根据国家自然科学基金委员会（NSFC）与日本学术振兴会（JSPS）的双边合作协议，双方每年共同资助合作与交流项目，包括合作交流项目和双边学术研讨会。经双方协商，2015年度将共同资助合作项目14项，其中合作交流项目10项，双边研讨会4个（其中2个在中国举办，2个在日本举办）。
对于获准立项的合作交流项目，NSFC将向中方申请人提供中国科学家访问日本的双程机票费和接待日方科学家访华的生活费和城市间交通费；JSPS将向日方申请人提供日本科学家访问中国的双程机票费和接待中方科学家访日的生活费和城市间交通费。每年每方的交流量不超过60人天。合作交流项目的期限为2年9个月，从2015年4月至2017年12月。
对于获准立项的双边研讨会项目，会议地点所在国的机构（NSFC或JSPS）将向申请人提供参会中、日双方人员的食宿、交通费用和举办会议的相关费用，包括场地租用、会议材料印制等。参加双边研讨会科学家的国际旅费将由本国机构（NSFC或JSPS）提供。
1、申请人资格
合作交流项目中方申请人须是2016年12月31日（含）以后结题的三年期以上国家自然科学基金在研项目的主持人或主要参与人，合作交流应密切围绕所依托在研基金项目的研究内容。双边研讨会项目中方申请人须有2014年12月31日（含）以后结题的在研基金项目。
2、限项规定
（1）、本项目属于国际（地区）合作交流项目，不计入具有高级专业技术职务（职称）的人员申请和正在承担项目总数限3项的范围。
（2）、中方申请人（不含参与者）同年只能申请1项国际（地区）合作交流项目。
（3）、更多关于限项规定的说明，请见《2014年度国家自然科学基金项目指南》。
3、申报要求
中日双方申请人需分别向NSFC和JSPS递交项目申请，单方申请将不予受理。
中方申请人需登陆ISIS科学基金网络信息系统，在线填报《国家自然科学基金国际（地区）合作交流项目申请书》，请根据申请的项目类型选择正确的表格填写。
合作交流：登陆ISIS科学基金网络信息系统后，点击“在线申请”进入申请界面；点击“新增项目申请”按钮进入项目类别选择界面；点击“国际（地区）合作与交流项目”左侧+号或者右侧“展开”按钮，展开下拉菜单；
点击“合作交流（组织间协议项目）”右侧的“填写申请”按钮，进入选择“合作协议”界面，在下拉菜单中选择“NSFC－JSPS（中日）”，然后按系统要求输入依托在研基金项目的批准号，通过资格认证后即进入具体申请书填写界面。申请人完成中文申请书填写并点击提交成功后，再打印纸质申请书。
双边学术研讨会：登陆ISIS科学基金网络信息系统后，点击“在线申请”进入申请界面；点击“新增项目申请”按钮进入项目类别选择界面；点击“国际（地区）合作与交流项目”左侧+号或者右侧“展开”按钮，展开下拉菜单；
点击“在华召开国际（地区）学术会议（组织间协议项目）”或“出国（境）参加协议双（多）边学术会议（组织间协议项目）右侧的“填写申请”按钮，进入选择“合作协议”界面，在下拉菜单中选择“NSFC－JSPS（中日）”，然后按系统要求输入依托在研基金项目的批准号，通过资格认证后即进入具体申请书填写界面。
申请人完成中文申请书填写并点击提交成功后，再打印纸质申请书。
申请合作交流项目的申请人须认真填写申请书中“项目执行计划”和“经费申请”栏目，在“项目执行计划”栏目，应按照交流年度，详细列出每年的合作计划，包括中方的出访时间和出访人员的名单，日方的来华时间和来华人员的名单以及拟开展的研究工作内容。
出访人员必须是所依托在研基金项目课题组的成员，不包括学生（在职研究生除外）。在“经费申请表”栏目，应按照“项目执行计划”的内容，按交流年度为出访人员的国际旅费、来访人员的住宿费、伙食费和城市间交通费制定详细预算。双方申请人还须就合作内容、交流计划及知识产权等问题达成一致，并签署合作交流协议（协议模板见附件1）。
合作交流项目的申请人在线填写申请时，须将该合作交流协议作为申请书附件提交ISIS科学基金网络系统。
申请举办双边研讨会的申请人须提供中日参会人员名单，中方参会人员应至少来自国内3个不同的单位，且每个参会人员均须是在研自然科学基金项目的主持人或主要参加人员。申请在日本召开的双边学术研讨会只要求中方组织者一人填写申请，并填写通知所附的英文申请书（附件2），以附件形式提交。
此外，申请人需将系统自动生成的PDF文件打印一套纸质的中文申请书，经本人签字并经依托单位盖章确认后，连同附件一并邮寄至自然科学基金委项目材料接收工作组（地址：北京市海淀区双清路83号；邮编：100085）。自然科学基金委不接收个人直接报送和非依托单位报送的项目材料。电子版申请书及其附件须经依托单位科研处登陆ISIS系统审核确认后提交。
4、申请截止日期
中方申请人在线向国家自然科学基金委员会递交申请及依托单位科研处确认的截止时间为2014年9月10日16时，纸质申请书以当日邮戳为准。
5、项目管理
如申请合作交流项目获得批准，申请人还需补充2015年的有关附件，包括日方的邀请函和来华确认函等。获准资助的经费将按7：0：3比例拨款。在项目执行期间，项目负责人须分别于2017和2018年初基金委统一规定时间提交年度进展报告和结题报告。
双边研讨会的申请人须负责在2016年初基金委统一规定时间提交结题报告。