FCM 数据的存贮的方式是 FCS2.0（flow cytometry standard），采用列表排队（List Mode）方式。易于加工处理分析，但缺乏直观性，数据的显示通常有一维直方图、二维点图、等高线图、密度图等几种。由数据还可以做出标准曲线进行定量分析。
坐标轴的意义？
单参数直方图
每一个细胞单参数的测量数据可以整理成统计分布，以直方图的方式来显示。在图中，横坐标表示荧光信号或散射光信号相对强度的值，其单位是道数（channel），可以是线形（line）或者对数（log）。纵坐标一般是相对细胞/粒子数（count）。
二维图
在二维图的中，横坐标/纵坐标都表示荧光信号或散射光信号相对强度的值，可以是线形（line）或者对数（log）。双参数图可以将样品细胞群分开，从而方便对感兴趣的细胞进行分析。
「Gate」和「Regin」？
设门是流式细胞分析中一种重要的技术，只有通过最佳的设门方式，才能准确地获取和分析数据，从而得到临床诊断和科研中有价值的信息。
On-line gating(threshold gating) 监测/获取数据
Off-line gating： 分析实验数据
散射光设门/荧光设门
散射光/荧光联合设门
多重逻辑门（组合门）多重逻辑门 G3 = R1 and R2 (G3 = R1×R2)
其它： G = R1 or R2 G = R1 not R2
流式图中的颜色与荧光颜色？
流式图中的颜色为区分不同细胞群而人为指定，与荧光颜色无关。
流式图中的阴/阳（N/P）如何划分?
如何做 M1 阴性界限？实际上，这个 M1 的划分完全是根据阴性（同型）对照来的。如下图：左图为同型对照，即：您所检测的物质在阴性组中的基础表达量，可以理解为背景、静息状态下、基础水平、未受刺激时等。右图即阳性组，也就是接受刺激后，功能状态下、药物作用后等。
阴性正好在 101 划分？
其实，我们可以人为地将电压，放大倍数调到相应的大小，使阴性的右边界在某一个值上，（通常划在 101 附近）这样后期做 sample 时好看。当然也可以调到 102，103 次方。
为什么要进行荧光补偿？
流式细胞分析中经常要用到 2 种以上的荧光标记抗体进行染色，而目前所使用的多种荧光染料发射谱间有一定重叠。
「荧光补偿」这个术语是指修正荧光渗漏的过程，如从探测器除去除匹配荧光以外的任何荧光信号。