2013年初，丁香园旗下第一本杂志（Journal of Thoracic Disease ,《胸部疾病杂志》，JTD被SCIE（即SCI））收录。JTD稿件来自北美、欧洲和亚洲等全球主流研究领域。2012年JTD杂志稿件中，中国作者的稿件占30％。今后，JTD将更关注中国医生的科研成就，希望将中国医生的优秀成果及时介绍给国外同行，非常优秀的成果可以通过绿色通道获得更快发表。
2013年，JTD杂志还将陆续推出几期重点专辑：
- SARS十周年专辑（从科学与人文的角度深入探讨SARS带给我们的思考）；
- 胸腔镜专辑（由欧洲胸外科协会前任主席Gaetano Rocco教授担任Guest Editor)；
- 肺癌专辑（由第15届世界肺癌协会大会主席Kwun Fong教授担任Guest Editor）;
- 年轻乳腺癌诊疗进展专辑（由比利时的Azim Hatem医生担任Guest Editor）。
Journal of Thoracic Disease (《胸部疾病杂志》;简称JTD; pISSN: 2072-1439; eISSN: 2077-6624)，广州呼吸疾病研究所和广州国家呼吸疾病重点实验室、广州医学院第一附属医院的官方出版物,由丁香园控股的Pioneer Bioscience Publishing Company（http://www.thepbpc.org）负责出版发行。JTD杂志是国内胸部疾病领域唯一一本英文国际性刊物。广州呼吸疾病研究所所长、呼吸疾病国家重点实验室主任钟南山院士担任总编辑，广州医学院第一附属医院院长何建行教授担任执行总编辑。JTD 于2009 年12 月正式创刊，2011 年12 月被Pubmed／PubMed Central（PMC） 收录，2012 年1月起改为双月刊。
丁香园旗下其他杂志
经过3年多的努力， 丁香园旗下已成功出版包括JTD杂志在内的16本英文医学学术期刊，其中4本已被Pubmed收录：
- Journal of Thoracic Disease
- Journal of Gastrointestinal Oncology
- Quantitative Imaging in Medicine and Surgery
- Chinese Journal of Cancer Research (SCI)
多媒体杂志平台
丁香园期刊平台，正在努力将互联网技术、传播手段与学术期刊出版进行融合，目前已开发一整套相对完善的期刊文章展示平台、在线投稿审稿系统、EDM推送平台、以及视频展示平台（以旗下的Annals of Cardiothoracic Surgery《心胸外科年鉴》，ACS）。同时，丁香园旗下的期刊将实现全面移动化阅读，可通过智能手机和平板电脑等移动终端进行阅读体验良好的阅读。
关于ACS
Annals of Cardiothoracic Surgery (《心胸外科年鉴》；ACS杂志; ISSN 225-319X，http://www.annalscts.com) 是丁香园对多媒体学术期刊的新尝试。作为一本英文国际性学术双月刊，ACS杂志重点报道心胸外科手术的最新进展，并充分利用多媒体技术，以视频展示平台呈现精彩手术视频。ACS由AME Publishing Company以印刷版和网络版的形式同时出版发行。每期一个热点话题，邀请20余位国际知名专家（平均H因子>30）针对同一个话题，发表自己的经验和见解，旨在提供一个对同一主题的关键性分析和全面的概述，包括有争议的讨论。
移动客户端
ACS杂志手机APP（下载地址： http://www.annalscts.com/announcement/view/72）
JTD杂志手机App ( http://www.jthoracdis.com)
丁香园旗下期刊已经与国际知名医学网站Medscape达成协议 ，Medscape将会精选丁香园旗下期刊的文章在网站上发表， 这也将极大地推动刊物的传播。深耕医学互联网领域12年， 相信丁香园的技术团队也会对未来期刊网站、在线投稿、 EDM发送、在线视频杂志、网站流量分析、 移动App等完整电子化出版发行及推广宣传给予更多支持。