我真的「栓 Q」!DNA/RNA 又降解了!问题原来不在实验操作上

2022-09-15 03:04 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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群主@ RNA 再降解我就不吃炸鸡:

做了一天的核酸提取实验又失败了,18S 没有任何条带。大家平时是怎么做的啊?有没有什么绝技~

 

@细胞实验室梅超风

可能是外源性 RNA 酶的影响,实验室里的毛发、灰尘、唾液都会有影响,甚至你呼出来的气。针对它们我们应该戴好帽子、口罩、橡胶无菌手套,在超净台里提取 RNA。

 

@5S18S28S 我都要

酒精我都喷倦了!提一次 RNA 我前后换四五次手套,而且一直都小心翼翼的,震荡的时候像照顾我女朋友一样温柔,生怕把核酸破坏了,就这样核酸还是会降解。

 

@生化专家 1314

是啊,我们实验室用的枪头和 EP 管用的都是进口无菌的,但是提取出来的核酸还是经常降解,根本不知道问题出在哪里......


做核酸提取实验的时候,采集样本必须保持样品的完整性,不正确的操作或者不合适的保存方法会直接影响下游核酸提取的质量。核酸降解是指 DNA/RNA 分子中的碱基和戊糖间的氮糖苷键,或者磷酸二酯键发生水解,导致 DNA/RNA 链发生断裂。核酸降解的原因主要有三种:物理因素、化学因素、和生物因素。


核酸降解原因

物理因素

化学因素

生物因素

高温,辐射,机械剪切力,反复冻融

过高或过低的 pH 值,氧化反应

核酸酶/核苷酶,微生物污染


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其实很多时候核酸降解不一定是提取过程上出的问题,样品的收集和保存同样重要。我们总结了下面三种策略可以进一步保护核酸样本,守护大家的实验成果。



1. 简化纯化和保存流程


缩短纯化流程同时简化保存方法,用较短的时间操作,减少过程中的核酸降解。ZYMO RESEARCH 与简石生物开发了 DNA / RNA Shield™ 试剂, DNA / RNA Shield™ 可稳定核酸而无需冷藏(-80°C),即使在室温下也可保护样品长达 30 天,很好的保护 DNA / RNA 在采样时的状态。该试剂与所有 Zymo Research 或简石生物提取试剂盒兼容,且不需要在样本处理前将其去除。只需将结合试剂添加到 DNA / RNA Shield™ 中的样品中,然后进行纯化(图 1),能够大大简化了样本收集和核酸提取的过程。


图 1:来自受 DNA / RNA Shield™ 保护的样品的简化工作流程,然后通过 Zymo Research 或简石生物的 DNA 和 RNA 提取试剂盒进行纯化。


DNA / RNA Shield™ 还可应用于多种采集容器,以最好地满足不同的样本需求:血液收集管,粪便收集管,裂解管或拭子采集管等。只要确定好您的样本类型,就会有专门的采集套装。



2. 维持环境稳定,防止反复冻融


时间、储存温度和反复冻融都会导致样品稳定性问题。但是,DNA / RNA Shield™ 可以对样品提供保护,防止这些变化。通过在常温环境下稳定 DNA 和 RNA,DNA / RNA Shield™ 无需复杂的储存条件和专门的样本采集流程。并且,在较低温度下储存的样品也受到保护,免受冻融的负面影响(图 2)。因此,无论储存条件如何,添加了 DNA / RNA 保护剂的样品可以很好的反应采集当初的原始组成。


图 2:由 DNA / RNA Shield™ 保护的全血样品冻融后总 RNA profile 稳定。


全血样品+/- DNA / RNA Shield™ 经历 > 2 次冻融循环。随后使用 Quick-RNA™ 全血试剂盒纯化总 RNA 并通过跑胶分析。


DNA / RNA Shield™ 可裂解细胞,使核酸酶失活,并用化学方法稳定核酸。例如,从 DNA / RNA Shield™ 中储存的血液中纯化的 DNA 和 RNA 的分析显示,在环境温度下,在长达 30 天的储存过程中,DNA 或 RNA 水平没有变化(图 3)。


图 3:血液样品中的 DNA 和 RNA 在环境温度下,随时间在 DNA / RNA Shield™ 中有效稳定。


图表显示了从用于 DNA / RNA Shield™ 的血液样品中分离的 RNA 在不同时间点,针对各种常见靶标的(RT)qPCR 结果。样品一式四份。



3. 保持样品微生物组成


对于特殊样本,需要维持样品内微生物的组成。通过粪便样品的微生物组成,可以容易地观察到 DNA / RNA Shield™ 的作用。如果没有合适的保护,就会引入高度的变异性和偏差,其中一些细菌生长,而其他物种不生长。然而,当 DNA / RNA Shield™ 添加到样品中时,微生物特征会随着时间的推移而保留,并防止任何变化或偏差(图 4)。尽管有反复冻融,但它仍然提供了一种简单有效的方法,可以在不同温度下稳定 DNA 和 RNA。


图 4:DNA / RNA Shield™ 保存的粪便样品的微生物组成与未受保护的样品相比。


粪便样品的微生物组成(由不同颜色表示)在环境温度下随时间储存,添加和未添加有 DNA / RNA Shield™ 保护。用 ZymoBIOMICS® DNA Miniprep Kit 提取 DNA,然后进行 16S rRNA 靶向测序。 


图 5:添加了 DNA / RNA Shield™ 可有效灭活病原体  


病毒、细菌和酵母可添加了 DNA / RNA Shield™ 与模拟样本(添加了 PBS)处理 5 分钟。随后滴定通过噬斑测定(PFU)或生长测定(CFU)测定。


该产品包含 DNA/RNA Shield,已获得美国疾病预防控制中心认证,无需担心样本降解,可在采集地保留样品的基因完整性,以进行敏感的下游分析(例如:下一代测序,RT-PCR 等);可保证样本在常温运输中核酸的稳定,无需冷链运输或特殊的设备,任何类型的样本都可以存储在采样管的 DNA / RNA 保护剂中;可有效裂解细胞,灭活各种核酸酶和传染性微生物(病毒、细菌、真核生物),兼容各种样本保存套装。 


图 6:保护剂被美国 NASA(航空航天总署)选为太空实验的样本保存方案


提取保存在保护剂中的样本化


无需去除保护剂

与所有提取试剂盒兼容

完全自动化(推荐简石生物磁珠法试剂盒)


搭配仪器



搭配耗材


血液收集管

微生物和组织裂解管  

粪便收集管

口腔拭子收集管

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新冠期间 ZYMO RESEARCH 的免提取病毒保存套装为战胜疫情赢得了宝贵时间。



如需试用可与我公司联系。


部分产品



疫情期间简石生物积极承担企业社会责任,密切关注疫情进展,员工加班加点生产,全力保障前线的试剂供应,全力支持前线防疫抗灾团队。其中样本保存液,一次性使用采样拭子,病毒核酸提取试剂盒已发往省市疾控中心,疫区一线医院,第三方检测机构等单位助力疫情。


关于简石生物


简石生物技术是一家集医用耗材生产,体外诊断试剂,医疗器械生产于一体的高新技术企业,公司研发基地位于北京,生产基地位于浙江,拥有 6,000 平方米的十万级净化厂房,通过 ISO13485 等体系认证,产品获得 CE,FDA 认证,远销欧美等二十多个国家。



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内容策划:王丹琦
内容审核:邱天天

题图来源:图虫创意


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编辑: 王凯

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