| 排名 | 机构名（中） | 机构名（英） |
| 1 | 中国科学院 | CHINESE ACADEMY OF SCIENCES (CAS) |
| 2 | 中国科学技术大学 | THE UNIVERSITY OF SCIENCE & TECHNOLOGY OF CHINA (USTC) |
| 3 | 清华大学 | TSINGHUA UNIVERSITY |
| 4 | 北京大学 | PEKING UNIVERSITY |
| 5 | 上海交通大学 | SHANGHAI JIAO TONG UNIVERSITY |
| 6 | 华大基因 | BGI |
| 7 | 浙江大学 | ZHEJIANG UNIVERSITY (ZJU) |
| 8 | 华中科技大学 | HUAZHONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY (HUST) |
| 9 | 复旦大学 | FUDAN UNIVERSITY |
| 10 | 香港大学 | THE UNIVERSITY OF HONG KONG |
| 11 | 香港科技大学 | Hong Kong University of Science & Technology （HKUST） |
| 12 | 厦门大学 | Xiamen University |
| 13 | 中国农业科学院 | Chinese Academy of Agricultural Sciences(CAAS) |
| 14 | 南京大学 | Naniing Universify |
| 15 | 中国医学科学院 北京协和医学院 | Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College |
| 16 | 中山大学 | Sun Yat-sen University |
| 17 | 北京生命科学研究所 | National Institute of Biological Sciences, Beiiing(NIBS) |
| 18 | 山东大学 | Shandong University |
| 19 | 华东师范大学 | East China Normal Universify |
| 20 | 南京医科大学 | Nanjing Medical Universify |
其实中国学者在国际上各类杂志上发表论文的数量已经达到世界第2名，而在高水平杂志上发表论文的数量仍远远落后，例如在亚洲就与日本有很大距离，甚至只能和韩国等国家排列在一起。看到快速进步的同时一定要有清醒的认识，中国高质量研究论文在国际上根本无法和大多数国家比较。
亚洲排名第一的中国科学院大学在国际上只能排在12名，和国际第一的哈佛大学的差距十分巨大。更不要说排在中国第二的中国科技大学，在国际上只能排到70多名。
中国科技论文“总数多水平低”才是学术研究的真正现状。
5月30日，《自然》亚洲（natureasia.com）发布《2012 中国自然出版指数》（Nature Publishing Index 2012 China）。报告数据显示，中国在全球基础研究领域正在扮演着越来越重要的角色。
《自然出版指数》是以国际知名学术出版机构英国自然出版集团的《自然》系列期刊在前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。该指数为评估科研质量提供了新渠道。每年4月上旬发布。《自然出版指数-中国》是自然杂志特别为中国推出的，目前已经推出 3 期（查看前两期报告）。
《2012 中国自然出版指数》显示，来自中国的作者在 2012 年度在《自然》及其子刊上共发表了 303 篇论文，占论文总数的 8.5% ，这一数字比 2011 年同比增长了 35%。2011年发表的论文总数为225篇，占当年总数的7%；2010 年发表的论文总数为 152 篇，占当年总数的 5.3%。如果追溯得再久一点，在 2000 年，当年只有 6 篇发表在《自然》及其子刊的论文有来自中国的作者参与。
《2012 中国自然出版指数》发表的数据更明显地说明了中国科研产出的质量正在迅速提升，中国正在成为科技论文发表和科研产出的国际领先力量。 全球学术机构论文发表的统计结果将会于2013年 6 月发表，与其他传统科技强国相比，中国的增长尤为显著。
此外，该报告还针对政府投资，各科研机构和城市对于中国科研水平快速增长的贡献进行了深入分析。
在机构排名中（下图），中国科学院和中国科技大学和 2011 年一样，继续稳坐科研产出最多的前两位。位列第三到第五位的分别是清华大学，北京大学和上海交通大学。 排在第六位的是在 2012 年度表现突出的华大基因，其 2011 年的排名还是第十。《2012 中国自然出版指数》中有一篇文章专门分析了上海交通大学和浙江大学（从 2011 年的第十一跃升到 2012 年的第七位）高质量科研产出的迅速增长。通过这本增刊发表的统计数据，我们还可以看到中国在除了传统强项物质科学之外，在生命科学领域的高质量论文产出也有明显的增长。
《2012 中国自然出版指数》研究机构排名 Top20：
《2012中国自然出版指数》还对各城市的科研产出进行了排名。北京继续排在第一，从第二到第五依次为上海，合肥，香港和武汉。
此外，报告统计数据还显示，除了传统强项物理科学外，中国科研人员在生命科学领域的高质量论文产出也有明显增长。
《自然》系列刊物涵盖物理、化学、生命科学等多个基础科研领域，但对应用科学、临床医学等研究覆盖相对较少。因此，自然出版指数主要作为衡量高质量基础性研究的指标。此外，科研机构的规模、研究人员数量也会影响相关排名。
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