1. 写作前的筹划
a. 确定论文的性质
根据目前国际SCI 论文的内容性质，有下列分类：
原创性研究(Original Research Article)
综述(Review)
约稿(Invited article, editorial, commentary)
荟萃分析(Meta-analysis)
病例报告(Case Report)
给编辑的信(Letter to the Editor)
b. 选定最佳目标投稿期刊
一般情况下，期刊的选择可考虑以下几个方面的因素：
文章的论题，实验的结果及潜在意义是否适合期刊读者群
期刊已发表的文章与您论文内容关系的密切程度
期刊的投稿费用，影响因子及变化趋势，审稿时间
对于少数期刊，中国科研工作者还需考虑期刊的偏向性和成功率
c. 论文的著作权
关于论文的署名，我们需要考虑：
期刊对作者的数量的限制
第一作者的确定，是否有并列第一作者
通讯作者的确定
中间作者的排列顺序（根据论文贡献大小或名字首写字母）
每个论文署名都必须经过作者同意
2. SCI 论文写作
a. 题目（Title）
关于论文的署名，我们需要考虑：
指出关键的变量，模型，系统/种系，例如：The effect of X on Y in Z model
尽量用名字和形容词，但不用特殊的行业术语避免用冒号，双引号等附加符号字数不能太多，有些杂志限定了题目的长度，比如JCI 杂志就要求不超过15个词提供给读者的信息清晰，例如将“Bronchoconstriction, Gas Trapping, and Hypoxia with Methacholine in Dogs” 改变为“Bronchoconstriction, Gas Trapping, and Hypoxia Induced by Methacholine in Dogs”
b. 摘要（Abstract）
大多数读者由文章的摘要来判断自己是否值得往下读全文。因此，摘要的描述要简练易懂，能提供主要信息并吸引大多数读者的注意，不宜太详细。我们从写作的顺序来简要介绍摘要的写法：首先，用一到两句话概括整个工作的内容。拿医学SCI 论文写作来举例，可以首先介绍研究的对象是什么疾病，在什么系统，以及你要陈述的以前尚未被提及过的发现。其次，用几句来对你的主要发现进行描述，介绍一些步骤过程和机理，重点提及在实验上，系统（种系）上与其他研究不同之处。最后，用一两句描述来总结此项的意义。摘要在写作时要注意以下几点：
时态的正确选择－用现在时来阐述和引用领域内已经共认的事实; 用过去时来描述此次的
研究发现; 避免使用被动语态
注意依据期刊的固定格式（特别是一些临床期刊）
内容必须包含有要回答问题、核心实验、取得的结果、总结出的答案
c. 介绍（Introduction）
同样以医学生物论文为例，介绍部分可以从整个领域的背景开始阐述，例如你研究的信号通路是如何与整个领域相关联，你的假设推理是如何填补了这方面认识的空缺等。整个介绍部分要引用比较全面的参考文献，但如果带有倾向性地引用自己原来发表的文章，杂志编辑一般会很快拒稿。下面是总结在撰写摘要时要注意的地方：
必须提出研究的问题，并表明其重要性
保持简练，不宜太长
可以阐述实验方法，但不用提及答案结果
直接引用最初文献，不能间接引用
d. 材料及方法（Materials and Methods）
这个部分的描述必要时要尽可能详细，便于别人可以重复你的实验，但也要避免过于详细。
这部分的写作要点归纳如下：
准确描述实验试剂的浓度、用量、实验温度、时间、n 值、仪器型号，材料的来源如果是动物实验，你必须提供实验许可以及遵守动物照管条例的证明; 如果是临床实验，文章需要表明已经得到发表的许可新发现的核酸或氨基酸序列需要在交稿前上传到GenBank, EMBL，或DDBJ 等公开数据库以便读者能够随时查看每个小部分以1-2句概括性的描述开头用过去时态能包含结果，除非这个结果是方法本身实现的或在后续方法中要用到的
SCI 论文审稿过程对材料和方法部分一些常见的负面评论：
实验方法不足以证明作者的推论
必须提供其他的研究设计方案来佐证
检测数据的方法不充分
检测样品量太小或者带有偏向性
实验的持续时间太短
e. 实验图片（Figures）
