亟待解决,可以在直播间提问。先来分享两个常见问题的原因,想了解更多、更完整的答案可以关注本次直播~
1. 文库进行 Agilent 2100 Bioanalyzer 质检,发现产生双峰,产生的原因可能有哪些?
1
非特异性扩增
2
样本特殊性
3
打断剧烈
2. 转录组测序后再使用 qPCR 验证但结果不一致,产生的原因可能有哪些?
由于 RNA-seq 与 qPCR 本身就是两种不同的实验平台,技术及表达量计算原理存在差异,两者不完全一致是正常现象。一般是挑选大量的基因(>= 15)验证,两者的结果从统计学上来说存在较高的相关性(R2 > 0.8)即验证成功,结果出现不一致可能的原因有:
1
没有使用与转录组测序同一批的样本进行 qPCR 验证
2
选取的基因表达量较低或差异不显著
3
qPCR 实验的实验方案、引物设计。比如设计引物是否考虑多转录本的情况,如该基因对应多个转录本,则可能有偏差
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内容审核:邹礼平
项目审核:朱卿
题图来源:图虫创意
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