离谱!开学第一场组会,就把老板气到崩溃......

2022-03-03 11:30 来源:微信公众号 - ShengWuXueBa 作者:生物学霸
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新的学期开始了,大家也都返校做实验了吧,我们实验室也不例外。但开学后的实验并不顺利,过程中全员问题频出,年后第一次组会,就把老板气得崩溃......


 做 qPCR,结果曲线总是那么抽象、奇葩......

 表达了好几升细胞,连蛋白的影子都没见到

  荧光信号拍着拍着就没,太难了


要是新来的师弟师妹们犯错就算了,实验室里的大师兄大师姐也做得不好,这事儿搁谁谁不崩溃?不过好在经过一段时间重新摸索后,我们终于找到了这些实验的症结。接下来,就把这些实验心得分享给大家(文末有惊喜福利,赛默飞为大家准备了开学季限时促销:78 款产品科研必需品,低至 2.6 折起)。



荧光定量 PCR 结果异常,怎么办?


师弟师妹们做的荧光定量 PCR 总是阴性对照有信号,或者扩增曲线异常等等,总之出现这些问题,看似异常其实有迹可循。


由于实时荧光定量 PCR 是一项非常灵敏的实验,出现阴性对照扩增有信号时,可能原因包括模板有基因组 DNA 的污染,所用试剂、引物和水等有交叉污染或环境中气溶胶污染等等。还有一点容易忽视的就是所用 PCR 耗材有外源 DNA 的污染。另外,实验过程中扩增效率低或者扩增曲线异常,经过对实验过程中的逐一排查后也发现可能由于耗材气密性等问题引起了液体蒸发。


解决以上问题的要点就是在 RNA 提取过程中要避免基因组 DNA 的引入,另外对操作环境进行处理,更换新的加样器、枪头以及所有的引物、试剂等。同时建议选择高透光性的黏性封板膜,这样可以很大程度上减少交叉污染以及样品的蒸发问题,实现最大化的荧光信号传输



细胞养不好?蛋白不表达?


大多数做纯化蛋白的同学都可能遇到过这些问题,试表达没问题,但大量纯化的时候就总是磕磕绊绊?要么细胞污染或者状态不好,要么就拿不到想要的蛋白


其实,在表达蛋白的时候,细胞状态非常重要,往往决定了你的蛋白表达量,所以保证细胞状态良好很重要。另外,提高蛋白质产量的一个经典方法是在更高的细胞密度下生产蛋白质。这就要求你的细胞数量要达到一定标准,选用好一点的培养基也能够帮助细胞生长从而提高蛋白表达。


当然,表达纯化蛋白是一项比较考验技术的工作。不管是质粒浓度、细胞状态、使用的机器和操作手法都能直接影响到蛋白纯化结果,因此对于新手而言,长期的训练必不可少。



荧光的信号呢?光淬灭?


苍天啊心疼我的样本,信号拍着拍着就没了,光淬灭太严重。一朝又回到解放前…


其实出现这样的问题,很可能是荧光染料没选对。例如一些荧光蛋白如 GFP,RFP 很容易发生光漂白,从而导致灵敏度大大降低,常见于靶标分子丰度较低、激发光较强或激发持续时间长时等。


Alexa Fluor 荧光二抗就能很好改善这个问题,它比绝大多数荧光复合物更耐光淬灭,提高灵敏度,让您可以从样本中获得更多的信号。不仅如此,其对 PH 值变化极不敏感,在 PH 值 2.5~10 变化的环境中仍保持极高亮度。


以上说了这么多,我们会发现想要获得良好的实验成果,除了不断加强自身的实验操作外,搭配好优质的实验耗材也非常重要。



选对试剂,让实验事半功倍!


比如在做实时荧光定量 PCR 时,常常用到 Applied Biosystems® MicroAmp® 高透光度粘性封板膜将样品密封于 PCR 板的微孔内,避免孔间污染和样品蒸发,并适用于 96 孔和 384 孔板,有助于确保一致的实时荧光定量 PCR 数据。而且在膜的两端无粘性,不会粘连手套,大大方便实验人员的操作。


一项高通量筛选遗传标记的闭管基因分型方法的研究中[1],检测胰岛素基因单核苷酸多态性(SNP),就用到了 Applied Biosystems® MicroAmp® 高透光度粘性封板膜来帮助对基因组 DNA 样品进行了分析,并得到了十分可靠的实验数据。


当用到杆状病毒表达载体系统(BEVS)表达重组蛋白时,赛默飞 Sf-900 II 培养基也非常好用。这是一款经典的无血清无蛋白昆虫细胞培养基,其优异的性能可用于草地贪夜蛾(Sf9 和 Sf21)细胞的生长和维持。Cynthia B 等人的研究里就发现使用 SF-900 II 培养基进行批量培养时,其细胞密度最高可达到 107 个/mL,能够更好地表达蛋白质[2]


作为 Alexa Fluor 染料技术的创始者,赛默飞在荧光二抗方面拥有丰富的经验。Alexa Fluor 荧光二抗出色的亮度和光稳定性使其被广泛使用和认可,超越传统荧光二抗。从蓝色到远红外都有对应的产品,为多色荧光检测提供更多选择。在过去二十年的荧光成像领域中,有超过 30,000 篇出版文章成功应用了 Alexa Fluor 染料。


还有一点,在这里建议大家做实验时,所有实验试剂最好选用同一家品牌,否则不同产品试剂混用,实验重复不出来特别常见的事情。


好物抢先看


Gibco™ Sf-900™ II SFM

Alexa Fluor 488 驴抗小鼠高交叉吸附二抗

Applied Biosystems™ MicroAmp™ 光学粘性封板膜

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内容策划:刘果
内容审核:吴军

题图来源:站酷海洛


参考文献:

[1]. Nurmi J, Kiviniemi M, Kujanpää M, et al. High-throughput genetic analysis using time-resolved fluorometry and closed-tube detection[J]. Analytical biochemistry, 2001, 299(2): 211-217.

[2]. C. B. Elias, A. Zeiser, C. Bedard, A. A. Kamen, Enhanced growth of Sf-9 cells to a maximum density of 5.2 x 10(7) cells per mL and production of beta-galactosidase at high cell density by fed batch culture. Biotechnol Bioeng 68, 381-388 (2000).


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编辑: 王凯

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