自己做的meta分析刚刚被PLOS ONE接收，上来跟大家分享一下我的投稿经历（Molecular Psychiatry→Schizophrenia bulletin→biological psychiaty→schizophrenia bulletin→journal of medical genetics→PLOS ONE）。
我们实验室截止到目前一直在做某个基因在精神分裂症发病中的作用，包括遗传学分析和目前正在进行的动物模型研究，这个基因的一个SNP（用rs1234表示）在2008年欧洲的精神分裂症GWAS研究中首次被报道。随后，我们对这个基因研究的遗传学分析的文章也已经发表在American Journal of Psychiatry（2011）和American Journal of Medical Genetics（2012），其中发表的数据大部分都是我们自己产生的中国人群的original data。与此同时，中国也有其它几个研究小组在研究这个基因，截止到2012年的7月份，在中国人群已有超过10份样本产生了rs1234的data（超过20000份样本），但是结果却非常不一致，在互相的研究中也都提到对方的样本采集问题。我们的前期研究结果支持rs1234在中国人群中并不与精神分裂症相关，而有一些研究小组则报道了显著结果，为了系统的证实rs1234在中国人群是否与精神分裂症相关，我们利用中国所有可行的data做了meta-analysis，结果也支持rs1234并不与精神分裂症相关，但是p=0.10。
我和我的导师都认为该文章的意义并不是特别大，但是为了科学的严谨性，以及为以后实验室的研究提出指引方向，我们还是决定将这篇meta-analysis文章投出去。我们第一次以letter to the editor的格式投molecular psychiatry，精神病学的旗舰杂志，审稿50天（9月22日-11月12日），拒稿。两个审稿人的意见并不positive，因此主编拒稿，也在我们的情理之中，后来我们又将该文章扩写成article，改投到schizophrenia bulletin，审稿26天（11月19日-12月15日），拒稿，但是审稿人并未提出尖锐性的问题。根据第一个审稿人的意见，我们在文章中细致的描述了纳入的样本的特征（包括年龄、性别比例等），并加入了一些meta-analysis的必要分析，随后又将文章改投到biological psychiatry，审稿40天（12月19日-1月29日），拒稿，三个审稿人两个没有positive，但是第三个审稿人非常的negative。
Reviewer #3: This is a fine meta-analysis. But, the additional data produced results very similar to what the authors have already published in AJMG 2012, which concluded "Here, we studied rs1234 and schizophrenia susceptibility in multiple Asian case-control samples (10 Chinese and 2 Japanese samples; N=21,062), and the meta-analyses indicated non-significant association of rs1234 with schizophrenia (P=0.26), suggesting the same SNP identified in European samples is not predisposing risk in Asians." I did not see much new information from this study.
面对第三个审稿人的意见，我们也很无奈，这是一个updated的meta-analysis（之前的meta分析也是我们做的），但是审稿人揪住这一点提问，拒稿也很正常，只能改投。我们随后将文章重投回schizophrenia bulletin，但是这次主编没有选择送审，并提出：
One senior editor notes: "Recommend rejection because (i) Chinese meta analysis sample is smaller than the Caucasian samples, (ii) it still finds a suggestive trend for association, (iii) this association has been superseded by recent GWAS studies, reducing interest in this gene. "
其实关于这个SNP的分析在我们之前的文章中已经包含过一次，并且包含了该基因的其它SNP（fine-mapping analysis），样本量超过10000份，但是因为整体是一个negative结果，所以在投稿时屡屡被拒，最后只投到3分多的杂志上，审稿人不断提出我们的样本量没有欧洲的分析样本量大，虽然我们做了power分析（>80%），要知道，欧洲和美国的研究小组组成了一个consortium，几十个国家的样本，超过了50000份，所以审稿人屡屡说我们的样本没达到50000份，虽然我们在文章中做了很详细的解释并且提出了可能的原因，但是仍然无效，真是无奈啊。。。
随后，我的导师要将该文章投到Journal of Medical Genetics，我对此并不乐观，因为我感觉JMG的主编对psychiatry遗传学研究尤其是中国人群的研究存在偏见，果不其然，不超过3天就编辑部拒稿了，但是JMG杂志的投稿状态很有意思，投稿状态的变化是with editor---awaiting reviewer selection---awaiting EIC decision---rejected without review，状态显示是在等待选择审稿人，但是其实这只是杂志社一个状态的自动变化，只有出现awaiting reviewer assignment---under review才表明已经送外审了。
最后，我们将文章投到PLOS ONE，一审不到30天（3月12日-4月10日），两个审稿人，其中一个审稿人建议加一个分析，另一个提出语言需要润色。我们花了一个星期的时间进行修改，并于4月18日重新投稿，二审历时11天，文章接收。值得注意的是，这是一篇阴性结果的文章，审稿人建议加一个non-superioritytest以证实我们的结果，这个test我没有接触过，还要感谢一位园友的大力帮助，在文章修回时也将她加成了共同作者。总的来说，这篇文章在PLOS ONE投稿还算顺利，审稿也很快。负责这篇文章的主编是武汉同济医科大学的一位教授，从PLOS ONE发表的文章来看，他经常handle一些meta分析的文章，人很Nice。根据实验室之前发表PLOS ONE的经验，文章接收后，我的导师会申诉减免版面费，一般是减到100美元，之前两次都成功了，不知道这次会怎样。