对在线研究论文进行批注，甚至能够改变论文的写作方式以及同行评议和发表情况。
如果软件允许科学家进行网上评论批注，他们是否愿意为在线研究成果写注解、订正或是评语？非营利组织 Hypothes.is 创始人 Dan Whaley 认为，科学家会这样做。
Whaley 的公司搭建了一个开放软件平台，可以让用户标识出文本，或是在网页及 PDF 文件上进行批注。2015 年 12 月 1 日，Hypothes.is 宣布和 40 多家出版商、科技公司以及学术网站合作，其中包括威立出版社、美国公共科学图书馆、跨库检索 CrossRef、预印本文库 arXiv 等。
Whaley 希望这样的合作能够鼓励研究人员开始批注全球在线学术资料。科学家可以对研究论文进行评论，同时能够公开或在私下里分享这些批注，而且教育工作者可以利用注解在课堂上互动交流。如果这个想法可以启动，一些热心人表示，对在线研究论文进行批注，甚至能够改变论文的写作方式以及同行评议和发表情况。Hypothes.is 于 2011 年受慈善基金资助在加州旧金山成立，该公司有着雄心勃勃的目标：「让全世界的知识可以交流。」
在线批注
该网站成立之初就提出了在线批注的概念。让网页读者批注在线文本的想法从 1993 年就有了，早期的 Mosaic 浏览器（全球最早一款可显示图片的浏览器）就拥有这项功能。然而，该功能最终被抛弃了。今天，系统默认的可以让读者在其网页上进行注解的网站寥寥无几，其中博客平台 Medium 算是一家，还有学术参考资料管理系统 F1000 Workspace 以及新网站 Quartz 也具有这项功能。然而，这些批注仅能被上述网站的用户看到。而其他的一些批注服务网站，如 A.nnotate 或是 Google Docs，都需要用户上传资料到云端服务器，才可以分享注解与评论。
Hypothes.is 并不是唯一一家希望让用户可以便捷地在整个网页上进行注解的服务网站。另外一个叫作 Genius 的网络注解服务器也可以对饶舌音乐进行批注。去年 4 月，该网站发起了诸如浏览器插件目录等服务，帮助用户批注任何一种网页。但是和 hypothes.is 不同，Genius 的代码并不是开放源的，其服务不能和 PDF 文件兼容，而且也不适用于学术界。在学术领域，参考文献管理工具 ReadCube 能让网络读者注解 PDF 文档，但是这种软件是私人拥有的。
相比较来看，Hypothes.is 平台的开放源特征意味着任何人都能够利用其创建注释，就像人们用标准技术创建其网页那样。该公司还是万维网联盟（制定注释标准及其交流方式的网络标准机构）的成员之一。该网站希望，允许注释的网页能够采用同样的标准和原则，使该功能方便使用和互动。该工作组已经公布了其标准的一个草拟版本，并有望在 2016 年末完成。
运行方式
现在，Hypothes.is 用户有若干种选择创建及查看注释。这些选择包括浏览器书签、浏览器工具条或者是添加「via.hypothes.is/」到任何统一资源定位符的开头。
当 Hypothes.is 用户打开一个网页之后，例如一篇学术文章，网络浏览器会显示用户能够看到的任何批注。那些表示高度强调的词汇以及评价会出现在文本的最上方，用户能够在此基础上增加他们自己的评论，就像学生在教科书上做记号那样。系统会默认这些注解是公开的，但是它们也能够选择作为不开放的个人评论。去年 11 月 3 日系统升级后，批注还可以在私人群组之间进行分享。这将会让这些工具被用于期刊俱乐部、课堂训练，甚至是同行评议。
如果做过注解后，一个网页发生了变化，那么软件就会利用「模糊控制」逻辑，将注解与其原文中的近似处相匹配。该系统还可以用于标注从 HTML 超文本标记语言到 PDF 转换过程，反之亦然。
相关注解被储存在 Hypothes.is 的服务器上，Whaley 表示，2015 年，服务器已经记录了来自约 1 万名用户的 25 万条左右的评论和注释。例如，在 2015 年 10 月飓风帕特里娜发生后，气候学家对 mashable.com 网站许多开放获取的文章作了大量评论。Whaley 补充说，如果出版商希望自己处理这些注释，或是公司希望对相关注释保密，可以通过同样的软件平台管理它们自己的服务器。
合作搭档
现在，Hypothes.is 的用户已经能够批注任何网页——包括研究论文和他们可以看到的付费阅读文章。近日公布的正式合作伙伴关系见证了一些出版商为鼓励科研人员进行在线批注付出的努力，包括处理让批注系统磕绊难行的一些内容，比如网页页面和内嵌读物等。
例如，JSTOR 数字图书馆正在研发一种 Hypothes.is 定制的工具，并将其用于伊利诺伊州芝加哥文学组织和出版商全国诗作基金会教育的项目。纽约 JSTOR 实验室主任 Alex Humphreys 说，教师可以用该工具在课堂上为诗歌作注解。他们可以选择要作批注的诗歌，然后用复本建立一个专用页面，并限制只有该班集体能够看到这些注解。学生也能够建立个人注解，并在小组内分享。Humphreys 表示，该工具即将登场。
英国剑桥大学科学出版商 eLife 也对使用 Hypothes.is 代替同行评议系统的可行性进行了测试，该公司技术主管 Ian Mulvany 说。eLife 计划把一个重新设计的系统与注解平台合并，用来代替其目前使用的评论系统 Disqus。Mulvany 表示，至少 Hypothes.is 为多目标评论提供了一种机制，相当于把评论从一个网页的底部移到了文章的主体部分。
还有一个合作伙伴是由纽约康奈尔大学图书馆管理的 arXiv 预印本文库，该机构已经在研究让注解可以在多个不同的文章版本中流动，信息学家、arXiv 技术研发部主任 Simeon Warner 说。
不只是「涂鸦」
Hypothes.is 计划采取措施改善其平台，包括验证评论人的身份，其方法是通过并入研究人员独特的 ORCID（开放研究者和作者用户标识）数字档案。通过促进科学家对出版文献的评论，过滤掉不需要的空白区域，将会把学术人员使用该系统的状态向前推进一大步，arXiv 创始人、康奈尔大学物理学家 Paul Ginsparg 说：「如果人们开始阅读文章，他们看到了这些类似于涂鸦的评论，并将其关掉，结果他们的实验可能失败。」
如果这一措施启动，在线注解将会代表学术交流方式产生的根本性转变，该团队成员、澳大利亚珀斯科廷大学文化与技术中心的 Cameron Neylon 说。
Neylon 解释说，目前学术出版过程常常需要把文件从一个地方搬到另一个地方。研究人员准备手稿，和同事分享稿件，加入评论，然后将其递交给出版商；期刊编辑把复本给同行评议研究人员审核、把他们的评语返还给作者；作者然后再和期刊编辑反复通信，直到修改完终稿；文章发表后，读者会对其进行评论。
Neylon 表示，利用开放源注解平台，文章就是注意力的焦点。随着时间的发展，评论会变得越来越多，不同的贡献者可以通过改变谁有权看到文章以及评论来管理内容。「你可能把这当成一种让那些评论可以在时间上和不同版本上自由移动的结构，而我们以前从来没有这么做过。」他说。
但是 Ginsparg 指出，并不清楚研究人员是否愿意在线注解，即便技术允许他们可以对评论保密或是让评论在小组内分享。「现在，让科学家广泛进行在线评论注解仍缺乏激励措施。」他说，「这也是一项需要开展的实验。」