学术论文是反映科研成果的最直接载体，科研人员把论文发表在专业期刊杂志上、与同行交流切磋，这本来是国际学术界的通行做法。大部分从事科研的人也认可论文在很大程度上能够反映学术的真实水平；从管理者的角度看，「数论文」也是相对简单易行的考核方式——所有这些因素，都使论文演变为科研考核的重要指标。
从最新数据看，中国科技人员发表的国际论文数量和被引用数量，连续两年排在世界第四位，发表于国际著名刊物的论文数排在世界第五位。2014 年，三大著名国际学术期刊《科学》、《自然》和《细胞》共刊登中国论文 177 篇，连续两年排在世界第五位。这些被很多人视作中国科研实力增强的象征。
但如果包括论文在内的科研考核成了货真价实的「指挥棒」，就有点变味了。按理说，科研人员应该是凭着兴趣，或者解决问题的现实需求去探索研究，如果头上有根无形的「指挥棒」，很可能就背离了科学研究的本义。更值得警惕的是，现实中这种「指挥棒」居然能够占有压倒性优势，甚至出现唯论文论英雄、论文崇拜和国际学术期刊迷信等怪现象。
尤其是当论文数量、被引用数量成为和评职称、发奖金等现实利益密切相关的指标时，论文和学术之间的关系开始被异化，甚至出现了「倒挂」现象——到底科研是为了发论文，还是为了取得科学上的突破？混沌之中，有些人深陷其中忙着写论文而「傻傻分不清楚」，有些人则因为有利可图，揣着明白装糊涂。
深究背后原因，可以发现行政对学术干预太多的因素。有位科学家讲了一个故事：有一项任务，是测一座塔的高度。麻省理工的学生马上架着梯子去测了高度；普林斯顿的学生首先去证明塔是否存在，存在了才有高度；而哈佛大学经济学系的学生则给了管塔的人 10 美元，就问到了塔的高度。
这个故事一方面是说不同学科培养的人才应具有不同的特点，另一方面也说明，不能拿固定的标准去衡量一门学科。但当前科研考核的量化指标太重、甚至「一刀切」的现象明显，说明作为考核者的行政管理部门还没有完全遵循科学研究的规律，对相关科学研究的进展还没有达到应有的了解程度。
其实科研人员并不排斥考核，一定的压力还可以激发斗志。但科学研究往往需要较大的自由度，不同学科之间、冷门研究和热门领域之间差别很大。比如，搞基础研究的论文数量往往比不过搞应用研究的，如果单纯拿论文数量去竞争职称，搞基础研究的研究人员就没有优势可言。对基础研究人员的考核，其周期应更长一些。而对新技术、新产品开发等，则应更多关注技术专利和创造的市场价值。
作为考量科学研究和技术开发的评价方式，「指挥棒」应更加科学。否则的话，手段就会变成目的，把科技人员指引到错误的方向和道路上去，既浪费了宝贵的科研经费，也贻误了他们的青春和生命。