该建筑为美国国家科学院在1924年建成，被誉为“美国的科学之家”，该学院的内部刊物则创刊于1914年。
2013年4月，美国科学院选举增补了105个新院士，院士都是有名望的科学家，美国科学院院士有一个额外收获，就是每年可采用特殊投稿方式，在《PNAS》上投4篇论文，院士采用这种评议方式时，可以指定审稿人已经根据自己的方式和审稿人沟通（内部操作）。这是美国科学院院士的特权。
内布拉斯加大学生物化学家Steve Caplan2011年在博客上写到，有的科学家认为，这种在《PNAS》发表论文的特权，让美国科学院似乎有“老男孩俱乐部”的感觉，这种投稿方式容易导致该杂志出现大量劣质论文。
在《PNAS》祝贺创刊100周年的机会，《自然》新闻组决定对这种特殊的投稿方式进行分析，通过科学影响力和投稿者组成等角度进行评估。
对10年来《PNAS》发表的论文分析后发现，只有很少数院士经常选用这种高效投稿模式，选择这种方式的院士包括一些大牛科学家，其中6人曾经是该杂志编委会成员。这些科学家说，所以喜欢这种方式的主要原因是在其他高质量杂志投稿过程中遭遇到的强烈挫折，而且往往忽视他们的抱怨。
分析还发现，《PNAS》正在努力克服这种投稿带来的不利影响，并取得明显的成绩。虽然通过这种特殊待遇发表的论文数量一直保持稳定，但通过自由投稿方式发表的论文数量稳定增长。《PNAS》副主编英国剑桥大学教授Alan Fersht认为他们一直非常努力推动改革。
投稿特权
《PNAS》杂志的这种特殊投稿方式有历史根源。1914年杂志创立时的目标就是服务于院士们发表重要学术论文。这种政策导致出现两种特殊投稿方式，一种是院士特权模式，另一种是通讯特权模式，通讯投稿是对非院士的特殊待遇。1995年前 《PNAS》只采用这两种投稿模式。
加州大学生物化学家Nicholas Cozzarelli担任主编后，增加了和普通学术杂志常规采用的直接投稿模式。直接投稿方式必须经过编委初审，然后委派1名独立执行编辑组织开展同行评议。
1972年，《PNAS》开始对院士投稿的数量进行限制，1996年到现在都是每年限制4篇的政策。2010年，《PNAS》完全废除了通讯特权模式。现在《PNAS》的论文中通过直接投稿发表的论文已经占3/4比例。直接投稿模式的接受率只有18%，而院士特权模式是98%（拒稿原因没有提供）。
虽然接受率高达98%，但数据显示许多优秀的科学家并不愿意选择这种模式。2004-2013年，有3100多名美国科学院院士拥有《PNAS》发表特权，但是只有不足1400名院士使用了这个特权。
导致这个结果的另一原因是某些院士所从事的学科不属于《PNAS》接受的范围，美国科学院院士的学科类型很多，如数学和考古学，一般他们不喜欢在《PNAS》发表论文。大多数使用这种特权的院士们，似乎比较谨慎，因为大部分院士使用这种特权每年平均不到1次。
只有很少院士频繁使用这种特权，从2004-2013年，有13名院士发表这种论文数量超过30篇。这里有具体的名单(see 'Who are the power users?').。约翰霍普金斯大学神经科学家Solomon Snyder就是一位极端代表，他几乎只发表这样的论文。其他一些院士如加拿大多伦多大学免疫学家Tak Mak和俄亥俄州大学肿瘤学家Carlo Croce也是这种个性。
对评议过程进行控制有一些好处，尤其是从事交叉学科研究的科学家，他们希望能挑选到合适能理解他们工作的同行进行评议。Scripps研究所从事糖化学和生物学研究的学者Chi-Huey Wong说，化学家不可能对糖代谢生物学有多少理解。但有的科学家如Croce，所以喜欢这种特权主要是因为这种方式发表速度快。希望这种方式的几个科学家都说，他们曾经遇到在CNS上投稿耗费2年时间的情况，简直把人折磨死。
《科学》和《自然》提供的数据显示，最近几年他们从投稿到发表之间的时间确实远超过《PNAS》的这种模式，《细胞》拒绝提供相关数据。不过比较这种数字没有太大意义，因为每个杂志的政策完全不同，对新投稿的定义也完全不同，比如有的杂志把修回后都作为重新投稿看待。
这些喜欢使用这种模式的院士，有的是因为考虑到高影响力杂志为各自的影响力考虑，鼓励编辑和审稿专家严格把关，近乎苛刻。使用这种特殊方式发表论文可以获得许多好处，尤其是他们实验室的博士后或研究生，他们等待论文发表去寻找新的职位。发表在CNS上往往等不及。另外，CNS杂志追求时髦研究也是令人反感的问题，Croce说，最时髦的往往并不是最好的科学。
