《自然出版指数》（Nature Publishing Index）杂志公布的数据显示，美国在2013年全球科研机构排名中处于绝对领先地位，前100名中占据50个席位。在其公布的亚太地区科研机构排名中，中国科学院首次取代日本东京大学，排名亚太地区第一。
哈佛大学、麻省理工学院、斯坦福大学以及美国国立卫生研究院领跑全球前200家科学研究机构。作为《自然》的增刊，《自然出版指数》是以国家和机构为单位，根据其2013年在18本《自然》和《自然》子刊上发表的研究型科研论文数量进行排名。
在《自然》编辑看来，许多亚太地区国家把提高科研产出量作为提升创新能力、国际竞争力和知识型经济的基础。报告显示，尽管日本多年来一直主导亚太地区的科研，但亚太地区高质量的研究正在转向中国、新加坡等国。《自然》出版集团大中华地区负责人尼克·坎贝尔认为，中国政府在基础研究领域投入加大，使得中国在亚太地区科研机构中的排名不断上升。
澳大利亚凭借地球与环境科学领域的强大优势在亚太地区排行榜中列第3位。与2012年相比，2013年澳大利亚在每项指标上都有所提高，成为亚太地区第二大国际合作国，其科研机构对《自然》期刊的贡献率比2012年提高了50%。亚太地区排名前200位的科研机构中，澳大利亚占29个席位，其中墨尔本大学(University of Melbourne)排名第8位。