2 步,做出强迫症都满意的 qPCR 曲线

2022-12-09 18:07 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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本文作者:多伦多大学 postdoc 木兰
最近常常在实验室看见闷头处理数据的小师妹,原本朝气蓬勃的小美眉,这几天跟霜打了的茄子一样。
做师姐的不免上去问问缘由,结果发现是 real-time PCR,实验进展不顺利。



一、谈谈引物二聚体为何出现
小师妹碰到的引物二聚体问题是 QPCR 实验中最常见的问题之一。其原因是引物对之间的部分序列存在同源性。
怎么判断自己的 QPCR 出现了引物二聚体?
可以用熔解曲线(又称解离曲线)和凝胶电泳来完成。熔解曲线,是结合染料的双链DNA解离或「熔解」成单链 DNA 时,观察到的荧光强度的变化,比如小师妹做的这张图:

(熔解曲线:real-time PCR handbook from ThermoFisher)
如果扩增特异性良好,则解离曲线将出现一个较窄的单峰。而引物二聚体的荧光强度较低,呈较宽较低的「波形」(见师妹熔解曲线图中,在 70°C 左右)。
NTC 扩增了又是怎么一回事?
而 NTC 是指无模板对照——即用水代替荧光定量 PCR 反应中的核酸。其他的试剂按比例正常加入,用于监测反应体系中的污染。正常情况下,NTC 孔中不会有扩增 NTC 孔出现扩增时,则预示体系中可能有污染。
(扩增曲线:图来自real-time PCR handbook from ThermoFisher)
那引物二聚体的问题,怎么解决?能避免么?


二、引物二聚体解决方法
首先,最好在引物设计阶段就能采取简单的预防措施,从一开始即避免二聚体的形成。有许多方法可以减少或消除反应中的引物二聚体。

我们列举了 5 种常见方法解决引物二聚体

点击下方卡片立即查看

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听了师姐的讲解还是担心做不好?毕竟还有那么多坑呢,常见的不常见的,简直「坑死了」。
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活动时间:12月 8 日~12月 25 日

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*说明:

1、活动最终解释权,归丁香实验所有

2、所有活动数据公平公正公开,任何违规操作刷榜行为,一经发现,将取消活动参与资格,并封禁账号,请诚信参与活动

3、活动奖励,将在 12 月 28 日活动结束后 14 天内,统一安排寄送,请耐心等待

4、此次活动奖励:前 50 位发布提问可获得实验笔记本 1 本;成功发布 2 个提问可获得护目镜一个成功发布 3 个提问可获得科研顺利帆布袋一个(限量 20 个先到先得,与护目镜奖品不可兼得)。


作者丨木兰策划|杰西图片|丁香实验设计团队

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编辑: 王凯

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