十八大提出改国立科研机构为官办科研机构。这可能是国立科研机构去政府编制化，去官僚化的一个信号，这思路无疑是正确的。但要办好国立科研机构，这也许并不是最迫切要解决的问题。最迫切要解决的问题是：国立科研机构的资源配置方式必须彻底改革。
国家为什么要办科研机构？前科学院院长路甬祥院士表述的十分清晰：国立科研机构应该为国家做出基础性、战略性和前瞻性的贡献（简称“三性贡献”，下同）。该类研究是大学教授分散的、自由探索式的研究力不能及的，是企业在有限期限内由于没有既定的回报而不愿意从事的（大意如此）。这也是国立科研机构存在必要性的体现。做正确的事比做事正确更重要，因此方向性的东西当然要把握。
科学研究的“三性贡献”目标决定了国立科研机构的科研范式。该类研究应该是政府宏观指导下的科研过程，非此不足以确定其基础性和战略性的必要；同时也必须是科学家或科学家群体的一种自由探索，非此无以前瞻性地进行原始性创新。更为重要的是：科学研究的自由乃是科学的本质。即使是大规模、高投入、集团化的技术驱动型科学研究范式，仍然离不开自由思想的假设驱动。科学研究是一类特殊的生产过程，其所面对的是未知的世界，静极思动的灵光闪现是科学发现的最高境界，这就叫原始性创新。因此科学研究的最优“范式”原则必然是：有天分、爱科学的人，在尽可能充足的条件保障下，“心无旁骛”的思考科学问题。
我国建国已经60多年，改革开放也已经三十年。但我们还没有能产生足以影响人类文明的重大原始性科学创新成就。尽管原因是多方面的，但我国科技资源的配置方式的错位是造成该类问题的主要原因之一。为了说明这个问题，笔者调研了几个生命科学领域的国立研究机构。得出如下结果：1.改革开放以来，我国科研投入大幅增加。最近5年的年均增长高达23.4%. 国立科研机构的经费总量也已经大幅上升，在这些经费总量中，直接和间接来自政府财政的经费比例很高，一般约占80%以上。2．在经费总量中来自财政的稳定性支持的基本运行和事业性经费所占比例偏低，只占其总经费的1/3左右。另外2/3的科研经费来自于科技部、发改委、财政部、卫生部、农业部、教育部、基金委等国家政府部门和军方、地方、企业和国际机构等项目性委托（简称十个渠道，下同）。笔者调研了近20个研究小组，在这些小组的经费支出当中，约70%的支出经费来自于研究组人员从上述“十个渠道”所争取的“竞争性经费”。也就是说：目前国立科研机构主要是通过竞争，以项目经费为主要配置资源，且项目经费来源渠道众多。
国立科研机构通过争取项目经费配置资源，是随着中国改革开放的历史进程逐步形成的。在之前，我国国立科研机构也是得到政府预算性稳定支持的。尽管当时资助强度很低，但我国科技届也取得了不小的成绩。在生命科学领域，曾诞生了人工合成牛胰岛素这样的成果。这是我们到目前为止最接近诺奖水平的原创性的生命科学成就。改革开放以后，为了提高资金使用效率，激励科研人员的工作热情，服务与国家战略需求等，资源配置方式发生了较大的改变。 30多年来，这一模式产生了一些积极的作用，也直接和间接导致了诸多复杂的问题和不良后果。
一、国立科研机构无法自我定位。
国立科研机构确定自身发展定位，思考在国家创新体系中的作用是其职责所在。以中国科学院为例，就曾经有过“一院两制”、“分类定位”、“两个面向、三性贡献”和“一三五发展”等关于自身发展定位的思考。但如果没有相应的资源配置的改革，这些定位自身的思考只能是“自说自话”。国家对这些思考缺乏足够回应的热情，科研人员本身对此也不以为然，因为他70%的生存机会来自于科研机构之外资源争取。从某种程度上说，机构的自身科学功能和定位不是由科学家共同体自身决定的，而是由掌握着他们70%资源的政府机构决定的。这就可以解释为什么有的科学家没有热情和愿望去了解所在机构发展规划的原因。
