我们在科研工作甚至日常生活中遇到的缩略语比比皆是，可以轻易举出很多例子，比如说到疾病，有 ALS、AIDS、PAH，致病的病毒 HIV、HPV，实验的试剂 PBS、TBST、实验方法 TUNEL、IP 等等。在科研论文写作中使用缩略语时，需要注意下面几点：
1. 一个词或词组在文中出现三次或以上才可以用缩写，否则需要写出全称。也就是说如果只出现一次或两次，每次都要写出全称，而缩略语就不需要给出了。出现的次数是在摘要、正文 (从前言到讨论)、每个图注以及每个表注中分别计算的。如果一个词在摘要中出现一次，正文中出现多次，图注中又出现一次，那么摘要中只要用全称，不要用缩写；正文中第一次出现时用全称，后面用缩写； 图注中用全称，不用缩写。
2. 缩略语在文中第一次出现时需要定义。这里所谓第一次，也是摘要、正文 (从前言到讨论)、每个图注以及每个表注中分别计算的。如果摘要和正文都符合上面所说使用缩写的规则，那么摘要中需要定义一次，正文中还需要定义一次。定义就是写出全称并在括号中给出缩写。
The patient was diagnosed with pulmonary arterial hypertension (PAH).
如果图例或表格中为了节省空间出现了缩写，那么在图注或表注中要解释缩写。
PH: pulmonary hypertension, PAH: pulmonary arterial hypertension.
写全称时一般是全部用小写，除非是人名、地名等专有名词，而缩写一般是全大写，除非是约定俗成的写法，比如用 ChIP 代表 chromatin immunoprecipitation。
虽然有时候我们可能觉得某个缩写是论文所在领域非常普遍使用的，没有必要定义，可是还是应该考虑到也许有其他领域或者新进入这门领域的读者会阅读这篇论文，所以期刊都规定缩略语要先定义再使用。确实有不需要定义就可以使用的缩略语，比如 DNA，RNA，mRNA 在生物医学领域的文章中就不需要定义，标准单位写在数字之后（2 kg，5 mL）也不需要定义。
但是这种所谓的标准缩略语并不多，如果不能确定还是在第一次出现时给出全称比较好，例如用 miR 代替 microRNA 还是需要定义的。有些期刊会列出该期刊中不需要定义就可以直接使用的缩略语，比如 Journal of Clinical Investigation 就给出标准缩略语列表 (http://www.jci.org/kiosk/publish/abbreviations) 并指出这些缩略语可以直接使用。如果期刊没有特别规定，应该每个缩略语使用时都要先定义。定义之后记得要一直使用缩略语，不要再使用全称。
3. 尽量避免使用缩略语。一篇文章完全不使用缩略语不见得可行，但是尽量少用为好，而且只使用比较常见的缩略语。使用缩略语的目的是为了便于读者对文章的阅读理解，比较长的词组如果反复出现，不便于读者的快速阅读，所以用缩写更合适。有些词可能多数读者对缩写更熟悉，这些词用缩写也便于读者理解。如果很多比较短的词也用缩写，而且不是普遍使用的缩写，读者就经常要停下来去查找缩写代表的词意，思路就会被打断，所以会影响对文章的理解。
比如，有的作者把 mast cell 缩写成 MC，这种用法并不常见而且意义不大，因为 mast cell 只是两个单音节的单词，MC 虽然减少了一个单词，但还是要念两个字母，也是两个音节，所以对于快速阅读理解并没有多大作用，反而很可能会因为不知道这个缩写代表什么而减慢阅读速度。还经常有作者将维生素的英文缩写，把 vitamin C 缩写成 Vc，vitamin D 缩写成 Vd，这可能是因为我们在中文里说维 C，维 D 等等有关，而英语国家的人是不这么说的，所以用这个缩写会使英语国家的读者感觉到难以理解，还是不用为好。但是 vitamin D receptor 是经常被缩写成 VDR 的。
4. 一个缩略语代表一个词或词组。在一篇文章中，一个缩略语只能代表一个词（组），而且一个词（组）也只能用一个缩略语代表。如果已经用了 SNP 来代表 single nucleotide polymorphism，就不能同时用它来代表 sodium nitroprusside。虽然这两个词组确实都是通常缩写成 SNP，但是在一篇文章中同时出现就会造成混淆，影响理解，所以只能其中一个词组不用缩写。
就这两个词组而言，用 SNP 来代表 single nucleotide polymorphism 更常见，而且这个全称也更长一些，所以建议文中用 SNP 来代表 single nucleotide polymorphism，而 sodium nitroprusside 就用全称。
5. 缩写相关的复数和冠词的用法。多数情况下，我们会用缩略语来代替一个名词，所以如果是可数名词也是有复数的。一般来说，缩略语代表的是名词的单数形式，我们在后面加 s（或者加 es 如果缩略语的最后一个字母是 s）来表示复数。定义缩写的时候通常就可以看出来，比如 endothelial cells (ECs)。
如果缩写本身最后一个字母是 s，复数形式可能感觉读起来不够通顺，比如 bispectral index 经常缩写为 BIS，但是用 BISes 来代表 bispectral indexes 读起来很不方便，所以通常会换一种写法，可以用 BIS value 来表示单数，用 BIS values 来表示复数。
如果缩略语名词前面需要加不定冠词，要根据缩写的读音来决定是用 a 还是 an。例如 human immunodeficiency virus 缩写成 HIV 时我们是念这三个字母，第一个字母 H 虽然是个辅音字母，念这个字母时却是元音开头，所以 HIV 这个词的第一个音是元音，前面要用 an，例如 an HIV-positive test result。而 SARS 我们作为一个单词来念 [s?rz]，第一个音是辅音，所以前面要用 a，例如 a SARS epidemic。
掌握了上面这几个原则，我们就可以通过恰当地使用缩略语来增加文章的可读性。