科研经费在1980S是由具体工业部门或事业单位管理部门控制的，其弊端很多，尤其是各部门间不通气，重复立项过于突出。同时，由于是直接针对具体工业技术问题，对成果的检验有很强的直接性，成功率也很低。一般的，对科研经费的管理是由主管部门直接控制的。原则是：给定的科研经费必须拨付出去，从而必须立项一大堆科研项目。
在取消这种分头科研经费管理后，成立了基金委，成为统管模式。
在很长的一段时间内（事实上直到现在），具体工业部门或事业单位（除国字号研究所，高校外），基本上停止了科研经费名义下的科研。而对生产上需要研究的问题，事实上的科研，其费用直接纳入生产成本。
这种形式与本质的分离受到工业部门的批评，在这种批评声中，基金委提出了论文发表类的评价标准，这个标准一直使用到现在，并在事实上成为立项标准。
把科研等同于发表论文。
科研经费的管理失效起因于这个混乱的科研概念。
近几年的各种专家委、评审委是无法代替具体工业部门的审查功能的（前者只关心自身名利，后者关心行业的生死存亡），两者的立场完全的不同。
既然科研经费要求做的研究是个立个论，几乎不直接面向残酷的工业应用现实，那么大的科研经费就是根本无法有效的花在科研上的，而少的研究经费又根本无法面向残酷的现实课题，那么科研经费的使用就是一个独立于科研实质问题的一个形式管理问题。
反过来说，如果是直接面向残酷的工业应用现实问题，多少经费合适？何时成功？一片未知数，立不上项。
如果是面向基础理论问题，多少设备费？多少人头费？多长时间？一个无法回答的问题，立不上项。
总的来说，既然科研经费本身并不是针对事实上的科研活动（及其进程）来决策的（给多少钱、拨付时序、验收、中止或是追加、增减人头费、增减设备费、等等），它与科研本质无关，只与形式意义上的科研有关，从而科研经费的管理失效只不过是管理部门的管理失效。
媒体（包括央视）力图把这类失效与知识分子（科研人员）的品格（素质）联系起来，在道德的高点上贬低科研人员是非常的错误的。
在我国，做事实上的科研的，未必有科研经费，有也是花在刀尖上的。
由用科研名义乱花科研经费的形式上的科研人员的行为外推到我国科研人员这个整体概念是一种极端不负责任的行为。
科研经费的管理失效起因于科研概念的混乱，其责任不在我国科研人员这个整体。