明天就要组会汇报,师兄却请假了,可愁坏了我!虽然我已经是一个拥有自己课题的两年陈实验人,这次更是挑战了 Sanger 测序技术。但眼看着 ddl 就要到了,守在仪器前还是不知所措,只好带着十万个为什么打通了师兄的电话(通话内容全程干货适合收藏,此外文末还有免费福利赠送先到先得,不要错过)

师兄,我们会不会来不及呀,明天就要汇报了呀!
师兄:别急别急,一天内完成从取样到出结果,整个工作流都没问题的!你先看看现在的结果如何?

师兄,为什么我的 Sanger 测序结果中查找不到引物呀?
师兄:我们得到的直接是目标片段的序列。测序结果一般是在引物后 30~50 bp 后开始出峰,因此在测序结果中查找不到引物,这是没问题的。

这里有两个格式「.ab1」和「.seq」文件,我该选哪个?
师兄:「.ab1」(测序图谱)和「.seq」(序列文本)文件。一般来讲你直接打开.seq 文件,这个只有序列信息,可以进行比对和拼接。但这个缺乏了碱基 Calling 的峰值信息,单一维度的序列信息,我们容易忽略不少信号,比如杂合、SNP 存在等。对啦,你记得同时打开「.ab1」仔细查看测序图谱及 Raw data。

我不会数据分析呀,这些图谱怎么读呢?
师兄:来不及解释了,用 Sequence Scanner 软件,可以直接生成 QV、QS、CRL 质控指标。
碱基的质量值(QV)代表图谱峰形和峰值信噪比。高质量峰值通常 QV 大于 20。QV 是用来评价碱基指认置信度的最客观的指标,并用于计算示踪分数;
示踪分数是图谱易读范围内碱基的QV平均值;
序列连续读长(CRL)是在整个图谱中无低质量中断的连续碱基长度。

师兄你确定没问题吗?我之前做的 PCR 产物电泳检测条带单一,但这个测序图谱峰图显示模板杂?
师兄:电泳无法区分与目标片段相差几个 bp 的非特异性扩增。测序图谱(背景信号较高,有明显的套峰)可以直观看到并反映模板本身的情况。我刚刚看过了,结果没有问题,我今晚发给小导。

师兄你不是请假了吗,这是怎么看到的?
师兄:这次我们用的可是 SeqStudio Flex 基因分析仪,这可是我期待了很久的新品:
●支持远程智能化操作:使用 Thermo Fisher™ Connect 平台可在任何地方通过手机、平板等便携设备设置实验、查看进度或分析数据。它的 wifi 和云功能还支持快速传输同步数据,不然我怎么放心你一个人应对呢!
●实验高效灵活:SeqStudio Flex 基因分析仪可以在不停止当前工作的情况下连续装载样品板并为紧急样品重新排序,四个样品板位置可容纳 8 联管以及 96 孔和 384 孔样品板。以后就不用因为抢仪器头疼了。
●操作简便、适合新手:仪器操作无需专业知识,可简单的一键式启动、自动校准。专门为小白准备了操作视频。一体式触摸屏计算机、直观的软件、逐步向导和升级软件大大简化了设置和操作成本。还可以用远程协助功能直接联系技术人员,70% 的问题在不停机情况下都能解决!

谢谢师兄,我现在自信满满,我去干活了!
师兄:稍等你先别挂,你扫一下我刚发你这个二维码,完成问卷,有机会获得价值百元的精美礼盒,100 份礼品先到先得!
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图片来源:赛默飞世尔科技
新型 Applied Biosystems™ SeqStudio Flex™ 系列基因分析仪,基于成熟的 Applied Biosystems 技术,通过改进设计和技术,使其高效灵活、简单易用且智能连接。可产生高质量的 Sanger 测序和多重荧光片段分析结果。已成功应用在细胞系鉴定、微卫星不稳定性、dsDNA 质控、多重 PCR 分析、基因编辑确认、SARS-CoV-2 测序、次要等位基因突变测序、二代测序确认、质粒测序、困难模板测序等方面。
内容策划:刘果
内容审核:吴军
题图来源:站酷海洛
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