绷不住了,接近完美的 qPCR 曲线,结果竟然是错的?

2022-12-15 19:01 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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作为实验室的小白,我时常羡慕师兄设计的 PCR 引物在测试之后没有点杂峰。



时常也会惊叹,为什么他们就能做出这样完美的标准曲线,扩增效率接近 100%?



我也做到了!一周做了快十次 qPCR,终于拿到了接近完美的单峰熔解曲线!结果组会上还是被导师看出了问题,熔解曲线虽是单峰,但不尖锐,可能会存在大小相近的非特异性产物。



qPCR 折磨了一个又一个的实验人,好的结果像海市蜃楼一样可望而不可及。为帮助大家更好上手 qPCR 实验,拿下每个细节点。2022 年 12 月 21 日(周三) 14:00~15:00 ,丁香园联合 qPCR 界老法师 Bio-Rad 将举办「伯」采众长,解码基因系列课程第二讲,本次直播邀请到 Bio-Rad 资深应用专家滕希将带来主题为【一个成功的 qPCR 实验需要关注这 2 个关键点——Assay 的优化与验证】的在线课程直播。

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一个成功的 qPCR 检测需要高的扩增效率和高特异的扩增,而 PCR 检测的效率、特异性会被引物和目标序列所影响,选择目标序列和设计引物时必须慎重。同时设计好的 assay 性能究竟如何,检测结果是否可靠可重复,也需要用实验数据来说话,所以要进行 assay 的优化与验证。Bio-Rad 将在「伯」采众长,解码基因第二期直播中,带你系统学习 qPCR 的 assay 设计、优化以及验证。

课程内容预告:


1、在反转录阶段如何选择合适的反转录引物策略和反转录试剂;
2、重点关注 qPCR 扩增阶段引物探针设计的注意事项;
3、如何通过熔解曲线、标准曲线和温度梯度功能等实验的设计来优化;
4、如何验证 assay 的特异性、灵敏度、最佳退火温度、扩增效率等;
5、如何优化多重 qPCR 实验的设计方案。

课程亮点抢先看:


知识点 1:探针设计有哪些基本原则?


1. GC 含量 40~60%,长度一般 20 bp 左右。过长会影响淬灭效率,导致荧光本底较高,过短则导致特异性下降;


2. Tm 值一般比引物的要高 5~10℃;


3. 5’ 端不能安置 G 碱基。G 碱基本身具有荧光淬灭的特性,会导致荧光基团被切掉后也无法发出荧光。


知识点 2:如何通过熔解曲线的分析非特异性扩增?


qPCR 产物大小在 75~200 bp 之间,其熔解温度约为 80~85℃。首先观察熔解曲线,在非单峰的情况下,说明有非特异性扩增出现。此时观察峰值出现位置,如果在 85℃ 以上出现波峰,可能为错配导致的非特异性扩增。如果在 80℃ 以下出现波峰,一般考虑是引物二聚体。


知识点 3:反应扩增效率过低,可能存在的原因有哪些?


1. 引物探针设计不好或扩增子具有二级结构;

2. 温控反应条件不合适;

3. 试剂、酶无活性或活性降低;

4. 移液、稀释、加样误差;

5. 标准曲线动态范围窄;

6. 样品抑制,抑制剂等。

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注:* BIO-RAD 是 「BIO-RAD LABORATORIES, INC.」 在特定区域的商标。* 本产品仅用于科研用途,不用于临床诊断。
内容策划:王丹琦
内容审核:钟可可
题图及文中图片均来自伯乐

编辑: 王凯

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