1. 论文是成果，课题只是个途径
高校教师有三大职责：创造新知识、培养好学生、服务社会。对于研究性大学来说，创造新知是最重要的职责，要拓宽知识的边界（expand the boundary of knowledge），增进人类对某些事物的理解。因而论文作为科研成果扩散的最主要的形式，理应是最重要的。课题是什么？课题只是说你负责做一件事情，仅此而已。论文是途径，是拿到钱后去做某项事情，仅此而已。当且仅当课题取得了成果，增进了新知，那才算是你的贡献。否则，主持过课题能算是学术贡献吗？如果这样，那写过投向AER的论文，是否也算是贡献呢？
2. 论文是拿着写出来的东西给别人看，课题是拿还没有做的事情给人看
因而课题具有更强的信息不对称特征，容易高估或低估教师成就，误差很大。我们看到，在课题中，很多老师的科研能力被高估了，又有好多老师的科研能力被低估了。
3. 论文的竞争审稿更为严谨，课题容易草菅人命
要发表顶尖的期刊，需要多次审稿、多次改稿，多数审稿人基本上都是这个领域的专家，而且都是细细读你的文章的。而课题呢，在几个关键环节，就是上会讨论，一天决定数百个课题的命运，能经过认真琢磨吗？
4. 课题容易产生马太效应，造成学霸学阀和学棍
既然课题申请书根据你没有出来的成果判断，没有具体的细化的研究步骤和结论等，所以对课题进行判断，往往依据的是前期的研究成果。这样导致的结果是，如果你命中过国家课题，OK，说明有能力，会再给你一个课题；如果你没有命中过国家级课题，评审人会觉得你“项目经验不足”，于是这就导致了拿到课题的人，会更容易拿到新的课题，；而拿不到课题的人，可能一直拿不到课题。
5. 课题偏向老的知识，论文偏向新知识
如前所述，课题依照过去判断将来，所以年龄大的人，更容易胜出！所以，你会看到一个奇怪的现象的是，那些写不动论文的老老师，照样会命中一个个课题，而主持的课题，是30年前的老话题！即使那些能写东西的老师，也往往中课题的密度大于中论文的密度。
6. 课题可能会产生严重抄袭和重复申请，而论文不会
课题申请书是不对外公布的，因而抄袭是没有人知道的；而论文公之于众，抄袭很容易被发现。所以很多课题申请人，申请很多课题，用的申请书变化不大。你能想象，如果论文不让别人看，会有多少人重复发表吗？如果那样，很多人一辈子就写一篇论文，然后不停发表啦。---那你能估算出，会有多少人重复立项吗？
7. 课题更容易滋生腐败和利益交换
课题，与论文很大的不同是，需要将前期成果列出！国家自然采用实名制，即使国家社科基金，隐藏了作者姓名，但照样也可以根据申请人列出的论文成果判断申请人是谁。于是，就会产生你今年照顾我，我明年照顾你的事情。于是很多人，在还没有上会就知道自己课题必中，而很多人，傻傻地等待奇迹的发生。
8. 重视课题，必将会造成资源配置扭曲
课题是通过申请书来拿钱，因而竞争主要在申请书的准备上，因而为了竞争胜出，大家会争相将时间投在申请书上，从而造成“重申请轻执行”的结果。我们看到好多学校的老师，每年，都花好几个月的时间申请课题，都在做无用功，时间资源严重地扭曲了。这样，他们貌似走了一条最近的道路，实际上是距离学术成功最远的道路。
9. 课题有身份歧视
正因为课题反映的信息不足，所以课题必须借助其他信息来判断申请人的科研水平。例如有些课题必须要求正高级推荐、有些课题必须副教授、而重点课题或重大课题申请人必须主持过好几个国家级项目。这样做的确是稳妥的，避免过多的金钱砸到一个不能胜任的人手中，但这样做，也直接导致了中国学术难以进步！年轻人很难胜出。我们要想一下，论文发表为什么几乎没有这样的歧视？论文发表为什么没有规定让教授写推荐信，或者要求“该论文期刊只登载副教授职称以上的文章”？因为大家看论文水平就足以决定发表了。有歧视的，就是不公平的。
10. 将课题视为成果，会产生重复计算
课题不是科研成果，课题是告诉别人你想做什么成果！如果课题算是成果，那么依据课题的经费支持发表的论文也算是科研成果，是否存在重复计算的问题？