有关新万能细胞 STAP 细胞论文受到质疑的问题，，论文合作者、山梨大学教授若山照彦曾委托理化学研究所（RIKEN）的学术带头人小保方晴子制作 STAP 干细胞，但对方交付的细胞并非来自委托时的实验老鼠。
据悉，虽然若山教授称"该细胞并不在论文之中"，但对写入论文的细胞产生了强烈的怀疑。接到若山报告的 RIKEN 发生及再生科学综合研究中心主任竹市雅俊表示："将与若山合作展开详细的验证。"
据 RIKEN 称，若山在论文发表前为调查能否无关老鼠血统制作出 STAP 细胞，向小保方提供了"129"血统的老鼠，委托后者制作 STAP 干细胞。小保方之后交给了若山2个细胞块。
论文问题曝光后，若山在核查上述细胞基因时发现，细胞属于"B6"和"F1"血统的老鼠，与之前提供的老鼠血统不符。"129"和"B6"是制作拥有万能性的胚性干细胞（ES细胞）时的常用血统，但小保方交付的细胞是否为ES细胞则不得而知。
若山已将自己保管的" STAP 干细胞"送交第三方机构进行详细分析。