根据《中华人民共和国审计法》的规定，2013年12月至2014年3月，审计署对中科院2013年度预算执行情况和其他财政收支情况进行了审计，重点审计了院本级和所属物理研究所、生态环境研究中心、大气物理研究所(以下简称物理所、生态中心、大气所)等6个单位，并对有关事项进行了延伸审计。
一、基本情况
中科院为中央财政一级预算单位，部门预算由院本级和127个二级预算单位的预算组成。财政部批复中科院2013年度部门财政拨款预算支出为3 303 697.40万元，中科院决算(草案)反映的当年财政拨款支出2 466 472.06万元，其部门预算与执行结果的差异总额为837 225.34万元，差异的具体情况及产生原因见附表1。
本次审计中科院本级及所属单位2013年度财政拨款支出共计156832.31万元，占部门财政拨款支出总额的4.75%。审计查出预算执行中不符合财经制度规定的问题金额35 969.87万元，其中2013年24 255.88万元；其他财政收支方面不符合财经制度规定的问题金额6056.94万元。上述问题对中科院2013年度预算执行结果的影响见附表2。
审计结果表明，中科院本级和本次审计的所属单位2013年度预算执行基本遵守预算法及相关法律法规，财务管理和会计核算基本符合会计法及相关制度规定，对以前年度审计发现的问题积极进行了整改。
二、审计发现的主要问题
(一)预算执行中存在的主要问题。
1.所属国家纳米科学中心(以下简称纳米中心)2012年用已完工项目申报预算，套取财政资金912万元;物理所2009年重复申报项目，套取财政资金606万元。
2.2008年以来，所属纳米中心、半导体研究所(以下简称半导体所)、大气所、物理所、生态中心扩大经费开支范围，在基本支出、课题和项目经费中列支无关支出等15 826.84亿元，其中2013年5757.59万元。(注：审计署官网称违规花15826.84亿，后更正为15826.84万)
3.2013年，所属物理所未严格履行协议，提前从零余额账户向其控股公司支付设备款935.15万元。
4.截至2013年底，所属大气所和物理所有667个项目应结题未结题，涉及金额3190.05万元;纳米中心和大气所有209个已结题项目未及时结账，涉及金额6668.99万元。
5.2013年，所属物理所未执行政府集中采购，自行采购物业管理服务和办公家具，涉及金额1115.92万元。
6.2013年底，所属生态中心决算报表中劳务费、委托业务费支出不实，涉及金额5618.98万元。
因公出国(境)管理中存在的问题。
(1)2013年，所属物理所和大气所有102人在无出国任务批件的情况下持因私护照执行出国任务;物理所、大气所、生态中心超预算列支出国费884.47万元;院本级和所属生态中心7个出国(境)团组在非定点购票点购买机票;
(2)2012年和2013年，所属生态中心的3个出国(境)团组中，2人擅自增加出访国家，9人擅自增加出访城市，21人擅自延长境外停留时间共计79天;未经批准组织双跨团组，邀请自然科学基金会1名工作人员持因私护照分别出访美国、加拿大，承担其出国费用4.12万元，其中2013年2.46万元;2个团组超标准列支出国费8.68万元，其中2013年2.46万元;将2013年出国费6.10万元转嫁给挂靠单位中国生态学学会承担。
8.截至2013年底，院本级超编制配备公务用车17辆；所属半导体所2011年以来违规占用参股公司公务用车2辆，其中1辆超标准;物理所2012年无预算购置价值76.20万元的3辆公务用车，且未执行政府集中采购。
9.会议费管理中存在的问题：
(1)2013年，院本级未经批准召开4个二类会议;所属物理所在非定点饭店召开4个会议、支出26.35万元，其中2个会议在五星级酒店召开;
(2)2013年，所属大气所将1个研讨会的后半程议程安排在游船上召开，26.02万元费用由收取的会议费和企业赞助费承担;
(3)2013年，所属生态中心委托旅行社组织28名职工赴江苏宜兴考察4天、北京游览1天，支出14.92万元，其中10万元以会议费名义列支;
(4)2013年，所属物理所收取的会议注册费6.42万元未纳入其法定账簿核算;
(5)截至2013年底，所属半导体所将在往来款挂账的2010年举办国际会议收取的注册费及广告费42.66万元，全部用于所内职工劳务费、办公用品等支出。
此外，中科院2013年年初预算中有22.43亿元未细化到具体项目和实施单位。
(二)其他财政收支中存在的主要问题。
1.2013年，所属物理所、半导体所、生态中心等9家单位部分领导办公用房面积超过国家规定标准50%，其中物理所和生态中心主要负责人办公用房实际使用面积共计242平方米，但向中科院上报为49平方米。
2.2012年，未经财政部批准，院本级自行批复所属大气所拆除价值1095.51万元建筑物;所属物理所未经批准将该所一栋应拆除的平房加层扩建，支出297万元;地质与地球物理研究所为变更科研办公楼用地性质，在项目概算外支付给民营企业“规划立项程序审批服务费”466万元。
3.2011年至2013年，所属物理所和大气所购置的294.04万元软件未纳入固定资产管理，其中2013年18.04万元。
4.截至2013年底，所属物理所2012年已投入使用基建项目未办理竣工财务决算，实际支出超概算2131.24万元，在该项目中编造虚假接待业务，使用不合规发票报销15.40万元。
5.2011年以来，所属物理所未经公开招标或化整为零规避公开招标采购货物、服务和工程等，涉及金额1222.81万元;2013年在没有工程计量结果的情况下报销工程款300万元。
6.2012年，所属半导体所收取的房屋租金128.04万元未缴纳房产税、营业税及附加。
7.2009年至2013年，未经院党组批准，院本级、北京分院、沈阳分院个别领导干部在中科院所属企业兼职，领取津贴共计106.90万元，其中2013年25.20万元。
三、审计处理情况和建议
对上述问题，审计署已依法出具了审计报告、下达了审计决定书。
对套取财政资金问题，要求追回资金，纳入以后年度预算；对提前支付设备款问题，要求按照协议支付款项;对违规扩大开支范围问题，要求有关单位调整会计账目和决算(草案)，规范费用管理，及时处理经费结余；对科研项目管理不规范问题，要求及时办理结题结账；
对未按规定执行政府采购问题，要求严格执行有关规定；对决算报表不实问题，要求调整会计账目和决算(草案)；对因公出国(境)费和公务用车存在的问题，要求纠正处理，加强因公出国(境)和公务用车管理；对会议费存在的问题，要求纠正处理，追究有关人员责任；
对领导办公用房超标问题，要求对办公用房进行清理;对越权批准拆除建筑物问题，要求补办审批手续；对软件未纳入固定资产管理问题，要求按规定处理，调整会计账目和决算(草案)；
对基建项目存在的问题，要求尽快办理工程结算和竣工财务决算，尽快履行或补办审批手续，严格基建报销程序和招标管理，据实支付工程款，追回违规报销资金；对房租收入未纳税问题，要求补缴税金；对部分领导兼职取酬问题，要求停止此类行为。
针对审计发现的问题，审计署建议：中科院应加强预算执行和零余额账户管理，规范科研课题支出，严格基本建设项目、“三公”经费和会议费管理，提高科研资金使用效益。
四、审计发现问题的整改情况
中科院在审计前开展了自查，并纠正了部分自查出的问题。对审计发现的问题，部分已经进行整改，其中半导体所已将资金归还原渠道并调整了相关会计账目;生态中心已将多计提的科研用房费用归还课题组;半导体所等6家单位已完成超标办公用房的整改工作。具体整改结果由中科院向社会公告。
附表：