Photoshop 是一款强大的作图软件，虽然某些方面可能不及专业的图像分析软件，但用来修改图片，达到一般的投稿要求还是绰绰有余的。另一方面，对于科学工作者来说，对于 Photoshop 的强大功能也不宜过分研究，以免被用来造假。
任何修改工作都是在原始图像的基础上进行，如果原始图像质量不佳，那必将事倍功半。下面对有利于原始图像质量的细节略做介绍。因为不同来源的图像，其注意点也不一样，因此分开。
1. 来自照相的
获得的数码文件多是在显微镜视野下采集的，因此聚焦和曝光是必须要考虑的。
显微镜下景深极浅，意味着聚焦清晰不能依赖于小光圈，而应靠精细调节显微镜。注意应使照相通道和目镜观察通道相一致以方便拍照（即目镜下最清晰时也是拍照最清晰的）。
拍照时相机应选择最大光圈，广角端。不要使用望远变焦，它使得视野变小且放大倍数难以计算。聚焦不清的另一主要问题在于相机的抖动。虽然一般相机都固定在显微镜上，但按快门时的手震有时仍不可忽视，这时一个简单的办法是利用相机的自拍功能，按下快门之后经倒数计时后正式拍摄。
一般明视野下，利用相机的自动曝光都能达到要求；暗视野下有时需要高达几分钟的曝光时间，这是一般数码相机达不到的，只能通过专业的 CCD 系统并用软件帮助采集图像。一些软件可以用来修改曝光不足的照片，但曝光过度往往使图像细节丢失。
显微镜下拍摄时闪光灯不起作用，将它关闭。通过白平衡，一般不会产生严重的偏色。另外，由于镜头的原因，边角处难免会有失真，因此，请保证目标在视野正中，镜头成像最佳范围内，而无须铺满整个视野，现在的数码相机的像素值已经足够高了。
2. 来自采样软件的
采样软件所采得的原始图形一般储存在特定格式的文件中，通过该软件或配套的分析软件打开。有的采样或分析软件可以将图形直接输出到 word 或 Photoshop 中，但有的则不能。这时最简单的办法就是通过抓屏或抓图软件来获取。
通过采样软件获取的图形输出后仅做些切割、拼合的工作，不应该做更多其它的修改。图形在采样软件中可以通过改变 x， y 轴的缩放比改变形状，因此一组图片应该选择统一的标准，并且标注 x，y 标尺。
图形的精细程度和采样频率相关，采样频率越高，图片越精细。图片中不必要的颜色信息可以在 Photoshop 中丢弃，图像 / 调整 / 去色。
3. 来自统计作图软件的
常用的统计作图软件包括 origin、sigmaplot 等，功能非常强大，但一般应用 excel 也可满足。这些软件作的图一般都可直接输出到 word 及 Photoshop 中（如 excel，选中图片，右键复制，打开 Photoshop，新建，自动跳出匹配的画布大小，编辑 / 粘贴 即可），所以修改图片应多在统计软件中，输出后不宜多做修改。
图中尽量不要用颜色或灰度来区别组间，而多利用形状特征。如 excel 的柱状图，选择 填充 / 图案，里面有足够多的选择项。各统计作图软件功能强大，超出了本文叙述的范围，就不多说了。
最后，提醒一句，图片修改工作量大，需要计算机系统稳定且处理器强大，并优先考虑增加系统内存大小。需要工作者耐心细致，初时多做尝试，明确自己的目的要求并操作熟练后，立争一气呵成。