为纪念创刊 125 周年，Science 杂志于 2005 年 7 月提出了 125 个重要的科学问题，其中包含 25 个最突出的重点问题（highlighted questions）以及其他 100 个生命科学、物理学、数学等领域的难题。(Science 125th Anniversary SPECIAL ISSUE Vol 309, Issue 5731)
问题分布
这 125 个问题，其中涉及生命科学的问题占 46%，关系宇宙和地球的问题占 16%，与物质科学相关的问题占 14% 以上，认知科学问题占 9%。其余问题分别涉及数学与计算机科学、政治与经济、能源、环境和人口等。
25 个最突出的重点问题中，涉及生命科学的问题有 15 个，占 60%。
25 个最突出的重点问题
问题 1：意识的生物学基础是什么?
问题 2：为什么人类基因会如此之少?
问题 3：遗传变异与人类健康的相关程度如何?
问题 4：人类寿命到底可以延长多久?
问题 5：是什么控制着器官再生?
问题 6：皮肤细胞如何成为神经细胞?
问题 7：单个体细胞怎样成为整株植物?
问题 8：地球生命在何处产生、如何产生?
问题 9：什么决定了物种的多样性?
问题 10：什么基因的改变造就了独特的人类?
附 25 个最突出的重点问题
1. 宇宙由什么构成?
2. 意识的生物学基础是什么?
3. 为什么人类基因会如此之少?
4. 遗传变异与人类健康的相关程度如何?
5. 物理定律能否统一?
6. 人类寿命到底可以延长多久?
7. 是什么控制着器官再生?
8. 皮肤细胞如何成为神经细胞?
9. 单个体细胞怎样成为整株植物?
10. 地球内部如何运行?
11. 地球人类在宇宙中是否独一无二?
12. 地球生命在何处产生、如何产生?
13. 什么决定了物种的多样性?
14. 什么基因的改变造就了独特的人类?
15. 记忆如何存储和恢复?
16. 人类合作行为如何发展?
17. 怎样从海量生物数据中产生大的可视图片?
18. 化学自组织的发展程度如何?
19. 什么是传统计算的极限?
20. 我们能否有选择地切断某些免疫反应?
21. 量子不确定性和非局部性背后是否有更深刻的原理?
22. 能否研制出有效的 HIV 疫苗?
23. 温室效应会使地球温度达到多高?
24. 什么时间用什么能源可以替代石油?
25. 地球到底能负担多少人口?
进展如何
Science 杂志当时指出，在未来的 25 年内科学家很有希望找到这些重要基础性问题的答案，科学界也因此面临挑战。
今天距离 Science 杂志提出这 125 个重要科学问题已经过去了 11 年，人类在科学研究的很多领域已取得了长足发展。这些问题中是否有些已得到了解决？有些已取得阶段性进展，还有些没有任何答案。