曾经有财政部有识之士设想将国立科研机构的全部经费纳入统一稳定支持预算。但另一批有识之士立即否定了这个想法，他们认为国立科研机构应该去做国家项目。国家各政府部门所设立的项目如果一流的国立科研机构不去申请，难道交给二流的队伍去做吗？这个观点好像有道理，其实隐藏着巨大的谬误。这里面至少隐藏着三个假设：一是只有国家各政府部门所设立的科研项目才是国家需求，这是我国政府官本位的体现和对国家需求的片面理解；二是国立科研机构不具有判断国家需求的能力，这是对国立科研机构和科学家的不信任；三是国立科研机构才是一流的队伍，这是对全国科技创新体系的片面理解。
笔者认为：国立科研机构思考自己的学科定位，把握和突破基础性、战略性和前沿性的科学问题，就是把握了国家需求，也就体现了国家利益。因为科学进步对国家的社会经济发展的直接贡献在许多情况下是不可预知的，因此不能因为看不到短期的应用前景而贬低其科学的价值。那种认为科学研究必须面向国家经济发展的言论，只能是不了解科学史的一种短见。
二、畸形的研究所法人和科学家的关系。
在这样的资源配置模式下，研究所法人和所属科学家的关系变的畸形可笑。研究所只是科学家开展科研工作所依托的一个平台而不是科学研究的有效组织者，科学家是研究所发展存在的条件。为了维系这个条件，研究所无法对科研人员的研究活动进行有效组织，也缺乏对研究人员合理使用经费进行严格监管的主动性。研究所所能做的最明智的事情是鼓励科学家尽量争取“竞争性科研经费”。科研经费当中有项目的管理费可以抽提到研究所财政作为研究所运行经费的有效补充（该项经费最近改革为间接性经费，数额有所上升）。有研究所所长戏称这种关系为“海龙大厦”。海龙大厦是中关村一家有名的规模巨大的电子产品市场，大厦管理者靠收取摊位租金的方式运行。
三、资金的使用效率低下。
有机构曾对“北京生命科学研究所”（简称北生所，下同）的研究模式做过研究。“北生所”在成立不长的时间里，迅速发展，取得了不错的成绩，一般认为要好于其他同领域的国立科研机构，至少在国际高端论文的产出方面是如此。笔者通过非官方渠道对该研究所的经费总量和获得渠道进行了一个调研，并比较了公开出版的若干国立科研机构的财务数据。十分清楚的是：该研究所的经费来源是全额的预算稳定支持。科研人员不需要再向“十个渠道”争取经费，尽管他们也可以申请。在“北生所”，研究组长们认为一个适度规模的研究组一年的总经费在400万左右是一个合理的上限，超过这个数额基本上就用不了了。比较确定是：和相同领域的国立科研机构相比较，“北生所”人均经费不是高于而是小于所比较的国立科研机构。“北生所”人均经费少而产出多，尽管可能有其他的原因，但资源配置方式肯定是最重要的原因之一。无怪乎有人形象地说：“北生所”是一个人“忽悠”（指所长去争取国家稳定性支持），其他人（指科学家群体）不“忽悠”；而我们国立科研机构是一个人“忽悠”（指所长去争取国家稳定性支持），其他人（指科学家群体）也“忽悠”（指全体科学家的主要精力去争取十个渠道的竞争性经费）。也有人形象地比喻说：国立科研机构的科学家手里攥着一把瓜子，攥得再多，也吃不饱。而我们的竞争对手手里拿的是一块肉，吃一块下去就够了！
四、科研课题重复设置，有些是低水平的。
