检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2003年1月1日至2013年12月31日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录微生物学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（微生物领域共有96个国家和地区进入全球前50%）。排名前20名的国家和地区在这期间发表的微生物学论文数超过2千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。
美国微生物学领域论文的总被引次数1,184,220次和论文数53,442篇均排名第1位，篇均被引次数22.16排名第8位，中国微生物学领域论文的总被引次数267,014次排名在第8位、论文数13,903篇排名在第3位、篇均被引次数19.21排名第80位，中国台湾地区论文的总被引次数20,798次排名在第28位、论文数1,859篇排名在第26位、篇均被引次数11.19排名第63位。
表1 2003-2013年微生物学领域论文按总被引次数排名
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| Country/Territory | Papers | Citations | Citations Per Paper |
| 1 | USA | 53,442 | 1,184,220 | 22.16 |
| 2 | ENGLAND | 11,604 | 269,375 | 23.21 |
| 3 | GERMANY (FED REP GER) | 13,903 | 267,014 | 19.21 |
| 4 | FRANCE | 11,590 | 215,364 | 18.58 |
| 5 | JAPAN | 11,745 | 159,859 | 13.61 |
| 6 | CANADA | 6,875 | 126,668 | 18.42 |
| 7 | NETHERLANDS | 4,652 | 107,108 | 23.02 |
| 8 | CHINA MAINLAND | 12,805 | 100,100 | 7.82 |
| 9 | SPAIN | 6,354 | 98,406 | 15.49 |
| 10 | AUSTRALIA | 5,288 | 94,901 | 17.95 |
| 11 | SWITZERLAND | 3,303 | 74,230 | 22.47 |
| 12 | ITALY | 5,252 | 74,060 | 14.10 |
| 13 | SCOTLAND | 3,095 | 69,753 | 22.54 |
| 14 | BELGIUM | 2,973 | 60,506 | 20.35 |
| 15 | SWEDEN | 2,804 | 58,731 | 20.95 |
| 16 | SOUTH KOREA | 7,152 | 57,507 | 8.04 |
| 17 | BRAZIL | 5,870 | 51,759 | 8.82 |
| 18 | DENMARK | 1,955 | 42,768 | 21.88 |
| 19 | INDIA | 6,270 | 42,263 | 6.74 |
| 20 | AUSTRIA | 1,665 | 29,512 | 17.72 |
表2 2003-2013年微生物学领域论文按论文总数排名
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| Country/Territory | Papers | Citations | Citations Per Paper |
| 1 | USA | 53,442 | 1,184,220 | 22.16 |
| 2 | GERMANY (FED REP GER) | 13,903 | 267,014 | 19.21 |
| 3 | CHINA MAINLAND | 12,805 | 100,100 | 7.82 |
| 4 | JAPAN | 11,745 | 159,859 | 13.61 |
| 5 | ENGLAND | 11,604 | 269,375 | 23.21 |
| 6 | FRANCE | 11,590 | 215,364 | 18.58 |
| 7 | SOUTH KOREA | 7,152 | 57,507 | 8.04 |
| 8 | CANADA | 6,875 | 126,668 | 18.42 |
| 9 | SPAIN | 6,354 | 98,406 | 15.49 |
| 10 | INDIA | 6,270 | 42,263 | 6.74 |
| 11 | BRAZIL | 5,870 | 51,759 | 8.82 |
| 12 | AUSTRALIA | 5,288 | 94,901 | 17.95 |
| 13 | ITALY | 5,252 | 74,060 | 14.10 |
| 14 | NETHERLANDS | 4,652 | 107,108 | 23.02 |
| 15 | SWITZERLAND | 3,303 | 74,230 | 22.47 |
| 16 | SCOTLAND | 3,095 | 69,753 | 22.54 |
| 17 | BELGIUM | 2,973 | 60,506 | 20.35 |
| 18 | RUSSIA | 2,825 | 24,553 | 8.69 |
| 19 | SWEDEN | 2,804 | 58,731 | 20.95 |
| 20 | ARGENTINA | 2,123 | 19,994 | 9.42 |