组织切片染色是最为常见的一类技术，相信大家在日常科研中一定没少用到。但是从单张切片中获取的信息往往都比较有限，即便是多色荧光标记的片子也不能提供太多的信息。其实选对了技术，一张简单的片子也能够提供海量的信息。切片其实不仅可以提供细胞和组织的空间位置，同时也可以检测蛋白质和 RNA 的空间原位表达！近期发表的两篇高分文章就利用了最新技术，实现了研究突破。
5 月 13 日，来自哥伦比亚大学的团队在《Clinical Cancer Research》发表最新封面文章。癌症相关成纤维细胞（CAF）已经被认为是检查点免疫治疗反应的潜在介质，但是 CAF 在不同癌种中具有多种亚型。为了开发出靶向 CAF 的新型疗法，就需要对 CAF 进行更详细的分类。因此在该研究中，研究人员利用 GeoMx® DSP 空间组学平台分析不同 CAF 亚型在肿瘤微环境中如何通过细胞互作行使免疫调控功能，最终发现其中 HNCAF-0 和 HNCAF-3 亚型可以有效抑制 TGFβ 依赖型 CD8 T 细胞耗竭（图 1 所示），增强免疫记忆，可在未来的临床试验中用作治疗响应和耐药性的生物标志物。
图 1 ：GeoMx®DSP 实验：箭头表示成纤维细胞和 CD8 + T 细胞之间的相互作用。
4 月 8 日，《Front Cell Dev Biol》发表最新空间组学研究文章，中国科学家揭示了溃疡性结肠炎内分泌细胞的功能转变[1]。肠嗜铬细胞（EC)，作为肠内分泌系统的主要组成部分，在溃疡性结肠炎（UC) 中起关键作用。但 EC 的稀有性限制其功能的研究。在该研究中，研究人员利用 GeoMx® DSP 数字空间多组学技术，从 8 例 UC 患者和 7 例健康对照者的结肠镜活检样本中精准识别出 EC 细胞和肠上皮细胞，并获取了这些细胞的全转录组数据。识别出了差异表达的基因、通路和共表达网络。该项研究阐明了人类结肠中 EC 细胞的转录特征，且新发现了 EC 细胞功能上从化学感受器向分泌和免疫功能的「角色」转变。
想知道上述研究中的方法是如何做到的？想知道这个技术你是否也能用到？想看看当前热门的研究进展？
6 月 16 日（周四）下午 2:00～3:00，由NanoString和非因生物联合举办的《空间多组学创新研究模式》研讨会，将会针对 GeoMx® DSP 如何利用特殊染色的方式在空间原位精细识别和区分特定细胞亚群，并获取其空间转录组数据，拓展空间组学的应用场景，深化机制剖析和加速转化医学研究进行详细介绍。期待您的参与和共同探讨！
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GeoMx® DSP 空间组学技术
作为空间生物学技术领域的一支重要领导力量，NanoString 在 2019 年发布的 GeoMx® Digital Spatial Profiler（DSP）空间多组学平台结合了组织影像分析和原位定量技术，可在展示全局组织结构的基础上，进一步实现从复杂组织中对细胞亚群或特定组织结构的精准分析。在获得高分辨率的样本空间信息的同时实现高靶标蛋白（～100 种蛋白质）和全转录组（～20,000 个基因）空间原位表达谱的精准获取。最新的 DSP 工作流程可以支持在一张组织切片上同时检测蛋白质和 RNA 的空间原位表达。GeoMx® DSP 兼容多种组织样本类型（如 FFPE、新鲜冻存样本等），成为基础科研、转化医学研究和临床实践探究中强大有力的工具，使不同领域（如肿瘤学、免疫疾病、神经科学、药物研发等）的研究人员能够深入洞察组织微环境、功能亚结构、免疫系统作用机制和生物标志物发掘，满足了不同阶段的研究和应用需求，以超高分辨率的挖掘能力开启了生物学研究的全新维度！
GeoMx® DSP 工作流程
NanoString 生物技术
NanoString Technologies 是生命科学领域专注科研发现和转化研究的领先创新科技公司和工具方案供应商。目前 NanoString 主要提供 nCounter®荧光条码多靶标表达分析系统和 GeoMx®Digital Spatial Profiler（DSP）空间多靶标分析系统，来帮助研究人员探索和绘制生物学全视角图景。nCounter®分析系统可以轻松地描述近千个基因、蛋白质的表达，同时专利的数字条形码技术保证了检测的高灵敏度和准确性，目前该技术已被引用在超过 5,000 份同行评审的出版物中。GeoMx®Digital Spatial Profiler（DSP）该平台完美结合组织病理学、免疫学与分子技术，能够兼容支持多种具有挑战性的样本类型，包括 FFPE 组织切片、新鲜冻存样本、穿刺样本和组织阵列芯片（TMA），获得样本中蛋白及全转录组水平的空间原位表达谱，可以称为生物 GPS 定位系统。帮助研究人员加快生物标记的发掘和疾病机理的深入剖析，在转化医学与临床应用中扮演越来越重要的角色，目前已在超过 100 份同行评议的出版物中被引用。更多信息，请访问 www.nanostring.com。
内容策划：康晋伟
内容审核：朱卿
题图来源：图虫创意
参考文献：
[1]. Obradovic A, Graves D, Korrer M, et al. Immunostimulatory Cancer-Associated Fibroblast Subpopulations Can Predict Immunotherapy Response in Head and Neck Cancer. Clin Cancer Res. 2022 May 13;28(10):2094-2109. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-21-3570. PMID: 35262677.
[2]. Lyu D, Kou G, Li S, et al. Zuo X. Digital Spatial Profiling Reveals Functional Shift of Enterochromaffin Cell in Patients With Ulcerative Colitis. Front Cell Dev Biol. 2022 Apr 8;10:841090. doi: 10.3389/fcell.2022.841090. PMID: 35465329; PMCID: PMC9023741.
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