据公开的资料统计，某国立科研机构有6万多员工（含工人等所有人员），却有8万多在研的科研课题。有的小课题经费只有1-2万元经费，却必须立项和管理。由于这些经费是科学家自由争取的，即使是已经结题，研究所也不敢草率处理其剩余经费（近些年由于国家预算严格管理，该现象有所好转）。由于所有的资源是条块分割、画地为牢的，难免重复设置。掌握项目审批权力的政府部门也知道科研人员不会只有一个在研的科研项目，于是，科技界一个惯用的做法是拿一个部门的钱做事，你所在单位得另外找钱来“匹配”，单位又无钱匹配，就得多方筹措。你匹配我，我匹配你，多数情况这种“匹配”就是假招子。争取课题经费时热闹非凡，但面对如此众多的科研课题，课题的结题和完成情况的认真评估几乎是不可能的。重立项、轻评估的现象普遍存在。而效率就在这个游戏中溜走了。
五、基本建设重复购置现象更严重。
大型仪器设备购置通常又有一批专门的政府部门接受申请并审批办理。只要能说服他们，昂贵的尖端设备就会得以购买。这些审批注重购买该仪器的必要性，却不关注该设备的运行和维护，更不用说使用效率了。这导致大量的重复购置。以基因序列测定仪为例，目前国内二代测序仪器已经有许多台了。但测序是一项高度专业化和集团化的工作，许多仪器自购买之后就没有开机过，许多单位的机器开机率很低。这个现象只要到代理商那里统计一下专用试剂的消耗量就可以知道。
政府对高端设备审批流程还面临一个最大的问题是时间效率。通常要先通过审批，得到进口若干台架次的指标，再经过具体的评审，最快的周期也的一年半左右。以基因测序仪为例，美国最先进的设备大概在使用2年左右后开始大量出口，通过我们的指标审批、预算审批、采购审批和到位安装调试，国际上最先进的生物仪器通常在3-4年的时间里才能在国内使用。而现实的残酷是，每4-5年（至少在基因组测序领域如此），新一带替换性设备出来了或升级换代已经开始。这又导致新一轮的重复购置。
六、科学家的工作时间和精力被大量事物性工作所占据。
经常听到同事从国外回来高兴地说：这次出国收获很大，安安静静地写了不少东西。在国内安静不下来，没法干事。说这些话的同事多半是主任级的科学家，都领导着大的研究团队。他们为什么安静不下来？除了国内科技界整体的浮躁情绪外，事务性的工作堆积也是一个重要原因。要向“十个渠道”“竞争性争取”资源，有多少事物要打理呢？有多少人情要走动呢？有多少“proposal”要书写呢？有多少实验要安排，有多少结果要总结，有多少报告要结题，要多少经费指出要审批…. 如此现状，要静得下心来写东西确也难得，更不必奢望灵光闪现了
。
七、优秀人才难以合理聚集。
在这样的环境下，热爱科学的优秀人才难以真正聚集。从***的实施情况看，优秀的人才宁可选择高校作为自己回国发展的依托，而不选择国立的科研机构。其中一个原因是高校有教学任务，还由于一个最后可以托底的稳定性在。而在国立科研机构，“逃离科研”的行为正在向年轻一代的科研人员发展。
更为严重的，在“十个渠道”配置资源的模式下，争夺人才成为争夺资源的手段。所有的研究机构包括大学都会热情高涨地掀起引进人才的热潮。因为这些“人才”本身就带着资源来得，一个“青年***A类”至少一次性地为研究所带350万的科研经费。并随后可以申请更多的资源。“***”、“万人计划”，这些带有明显计划指导的人才计划无一不是被演变成机构、地区争夺资源的不当行为。至于该人才在本机构中发挥最大作用的必要性，是一个顺带应该考虑的问题。这导致人才无序的竞争和流动，兼职、走穴现象屡见不鲜，屡禁不止。这还导致科研机构的膨胀和科研内容的重复，据公开的数据显示，
