献给初学者:手把手教你设计引物

2016-08-23 11:34 来源:生物学霸 作者:xiaozou55
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不知不觉几年下来自己也快毕业了,感谢丁香园这些年来的帮助。没有什么可回报的东西,就教教新人如何设计引物吧,尽量做到手把手的教,图文并茂。

丁香园论坛中关于引物设计的帖子不少,以前很多站友会推荐 Oligo、PrimerPremier、DNA man 等等软件。这些软件设计完最后还是要去 BLAST 比对下,所以我教大家一种易懂实用的在线设计方法。

就以人的 PTEN 基因为例,首先你要找到他的基因序列,如果你要用的是 cDNA,就找它的 mRNA 序列。如果你要做的是 DNA,就找 DNA 的序列。

以 cDNA 为例,普遍的一种方法是上 Pubmed 中 GENE 栏搜索找到 cDNA 那栏,但 Pubmed 导出序列不太方便,我介绍个网站 http://asia.ensembl.org/index.html。

1. 输入目的基因,进入。

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2. 在左侧栏选择 TRANSCRIPT,选择后进入。

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3. 选择 PTEN-001 中的 TRANSCRIPT 进入,点击左侧 cDNA。

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4. 然后点击 CONFIGURE THIS PAGE 进入设置你要显示的内容。

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5. 除了第一栏 SHOWEXONS 选择 YES 外,其他的都选择 NO,然后取个名字保存 SAVE CONFIGURATION AS。

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6. 然后在左侧栏点击 DOWNLOADVIEW AS RTF 可下载你要的 cDNA 序列,这个文件可以用 WORD 打开,不同的颜色代表一个外显子间断。

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下载后打开的 Word。

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7. 然后根据可以根据你感兴趣的序列设计引物了,比如我在分别在第 6 和第 7 外显子分别设计上下游引物。选取并复制第 6 和第 7 外显子序列。

7.png

8. 登陆 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/,粘贴这段序列,设置好 RANGE 和 PCR 产物的大小,然后在下面点击 GET PRIMERS,可以在线设计并比对引物。

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9. 最后选择一个比较特异性的引物,条带大小要尽量单一,其他的基因序列尽量不要比对到。

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文章来源:xiaozou55

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编辑: 王璐

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