上午胖子发来一篇Nature文章,做Medulloblastoma的外显子测序,找Somatic Mutation。Medulloblastoma这玩意儿是啥咱就不说了,反正我也不关注。我和胖子感兴趣的是他的Figure 2,是用我们09年开发的工具DOG (Ren et al. DOG 1.0: Illustrator of Protein Domain Structures. Cell Research. 2009, 19:271-273) 做的。
这个工具可以用来显示蛋白质序列的功能结构域和各种位点信息,1.0的版本偏弱,2.0 beta版本增加了一张图里多个序列的结构域和位点显示,其他功能也增强了不少。我们准备再加一个数据库功能,就可以正式发布2.0了。当年做这个东西很偶然:写文章我要画蛋白质的结构域和修饰位点,拿PhotoShop画吧,那是拿大刀砍蚊子;拿Powerpoint画吧,既麻烦又不精确。一怒之下干脆自己做一个。做起来也快,胖子技术没问题,一个月搞定投稿。审稿意见回来,轻描淡写的质疑了一下有用性,我们也意思意思就回过去了。
文章发了就麻烦了。那时还在科大,投之前给同事看的时候,大家都不相信,说你这玩意儿怎么好意思发呢?不过想想,Cell Research,就当灌水吧。然后感慨国内的杂志办的真是不怎么样,什么乱七八糟的玩意儿都发。等发完了,跟同行交流,一看,都是倒抽一口凉气,嘴上说你这挺好玩,心里面嘀咕这啥玩意儿。所以问题就在这里,当别人都觉得你做的是垃圾的时候,起码你自己得相信你在做实事儿,假如你尽力去做了。看上去简单的东西,做起来未必简单,比如DOG这样的工具,现在仅此一家,别无分号。所以你爱用不用,不用边儿呆着去。
文章发出来,意想不到的是,不少人写信来说好,好用。其中有一位因为要发文章,需要特定的格式,1.0那时实现不了,所以再他的建议下,我们完善了一下功能,后来他这个文章里专门在致谢里感谢了我们的帮助。再后来这东西慢慢就被用起来了。前段时间去开会,王俊在上面做报告,我一看,这图必须是DOG画出来的,标志性的折线和配色方案,不是说仿造不了,而是你有那个时间画两个小时自己画,不然花个五分钟用DOG摆平拉倒。挺得意。
当然今天这篇引文更让我们高兴:简单的东西做好了,也是好的工作。何况我们累死累活做一堆东西,除了GPS被Science引用过一次,就没有更好的引用了。DOG是我们第一次被Nature引用。咱得好好做,争取被Cell引用,这样就全了。
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