八、学术不端和急功近利。
去年早些时候，中国科学院地质与地球研究所候补院士段振豪案震动全国。一个资深
科学家通过伪造票据等手段，疯狂套现国家科研经费，并爆出绯闻等若干。这个案件是由于段进入院士侯选阶段，其婚姻纠葛人为泄愤而实名举报而引发的。这一过程足以说明，类似学术腐败只是科研系统腐败状态的冰山一角。科研人员为谋生存、求发展必须通过各种“竞争性”手段争取经费，滋生了腐败的温床，这也时刻考验着政府的廉洁；另方面，经费是科研人员争取的，其所在机构在管理的过程中底气不足。段振豪所有的假票据并非十分逼真，检察院立案调查，一眼就看出问题，可在日常的报销过程中为何就发现不了呢？科学家的精力一旦放在争取经费上，科研工作本身只好浮躁应付，因此学风日下，学术不端行为日益严重。种种乱象，一言难尽。
综上所述，我国对国有科研机构“十个渠道”“竞争性”争取经费为主的资源配置方式，直接或间接地导致上述8大危害，这些危害部分地解释了我们为什么没有原始性创新，因此必须彻底地予以改革。
十八大和新一届政府提出转变政府职能，这实在是说到了要害。政府应该成为纳税人的服务机构。要理顺政府在配置资源过程中的地位和作用，否则必然形成““跑“部”钱进””的局面。具体说：政府对国立科研机构的干预过于具体，政府部门在配置资源的过程中发挥的作用太大。
最新出版的“世界各国国立科研机构概况”（科学出版社2013年4月）一书归纳了世界各国国立科研机构的资源配置和运行的四种方式：一是目标导向的机构配置模式，为完成特定科技目标而设立。以美国众多的科研机构为代表如NIH等。由政府全额资助，白宫预算，国会批准执行。二是基础研究稳定配置模式，如德国马普学会，由联邦政府全额预算支持。三是以机构配置为主，项目竞争为辅的经费配置模式，主要以法国、韩国、印度等为代表，其政府稳定支持力度在80%以上。四是以应用导向的市场配置模式。主要以德国弗劳恩霍夫协会为代表，主要经费来自与企业委托，政府财政拨款不超过1/3，支持其开展市场失灵下的前期研究。可以看出，除了市场化获得企业委托的研发经费以外，国立科研机构的经费支持模式基本上是以机构预算为主的全额预算体制。总结我国国立科研机构的资源配置模式的情况是：政府总体投入已不算少，且占国立科研机构总经费的80%以上，但政府并不一次性整体预算投入，而是由各政府部门（十个渠道）将资金切成小块后通过“竞争”支持国立科研机构，而这样的竞争在实际操作中的危害如上所述。
我们的建议是：1、对于偏向于基础的国立研究机构，通过人大立法，对科研机构提出宏观要求，预算性地给予国立科研机构以稳定的支持，由科研机构自行决定经费的使用方式和用途，并不允许（或不鼓励）其自由争取其他外部的任何经费资源。建议早期可先行设立一些有代表性的机构进行试点。2、对于研究发展和工程类国立科研机构，应进一步强化目标导向。3、在面向市场的应用领域引导成立国立科研机构科技开发总公司，代表国家承接和管理相应的知识产权并负责科技成果转化和科研产品的开发。改变目前一些小型研究机构各自进行低水平市场化开发和国有资产管理不规范的现状。
稳定预算性地为国立科研机构配置资源，也会带来其他的问题。解决这些问题应强化对机构的整体表现的考核，并对于国立科研机构的设立、调整、撤并等做出制度性的安排等等。我们无法预知所有可能的问题，但我们应该改革和尝试。
在中华民族伟大复兴的进程中，如果没有中国科学家对世界文明做出巨大的贡献，这种复兴理论上是不存在的。为了实现这个伟大复兴的梦想，让政府和科学家共同努力！