科研经费一定程度上已经沦为了政府官员寻租的资源。
一直以来，科研经费资源的分配特点是：分散，碎片化。为什么呢？便于寻租，分散的科研资金可以照顾到方方面面的关系。这个钱不是一个人掌握的，是一个「集团」掌握的。科技部门的处长和领导们都可以介绍关系来拿项目，权力最大的是某些厅级领导。处长把项目给了谁，厅长是知道的，因此厅长的关系处长也要照顾。
以前，不同的人会打来电话要项目或说情，他们要照顾方方面面的关系，包括上级的领导以及有利益关系的部门。例如，编制部门的，你给我课题，我给你编制；甚至某些强力部门的领导也来要项目。
这就变成了没有关系的基本上拿不到科研项目，有关系的可以年年拿，甚至可以一年拿好几个，从这个处拿了，又从另一个处拿。我们还有人专门帮人做项目申报书的，就是所谓的科技服务。你的项目我来帮你申报，肯定得。而你自己去申报就不可能得。就像食物链一样，每一个部门在食物链中都有它的一块利益。这条利益链，如果不改革或是不反腐，它是相对平衡的。钱就会这么分下去，大家皆大欢喜。
科技部门虽然不是强势部门，但它有油水，全部是真金白银。一年十几个亿都是白给的。给了你以后，也不管你使用得怎么样，效益怎么样，照说是要管理的，但基本上都不管。因此，大量的项目逾期不结题验收，按时结题率极低。科技部的项目基本是委托各省厅进行管理，通过厅里申报，也由厅里负责结题验收。这种项目不结题的也非常多。
即使很多项目通过了验收，但那也是假的验收。验收的专家都是管项目的人御用的，裁判员和运动员是一体的。
有的项目从一开始申报到最后验收，一条龙都是假的。这当然是科技部门自己本身不作为造成的，最主要的是，科技部门自己的人就参与在这里边，里应外合，内外勾结，当然，还有上下勾结。
为什么会这样，难道没有制度吗？不，制度是相对健全的，而且很严格，但基本不执行，没有人想要去执行。因为监管部门的人也在捞自己的利益，他怎么会去监管？于是，谁也不查，谁也不愿意查。
这根本的原因就在于政府部门直接管项目，管理者把这个直接当作了寻租的平台。中央已经看到这个问题，2014 年底，国务院下发了《关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革的方案》（国发〔2014〕64 号文）。
该方案提出，转变政府科技管理职能，政府各部门不再直接管理具体项目，充分发挥专家和专业机构在科技计划（专项、基金等）具体项目管理中的作用。同时要求，科技计划（专项、基金等）项目全部纳入统一的国家科技管理信息系统和国家科技报告系统，加强项目实施全过程的信息公开和痕迹管理。
但这个文件在地方受到了普遍的抵制。最主要的原因有两个：一是，政府不再直接管项目，而是交给专业机构管，这等于是革自己的命，断臂。要把决定资金分配的权力分给专业机构，他们哪里肯干。二是，要求对科研资金进行整合，科技部门的资金只是一部分，而且是小头，大头在各个部门，中央层面的整合就很难，各地方更没有人愿意整合。目前阻力很大，仅科技部门内部的阻力就非常之大。
科技厅内部原来的科研经费都在各个处里，如果统一起来，各个处就没权了。而且，项目一集中，课题的数量就减少了，很多关系就照顾不到了。原来很多是为了项目而项目，很多课题做出来之后根本就没什么效果。
从目前来看，科研经费的使用效率非常低。甚至可以这么说，相当一部分经费都进个人腰包了，或者被挥霍掉了，而没有真正用在科研上。
如果这种局面不做改变，我们谈创新就是一句空话。我相信改革势在必行，但这将是一个非常痛苦、艰难和漫长的过程。