最近常常在实验室看见闷头处理数据的小师妹,原本朝气蓬勃的小美眉,这几天跟霜打了的茄子一样。
做师姐的不免上去问问缘由,结果发现是 real-time PCR,实验进展不顺利。


为何出现
小师妹碰到的引物二聚体问题是 QPCR 实验中最常见的问题之一。其原因是引物对之间的部分序列存在同源性。
怎么判断自己的 QPCR 出现了引物二聚体?
可以用熔解曲线(又称解离曲线)和凝胶电泳来完成。熔解曲线,是结合染料的双链 DNA 解离或“熔解”成单链 DNA 时,观察到的荧光强度的变化,比如小师妹做的这张图:

如果扩增特异性良好,则解离曲线将出现一个较窄的单峰。而引物二聚体的荧光强度较低,呈较宽较低的“波形”(见师妹熔解曲线图中,在 70°C 左右)。
NTC 扩增了又是怎么一回事?
而 NTC 是指无模板对照——即用水代替荧光定量 PCR 反应中的核酸。其他的试剂按比例正常加入,用于监测反应体系中的污染。正常情况下,NTC 孔中不会有扩增。当 NTC 孔出现扩增时,则预示体系中可能有污染。

除了以上两种异常曲线还有其他 4 种快进来看看有你的问题吗?👇👇👇

回到引物二聚体的问题,怎么解决?能避免么?

首先,最好在引物设计阶段就能采取简单的预防措施,从一开始即避免二聚体的形成。有许多方法可以减少或消除反应中的引物二聚体.
我列举了 5 种常见方法,解决引物二聚体,点击下方卡片立即查看。
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听了师姐的讲解你还是担心做不好,毕竟还有那么多坑呢,常见的不常见的,简直「坑死了。」稍安勿躁,看到这里怎么好让你空手而归呢?
丁香实验推出了real-time PCR实验进阶专题,全方位帮助新手的你或者还,没做好的你,玩转 real-time PCR!
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策划|Olaf
作者|木兰
配图|丁香实验设计团队