2 步,做出强迫症都满意的 qPCR 曲线

2022-07-16 15:30 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:丁香实验
字体大小
- | +
本文作者:多伦多大学 postdoc 木兰
最近常常在实验室看见闷头处理数据的小师妹,原本朝气蓬勃的小美眉,这几天跟霜打了的茄子一样。
做师姐的不免上去问问缘由,结果发现是 real-time PCR,实验进展不顺利。


谈谈引物二聚体
为何出现
小师妹碰到的引物二聚体问题是 QPCR 实验中最常见的问题之一。其原因是引物对之间的部分序列存在同源性。
怎么判断自己的 QPCR 出现了引物二聚体?
可以用熔解曲线(又称解离曲线)和凝胶电泳来完成。熔解曲线,是结合染料的双链 DNA 解离或“熔解”成单链 DNA 时,观察到的荧光强度的变化,比如小师妹做的这张图:

(熔解曲线: real-time PCR handbook from ThermoFisher
如果扩增特异性良好,则解离曲线将出现一个较窄的单峰。而引物二聚体的荧光强度较低,呈较宽较低的“波形”(见师妹熔解曲线图中,在 70°C 左右)。
NTC 扩增了又是怎么一回事?
而 NTC 是指无模板对照——即用水代替荧光定量 PCR 反应中的核酸。其他的试剂按比例正常加入,用于监测反应体系中的污染。正常情况下,NTC 孔中不会有扩增 NTC 孔出现扩增时,则预示体系中可能有污染。
(扩增曲线:图来自real-time PCR handbook from ThermoFisher

除了以上两种异常曲线还有其他 4 种快进来看看有你的问题吗?👇👇👇
回到引物二聚体的问题,怎么解决?能避免么?

引物二聚体解决方法
首先,最好在引物设计阶段就能采取简单的预防措施,从一开始即避免二聚体的形成。有许多方法可以减少或消除反应中的引物二聚体.
我列举了 5 种常见方法,解决引物二聚体,点击下方卡片立即查看。
👇👇👇
听了师姐的讲解你还是担心做不好,毕竟还有那么多坑呢,常见的不常见的,简直「坑死了。」稍安勿躁,看到这里怎么好让你空手而归呢?
丁香实验推出了real-time PCR实验进阶专题,方位帮助新手的你或者还,没做好的你,玩转 real-time PCR!
👇👇👇

最后,别忘记点击收藏订阅呀,源源不断的更新第一时间提醒你,只有做不完的 real-time PCR,没有做不好的 qPCR!


策划|Olaf
作者|木兰
配图|丁香实验设计团队


编辑: 王凯

版权声明

本网站所有注明“来源:丁香园”的文字、图片和音视频资料,版权均属于丁香园所有,非经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,授权转载时须注明“来源:丁香园”。本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的,且明确注明来源和作者,不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。同时转载内容不代表本站立场。

  • App下载