说到学位论文的版权保护，值得提到的还是2008年发生的影响深远的干名硕博士诉万方学位论文侵权案，这个最初由刘美丽博士起诉万方公司，后带动多批共1000多硕博士研究生为自己的学位论文维权，最终有近800名硕博士研究生获法院支持胜诉，获得博士论文1800至2000元，硕士论文1000至1200元赔偿。
系列诉讼后法院就案中暴露出的问题分别向科技部和中国科学技术信息研究所发出司法建议，其中建议科学技术信息研究所采取以下整改措施：一、尽快对学位论文数据库中收录的论文进行梳理，对尚未获得作者授权的论文补充授权或停止对外许可使用行为。二、加强规章制度建设，建立论文分类管理制度，对各学位授予单位寄送的仅供收藏的论文和基于共建学位论文数据库协议提交的论文进行分库、分类管理；建立论文著作权审查机制，确保录入学位论文数据库中的论文获得著作权人的明确授权。三、理顺与相关学位授予单位的合同关系，要求其在征得论文作者授权时，就论文的使用方式和转授权情况予以明示和告知，或直接与作者联系从作者处获得相关授权。
此后万方应该是加强了这些方面的管理，至少与各高校都有相关合同的。而后又有100余硕博士研究生状告知网侵权的报道，但未见后续报道。因为据我所知，同方公司对版权授权管理等方面是非常重视的，所以这些研究生的论文被收入数据库，数据库方一定与其所在学校是签有合同的。万方有争议的那部分论文也基本属于早期不规范的时期。
我们知道，大多数数据库不太可能单独与研究生个别签订协议，(据说知网为了得到北大、清华等高校的学位论文，有部分收入数据库的学位论文是直接与学生本人签许可的)，大多数情况下都是与学校签订合同。这里其实便涉及到高校如何看待本校的学位论文，如何保护学生学位论文的知识产权的问题。熟悉万方和知网学位论文数据库的人应该都知道，这两个数据库中几乎找不到北大、清华的学位论文全文，仅知网有少量据说是一篇篇获得授权的该两校的论文。因为这两个学校一直便没有给数据库授权。因为这个情况其实浙大的许多研究生都在抱怨，从数据库中找不到北大清华两个学校的学位论文，而我们自己的学位论文却毫无保留地让全国高校共享了，甚至有学生直接写了邮件质问图书馆为何卖了他们的学位论文。
其实，图书馆是根本无权来处置研究生的学位论文的，尽管现在学生离校前所交的学位论文纸质版和电子版都是由图书馆收的，但纸质版最后是交由档案馆保管，电子版则除了向CALIS提交数据外，也不能随便处理的。虽然做了数据库，图书馆一直对电子版全文上网是有顾虑的，只把一些三年前的电子版论文放出来，却出现了万方和知网反而可以比学校自建的学位论文数据库查到更全更新的本校学位论文的怪现象。多年前，绝对是在干名硕博士诉万方学位论文侵权案之前的好多年，因有学生反映他的论文被放在某收费网站出售而向图书馆提意见，而我因早已发现清华北大的论文没出现在数据库中，而浙大的论文几乎全部在第一时间被数据库公开，便向馆领导提出了学位论文的版权保护问题，希望能从图书馆的角度和立场向学校提出建议，即便给数据库授权也可以有一个滞后，或也学学清华北大不予授权。领导却不置可否，只说这个事与图书馆无关，是学校的决定。后还是因为有读者意见而重提此事，仍未获得回应，方知也许事情并不那么简单。
但现在出现的问题其实便与学校在学位论文的处置上的不同大有关系。由于进入数据库后的学位论文是否属于公开发表这个问题并无明确定论，所以有人认为数据库方已经向学校签订合同并支付了费用，应该算公开发表，也有人认为学位论文是非正式出版物，哪怕数据库收录了也不能算公开发表。然一个不容否认的事实是，没有给数据库授权的学校，是完全保护了学生的利益，因为学生并无被认为有学术不端的风险，而论文进入数据库的那些学校，其实是学校代表学生给了数据库授权，却需要学生个人来承担这个风险。这对同样都写了学位论文的不同高校的研究生来说其实是不公平的。
所以说，学位论文的再次发表，也许更多涉及到学生、学校、期刊等各方的利益，我也准备此后整理相关资料后作一梳理，但这些问题出现的源头却与高校在学位论文版权保护问题上的不同做法有关，当然源头的源头是法律在这些问题上的缺失。
大约六、七年前，斋主在教育部高校图工委和教育部高校文献信息系统（CALIS）的工作会议上曾经强烈呼吁教育部保护高校的知识产权，遏制高校资源的进一步流失，其后也在多个场合说过类似的话，但是因为人微言轻，斋主的意见始终无法传至天庭。最近教育部在“爱课程”网上推出120门大学精品共享课程，其中涉及到与课程负责人签订知识产权协议等问题，于是，斋主又想起了那些陈芝麻烂谷子的事情，不得不再唠叨一番。
（1）网络课程资源的流失。
过去十年来，教育部为推进数字化教学和数字化学习，先后发起了多项相关工程，各个高校建设了不少的网络课程，可是这些免费的网络课程，或者分散在各高校的网站，或者虽有集中反映但是因为没有配套的制度和宣传，大多淹没在网络的汪洋大海之中。职能部门只管立项和验收，并不重视后期的推广应用，以至于数千门网络课程或者石沉大海或者弃之如敝履，没有发挥应有的作用，严重的资源浪费，令人痛心。
（2）博硕士论文资源的流失。
更令人痛心的是，全国高校每年生产三十几万篇博硕士论文，其年产总量超过了国家一年的出版总量（种数），按照国家的规定，各高校如实向北京的有关机构呈交博硕士论文，个别国家机构将呈交的论文做成博硕士论文数据库，然后再卖给各高校，也有一些数据商与各高校的研究生主管部门私订协议，以每篇硕士论文50元，博士论文100元之类的价钱将高校的博硕士论文的电子版权买去，然后做成数据库再向高校兜售。高校的研究生主管部门借此捞一笔酬劳，最后苦了高校图书馆，因为所有投诉的博硕士生都误以为是图书馆出卖了博硕士论文，其实据斋主所知目前还没有发现哪个高校图书馆出售过博硕士论文。高校的CALIS系统中建有中国高校博硕士学位论文数据库，但是只提供目次的检索和起首十余页的阅览，并且全部博硕士论文的电子全文都分布在各高校图书馆的数据库中！
高校博硕士论文资源的流失，就好比农民自己种了粮食，回过头来吃自己种的粮食还要付钱，荒唐至极！原因在哪里？原因在于教育部不作为！在制度上不作为，在实践上不作为！其实，教育部只需要发一纸公文，然后配备一点博硕士论文数据库的建设费用，CALIS就可以迅速建立起全国最好的博硕士论文全文数据库，不必再让各高校图书馆花冤枉钱去购买数据商的博硕士论文数据库，冤枉啊大人，比窦娥还冤！