绿色通道
对大多数科学家来说，他们自己和老板都不是美国科学院院士，他们并没有这种特权，长期以来，《PNAS》被公认为是美国科学院院士们的俱乐部。《PNAS》现主编Inder Verma说他们希望能改变人们的这一印象。和Verma的说法一致的证据是，现在《PNAS》发表论文中直接投稿的比例不断增加，非美国科学院院士发表的论文比例不断增加。
加州大学教授《PNAS》前主编Randy Schekman说，作为编辑，他们非常担心某些原始滥用特权的情况发生。正是他作主编期间将《PNAS》的通讯特权政策废除的。通讯特权采用咨询决定接受的政策，这种模式其实是给某些院士的同事和朋友提供了绿色通道。
但是，要让这些院士们完全放弃特权很困难。尽管这种特权政策饱受争议和批评，但不可能马上被取消。也有一些有个性的院士，虽然也在《PNAS》发表一些高水平的论文，但从不使用特权，只选择自由投稿模式。如哈佛大学物理学家David Weitz就是这样一位代表。
爱好使用特权的科学家争辩说自己的论文都是经过严格评议的，Fersht说他挑选的评议同行不是依靠是否熟悉，只选择最合适的人，他们不会发表丢人显眼的灌水论文。Mak也认为这并不是检便宜，他强调自己的论文都是经过严格检查的。Mak的实验室10年来曾经发表300多篇学术论文。
《PNAS》也在公平性方面制定了一些政策，例如限制投稿院士选择他们的同事和合作者评审论文。目前的政策是禁止挑选他们4年内有合作关系和公事的科学家。杂志编委也正在制定措施避免一些院士滥用特权的情况发生。当然毕竟是对院士权利，院士们大多都是本领域的杰出代表，往往会比较自负，对他们挑战面临的困难肯定不会少，不过他们认为方向没有问题，将继续朝正确的方向努力。
进一步分析使用特权发表论文的院士，基本200个《PNAS》编委成员是最重要的组成，那些特别喜欢使用特权的几个科学家有一半是现任或前任编委，如Fersht、Mak和Snyder。这些科学家曾经为《PNAS》作出了很大贡献，尤其是Snyder他在过去10年内曾经组织审阅过数百篇稿件。
Verma固执地认为杂志编委不应该有任何特殊照顾。他认为这种特殊的制度的一个好处是使《PNAS》不雇佣专业编辑就能运行。Fersht也同意，院士们愿意承担编辑的责任，部分原因是因为他们能在这里发表自己的论文。Verma说，1200多名院士在2013年曾经负责编辑1篇以上的论文，这些由一流科学家组成的编辑集体是《PNAS》最强大的基础。
但是这并不能平息对院士投稿特权的批评，有证据表明，经过投稿特权发表的论文影响力明显低于常规投稿方式接受的论文（引用次数？）。
2009年，哈佛大学心理学家David Rand和进化生物学家Thomas Pfeiffer对2004年6月到2005年4月期间《PNAS》发表的论文被引用的情况进行分析后发现，排除学科分类发表时间等因素的影响，采用特权模式发表的论文引用情况明显少于直接投稿和通讯投稿模式接受的论文。
虽然引用次数不能作为判断论文影响力唯一标准，但引用次数毕竟是目前国际上最容易获得的评价数据，也是被学者广泛采用的论文影响力评价方法。经过对数据进一步分析，发现直接投稿和特权模式发表的论文之间引用次数的差距并不太大，大约只有4.5%，不过这已经具有统计学差异。《
自然》杂志的分析数据表明，现在直接投稿和特权模式发表的论文之间引用次数的差距正逐年缩小。从这个角度考虑，《PNAS》确实在控制少数院士滥用发表特权方面有实质性的进步。Verma承诺将继续迎难而上，他现在正鼓励院士们在发表论文时将评审专家列出来，Verma自己在《PNAS》发表的论文中已经采用这样的方式，他相信这种透明化方式能让所有人坚持严格的标准。
Verma也考虑停止指定编辑的类似通讯特权模式，这种模式是自由投稿论文的作者可在院士中挑选某一编辑。2013年大约1/5的论文采用这种模式发表，采用这种方式的接受率比其他自由投稿模式要高许多。
正在进入其第二个百年时代的《PNAS》，关于该杂志特殊的投稿模式的争论仍将持续下去。诺贝尔奖获得者Thomas Südhof 表示：“在我看来，完全没有必要将《PNAS》改革成标准化的期刊，这将减少投稿方式的多样性。”