国家自然基金科学基金委员会于2012年11月29日下发《 关于2013年度国家自然科学基金项目申请与结题等有关事项的通知》，与往年相比，有以下几点变动之处：
特别说明：
自从2014年起，已经连续2年（本次指2012年度和2013年度）中请面上项目未获资助的项目申请人，暂停1年面上项目申请资格。
申请须知：
2013年部分学科领域继续试行“申请代码”、“研究方向”和“关键词”的规范化选择，包括地理学（D01及其下属申请代码）、电子学与信息系统(F01及其下属申请代码)和肿瘤学（H16及其下属申请代码）。 上述学科领域项目的申晴人在填写申请书简表时，应参考“试点学科领域申晴代码、研究方向和关键词一览表”准确选择“申请代码1”及其相应的“研究方向”和 “关键涧”内容。该一览表详见自然科学基金委网站(http://www.nsfc,gov.cn/)“申请受理”栏目下的“特别关注”。
一、接收与发放项目材料
（一）接收
自2013年起，自然科学基金委常设“项目材料接收工作组”（以下简称材料接收组），负责统一接收依托单位报送或邮寄的《国家自然科学基金申请书》（以下简称申请书）、《国家自然科学基金资助项目计划书》和《国家自然科学基金资助项目结题报告》（以下简称结题报告），自然科学基金委各科学部及相关局室不再接收上述材料。自然科学基金委不接收个人直接报送和非依托单位报送的项目材料。
（二）发送
自然科学基金委定期向依托单位统一发送资助项目批准通知和资助项目准予结题通知。
二、项目申请
（一）关于项目指南
1．自2013年开始，对申请项目的限项规定进行部分调整：
(1)国家重大科研仪器设备研制专项（自由申请项目）计入有关限项申请总数。
(2)上年（注：本次指2012年）、已获得科学基金资助-（不包括一年期资助项目）的项目负责人当年不得申请同类型项目。
2．自2014年开始，上两年（注：本次指2012年和2013年）连续申请面上项目未获得资助的申请人当年暂停面上项目申请1年。
3．依托单位应对本单位在站博士后人员的项目申请分别提侠，书面承诺函，该承诺函作为附件随纸质申请书一并报送。
（二）项目申请接收
1．自然科学基金委2013年度项目申请集中接收工作自2013年3月1日开始，3月20日16时截止（法定节假日不办公，3月16日和17日除外）。
2.2013年度集中接收申请的项目类型包括：面上项目（含青年科学基金一面上项目连续资助项目）、重点项目、重大项目、重大研究计划项目、国家基础科学人才培养基金项目、青年科学基金项目、优秀青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金项目、地区科学基金项目、海外及港澳学者合作研究基金项目、联合基金项目、国家重大科研仪器设备研制专项（自由申请项目）、科学仪器基础研究专款项目、数学天元青年基金项目、重大国际（地区）合作研究项目、组织间国际（地区）合作研究项目和组织间国际（地区）合作交流项目等。不在集中接收申请范围的项目类型及其申请接收时间将另行公布。
3.对于随时受理申请的国际（地区）合作与交流项目，申请人应避开集中接收期提交申请。
（三）申请人事项
2013年度申请书撰写采用离线和在线两种方式：
(1)采用离线撰写申请书方式的项目类型包括：面上项目（不含青年科学基金一面上项目连续资助项目）、青年科学基金项目和地区科学基金项目。
(2)采用在线撰写申请书方式的项目类型包括：重点项目、重大项目、重大研究计划项目、国家基础科学人才培养基金项目、青年科学基金一面上项目连续资助项目、优秀青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金项目、创新研究群体项目、海外及港澳学者合作研究基金项目、联合基金项目、国家重大科研仪器设备研制专项、科学仪器基础研究专款项目、科普项目、数学天元青年基金项目、重大国际（地区）合作研究项目、国际（地区）合作研究与交流项目等。
（四）受理信息公布
自然科学基金委于2013年5月5日前公布申请项目初审结果，并受理复审申请。
三、项目结题
自2012年开始，应结题项目的结题报告采用项目负责人在线撰写、依托单位在线审核的方式。
四、资助项目进展报告及管理工作年度报告
自2012年开始，《国家自然科学基金资助项目进展报告》（以下简称进展报告）采用项目负责人在线填写、依托单位在线审核的方式；依托单位无需提交纸质材料。
站内博士后项目申请注意事项：
正在博士后流动站内从事研究的科学技术人员申请科学基金项目，需要由依托单位提供书面承诺，保汪在获得项目资助后延长其在博士后流动站的期限至项同资助期满；或者是出站后继续留在依托单位从事科学研究。每份申请的书面承诺由依托单位盖章附在纸质申请书后一并报送。否则，自然科学基金委不受理在站博士后人员的项目申请。