通常情况下，如果读者是同一领域的研究人员，他们看完论文的图片及图注就可以知道这篇文章大体所做的工作。因此，要标注好每一幅图片所展示的信息，但一般不超过250个英文单词。图片标注可以不写方法，但要标明n 值。为确保后面印刷的质量，请尽量用最高像素的图片并按相关顺序排列紧凑。当采用柱状图时，优先用黑白色，然后是灰色或阴影的，最后才是彩色的。需要提出的是，有大概10%的男性是红/绿色盲，因此要避免使用红/绿色。
同时，也不要为了起到装饰的效果而加一些额外的颜色、边框、小标记符号等。图片中的标记要有区别于其他区域的大小和形状。如果图片中有比例尺，要在图片标注中说明，而不是在图中指明。下面是全球排名前三的某医学院对SCI 论文交稿前实验图片的检查清单：
图片是否有呈现出来的必要
是否简洁，没有无关的内容
展现的数据是否正确被描绘
字母的字号和加黑程度是否达到要求
平行的一些图片是否用了相同的比例
图注或标题中是否清晰解释了缩略词或符号
f. 结果（Result）
一些有经验的科研工作者甚至建议将结果部分的写作列为最初开始动笔的地方。因为实验结果部分的数据决定了哪些细节需要在方法中详细描述，哪些地方需要介绍或详细讨论。此外，不是每个实验都必须要写在文章中。关于实验顺利的描述方面，你可以按照进行的时间来排列，也可以按照重要性顺序。尽量避免太多数据出现在文章中，因为某些数据可以作为补充部分来呈现。
在结果部分，应当简洁描述数据的差异，尽量把解释留在讨论部分。有一些必要的关系到不同路实验进行的逻辑性解释除外，譬如“由A 导致B，而B 也是影响C 的原因。因此，我们来研究A 是否和C 有联系。”
SCI 论文审稿过程对结果部分一些常见的负面评论：
对结果的解释太多
不准确的、不一致的，或者不充分的数据
表格和图片不符合要求
表格和图片中的信息没有真正支撑文章的论题
包含了一些无关的数据
g. 讨论（Discussion）
以原创性研究论文为例，在讨论的开始阶段，通常需要对论文所做的工作进行总结并阐述将来可能应用方面。讨论部分不是对结果的重复说明，而是要详细解释每一步实验是如何支持你的主题论点。你也可以加上一些文献材料来再次支持你的观点，并强调你的发现对这个领域的研究有较为重要的意义。如果必要的话，你可以加上原创的示意图来说明一些复杂的信号通路。在讨论的最后，通常需要指出此项工作或在该领域还待大家探讨的问题。
针对SCI 论文讨论部分的写作要点，我们归纳如下：
尽可能地对你的论题进行强调、辩护
对于长篇讨论，要分为子主题
不能包含有新的结果
要用现在时态
SCI 论文审稿过程对讨论部分一些常见的负面评论：
很少重申并强调结果部分的发现
分不清哪些部分是推测，哪些是结论
原创性的研究方法没有充分讨论
没有充分引用相关文献
3. SCI 论文投稿
a. 同行审阅（Peer Review）
你可以自己选择推荐或者排除审稿人。许多SCI 期刊倾向于把这些决定留给作者自己，因为作者比编辑更清楚谁最有资格来评估你的工作。
如果你附加上推荐审稿人的联系方式，是最好不过了。对于顾问编辑团队的期刊，你可以在里面选择相应的审稿人。记得千万不要推荐在你单位、部门或公司的研究者，即使他们与你不在同一地区。同样，朋友、共同第一作者（三年内）、合作者（提供给你实验材料等）也不在允许范围之内。对于排除审稿人，合适数量通常是２个左右，并分别简要写明排除的原因，例如财务支持上的竞争、观点上的偏见等。
对于SCI 期刊的编辑，他们通常在选择审稿人的时候也是通过PubMed 的搜索，选择一些有审稿经验的，比较负责的，并且比较公正的同一领域研究学者。
b. 修改（Revision）
通常情况下，如果文章不被拒收的话，期刊主编都会提出不同程度修改意见。如果编辑回复并特意列举了一些需要修改的地方，这就意味着这些是修改的重点。同时，也必须照顾到每个审稿人的意见。充分全面的回复修改意见是文章能被接收的前提，不要自己选择性地回复，这也是你对他们意见的重视程度的表现。除了这些意见，你必须同时在文章中的相应位置明确标注哪些是已经被修改过的。
如果你确实不能满足审稿人的建议，你必须提供合理的原因来解释为什么这些修改在目前的情况下能以实现。虽然这些理由不一定总是有用，但编辑会慎重考虑你的解释。