蛋白质组学如何发文?这两篇 IF 10+ 文章思路可以学习一下

2022-03-30 18:01 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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以蛋白质驱动精准医学,描绘人类蛋白质组疾病图谱。Olink 蛋白质组学常应用在诊断研发、药物研发、基础研究、重大疾病的研究、医学转化等。近年来,个体化治疗、靶向治疗、精确治疗等新的治疗手段和治疗思路大量涌现,掀起以「蛋白质组学驱动的精准医学」的新热潮。然而,对于很多人来说,蛋白质组学的研究存在一定挑战。


科研任务重,项目周期长,经费又有限?


Olink 蛋白质组 + mRNA-seq 

春夏「限定 CP」应时而来

新颖的蛋白质组学研究「利器」遇上经典的转录组学研究手段

细胞互作机制、分泌组学、标志物筛选一次搞定

花最少的经费,用最短的时间,出最靓的文章


不信?我们来看两个经典案例:

(左右滑动查看)


经典案例一



标题:CD19 CAR NK 细胞治疗抗 CD20 抗性非霍奇金淋巴瘤的互作机制研究 2020


期刊:Leukemia  IF 11.528


研究思路:

样本类型:CD19 CAR NK92 敏感和抗性非霍奇金淋巴瘤细胞、细胞上清

检测平台: Olink Target 96(免疫肿瘤)、mRNA-seq


图 1 D19 CAR NK92 靶向的抗 CD20 敏感和耐药性 bNHL 细胞的分泌组学特征

(来源:DOI: 10.1038/s41375-019-0663-x)


对流式分选出的与 CD19 CAR NK92 共培养后的非霍奇金淋巴瘤(bNHL)细胞 mRNA-seq分析发现,CD19 CAR NK92 主要针对靶细胞的 IFNγ 信号传导与激活、细胞凋亡、配体结合以及免疫调节和趋化因子信号传导途径起作用。基于 Olink 的分泌组学显示抗 CD20 抗性细胞中颗粒酶分泌增加,FASL、CCL3 和 IL10 分泌增加,并诱导与 mTOR 和 G2/M 检查点激活相关的基因。总的来说,CD19 CAR NK92 与多种敏感和耐药淋巴瘤细胞的有效抗淋巴瘤活性相关,这些细胞涉及不同的细胞死亡免疫生物学机制。

经典案例二



标题:综合头皮和血液生物标志物系统性揭示斑秃发病机制 2021


期刊:Allergy  IF 13.146


研究思路:

样本类型:18 名斑秃患者病变与非病变头皮穿刺组织、血清,8 名健康对照头皮组织、血清

检测平台: Olink Target 96(炎症、心血管 II、心血管 III、神经)、mRNA-seq


图 2 文章思路

(来源:DOI: 10.1111/all.14814)


组织样本 mRNA-seq 结果发现斑秃病变头皮中 Th1 和 Th2 细胞相关产物表达增加,头发相关角蛋白表达被抑制,且与临床疾病严重程度显著相关。Olink 揭示斑秃患者血清炎症和心血管蛋白组特征,且与头皮组织炎症基因标志物表达相关。为了进一步探究斑秃患者免疫失调的主要来源,研究人员对斑秃患者和健康对照的血液和组织差异物质进行比较,发现斑秃头皮组织与血液相比表现出更大的免疫失调。说明这些细胞因子和趋化因子可能是从头皮病变扩散到血液中。组织和血清的综合生物标志物模型与斑秃严重程度相关性最高(R = 0.99,P < 0.01),表明中度至重度斑秃患者可能需要全身治疗以逆转广泛的头皮和身体脱发以及消除与疾病相关的全身异常症状。


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内容审核:李芙蓉
项目审核:周文

题图来源:站酷海洛


参考文献:

[1]. Glickman JW, et al. An integrated scalp and blood biomarker approach suggests the systemic nature of alopecia areata. Allergy. 2021 Oct;76(10):3053-3065.

[2]. Ravi D, Sarkar S, et al. Interaction kinetics with transcriptomic and secretory responses of CD19-CAR natural killer-cell therapy in CD20 resistant non-hodgkin lymphoma. Leukemia. 2020 May;34(5):1291-1304.


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编辑: 王凯

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