解构表达谱类文章的四步写作法

大家好，相信有不少朋友手里有高通量的表达谱的数据，比如表达谱芯片、RNA-seq 或者蛋白质组学的相对定量数据，今天我们通过文章的案例来理一理这类文章（Expression Profile）的写作套路，先看几个例子：

Long noncoding RNA expression profile analysis of colorectal cancer and metastatic lymph node based on microarray data. Onco Targets Ther. 2016 Apr 26;9:2465-78.
Expression Profiling of LPS Responsive miRNA in Primary Human Macrophages.J Microb Biochem Technol. 2016 Apr;8(2):136-143.
Circular RNA expression in cutaneous squamous cell carcinoma.J Dermatol Sci. 2016 May 25. pii: S0923-1811(16)30099-8.
Proteomic Profiling in the Brain of CLN1 Disease Model Reveals Affected Functional Modules.Neuromolecular Med. 2016 Mar;18(1):109-33.
Metabolomics and metabolic pathway networks from human colorectal cancers, adjacent mucosa, and stool. Cancer Metab. 2016 Jun 6;4:11.

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下面我们直接分析这种模式文章的套路，从文章结果来看，我们以 4 个 figure，2 个 table 为例，文章的结果展示一般是这样的：

1. 整体性描述：鉴定到了多少分子，其中有多少是新的，上调的有多少，下调的多少，配图 figure1 为聚类图为主，说明的是样本和分子表达的整体差异，散点图等也较为常见，配表一般为差异基因列表。




2. 功能注释：最常见的就是 GO 和 KEGG，基因和蛋白一般是直接分析的，非编码 RNA 还需要进行靶基因预测，然后进行功能注释，配图 Figure2 常为横道图，Table2 常为 GO 和信号通路列表。



3. 网络关系图：这部分就要挑选一些分子、通路进行分析了，网络图的种类有很多，比如 CNC Network（Coding-Non-Coding Network），蛋白-蛋白互作（Protein-Protein Interaction Network）, 信号通路图（Pathway-Patthway Regulating Network）等等，主要说明的就是这些分子与研究主题的关系了。



4. 验证图：通过低通量的「金标准」方法对高通量结果进行验证。



最后我们总结下这类文章的特点：

1）主题创新。这是这类文章成功的关键，我们以前说过，如果只有你能拿到熊猫的样本，那就从 mRNA、microRNA、lncRNA、蛋白、代谢等角度筛呗。

2）数据类型，表达类高通量。高通量筛选检测分子的类型很多，比如 RNA-seq，除了表达差异外，还包括了可变剪接、基因融合等结果，我们今天说的这种类型只特指表达谱类型的，即分子的表达差异，而非结构性异常。

3）实验设计较为简单。实际上有很多从临床样本出发的文章就是样本+筛选+验证这样的思路，比如两组 12 个样本（6 个癌旁+6 个癌），测序后加 qRTPCR 验证。

4）文章结构高度相似。原因也很好理解：从样本往后，测序、芯片或者质谱都是服务公司做的，而且公司之间能做的分析也差不多，所以手里的数据结构也差不多。

5）时间快，风险小。实际上这种模式文章的最大风险就是文章被抢发，而且个人感觉对于想真正提高科研能力和思维的童鞋来说效果不大，如果一类新分子刚被报导（比如环状 RNA），那么关于这类分子的研究就形成了科研真空，大家会自发的在大约 2-3 年内把各个主题的筛选工作完成。

6）门槛低，烧钱。这点不得不承认，当然有人会说文章的分数太低，对某一新领域的研究都是漏斗形的，筛选就是漏斗的顶部。下次我们讲这两篇文章，看看发 GUT，除了筛选还要做哪些工作：

Tumour-associated and non-tumour-associated microbiota in colorectal cancer.Gut. 2016 Mar 18. pii: gutjnl-2015-309595.

The gut microbial profile in patients with primary sclerosing cholangitis is distinct from patients withulcerative colitis without biliary disease and healthy controls.Gut. 2016 Feb 17. pii: gutjnl-2015-310500. 文章下载链接: http://pan.baidu.com/s/1jIDAO78 密码: ccth