根据国家自然科学基金委员会（NSFC）与美国国立卫生研究院(NIH)双边合作协议，2012年双方共同进行了第二轮生物医学合作研究项目的征集与评审。共受理144项申请，以下42个项目获得批准（执行期限2013年1月-2013年12月）：
| 序号 | 受理号 | 项目名称 | 中方申请人及单位 | 美方申请人及单位 |
| 1 | 812111022 | mdm2的选择性剪接在调控UVB诱导的和氧应激介导的凋亡中的作用及机理 | 唐丽灵 重庆大学 | Shiyong Wu Ohio University |
| 2 | 812111027 | HIV-1 Vpu与宿主细胞限制因子Tetherin的拮抗作用 | 于湘晖 吉林大学 | Eric O. Freed HIV Drug Resistance Program |
| 3 | 812111052 | 新型夫拉平度类似物的抗HIV作用研究 | 肖志艳 中国医学科学院药物研究所 | Kuo-Hsiung Lee The University of North Carolina at Chapel Hill |
| 4 | 812111141 | 肺癌CT图像筛检改进算法研究 | 田捷 中国科学院自动化研究所 | Robert Gillies Moffitt Cancer Center |
| 5 | 812111154 | HIV/SIV颗粒稳定性和ENV三聚体复合物的冷冻电镜分析 | 朱平 中国科学院生物物理研究所 | James Binley Torrey Pines Institute for Molecular Studies |
| 6 | 812111121 | 病毒介导的I型干扰素诱导 | 刘迎芳 中国科学院生物物理研究所 | Genhong Cheng University of California, Los Angeles |
| 7 | 812111114 | BRCA1在DNA双链断裂修复和乳腺癌治疗中的作用 | 姜伟 中国医学科学院 | Xiaohua Wu The Scripps Research Institute,TSRI |
| 8 | 812111146 | 治疗乙型肝炎病毒感染的细菌类药物 | 吴建国 武汉大学 | Sangwei Lu University of California at Berkeley |
| 9 | 812111134 | 炎症小体在炎性肠病发生发展中的功能与机制研究 | 孟广勋 中国科学院上海生命科学研究院 | Warren Strober National Institutes of Health |
| 10 | 812111051 | 单等位基因表达调控在剪接因子SR蛋白驱动的肿瘤发生中的作用 | 吴强 上海交通大学 | Adrian Krainer Cold Spring Harbor Laboratory |
| 11 | 812111110 | 巨细胞病毒基因在毒力和复制中的功能 | 肖庚富 中国科学院武汉病毒研究所 | Fenyong Liu University of California at Berkeley |
| 12 | 812111100 | 抗HIV的GPI锚定抗体衍生物 | 周保罗 中国科学院上海生命科学研究院 | Jason T. Kimata Baylor College of Medicine |
| 13 | 812111028 | Smurfs在Hedgehog信号转导与髓母细胞癌中的作用 | 程雁 南京医科大学 | Ying E. Zhang NCI/NIH |
| 14 | 812111038 | 联合靶向HIV-1 NCp7蛋白与gp41融合肽的直肠杀微生物剂研究 | 张晓燕 复旦大学 | Ettore Appella Laboratory of Cell Biology, National Cancer Institute, NIH |
| 15 | 812111020 | 靶向gp120和gp41的多特异性HIV-1进入抑制剂 | 姜世勃 复旦大学 | Dimiter S DIMITROV Protein Interactions Group, Center for Cancer Research Nanobiology Program, National Cancer Institute, National Institute of Health |
| 16 | 812111033 | 以促进MRSA定植和感染的细胞壁锚定蛋白SasX作为疫苗靶点的初步研究 | 李敏 复旦大学 | Michael Otto National Institutes of Health |
| 17 | 812111098 | 通过多疾病分析揭示孤独症的遗传学机制 | 邢清和 复旦大学 | Dennis Wall Harvard Medical School |
| 18 | 812111011 | 调控T细胞分化成熟的信号转导及机制 | 刘小龙 中国科学院上海生命科学研究院 | Sun Shao-Cong The University of Texas MD Anderson Cancer Center |
| 19 | 812111122 | 硒蛋白K在泡沫细胞形成及动脉粥样硬化中的免疫调节作用 | 黄峙 暨南大学 | Peter HOFFMANN University of Hawaii |
| 20 | 812111108 | 精神分裂症miRNA表达特征的识别以及miRNA基因单核苷酸多态与精神分裂症易感性关联的研究 | 李克深 广东医学院 | Zheng LI National Institute of Mental Health, National Institues of Health |
| 21 | 812111083 | 细胞介导的免疫应答在金黄色葡萄球菌多价结合疫苗中的保护作用及机制研究 | 邹全明 中国人民解放军第三军医大学 | Jean C. LEE Harvard Medical School, Boston, MA |
| 22 | 812111129 | 首发精神分裂症的生物学标志 | 王继军 上海市精神卫生中心 | Donald GOFF New York University School of Medicine |
| 23 | 812111145 | 双相情感障碍自我平衡失调的生物学标记中美协作研究 | 李涛 四川大学 | Kathleen Merikangas National Institute of Mental Health |
| 24 | 812111102 | 增强CIK(NK-T)细胞向肿瘤的归巢能力 | 张毅 郑州大学 | Pawel Kalinski University of Pittsburgh |
| 25 | 812111084 | 应用多价疫苗免疫huCD4/CCR5转基因小鼠筛选广谱抗HIV-1中和性抗体 | 杨东亮 华中科技大学 | Yong GAO Case Western Reserve University |
| 26 | 812111103 | Arc调节Shank3的表达和泛素化研究 | 涂建成 武汉大学 | Paul F. WORLEY Johns Hopkin University |
| 27 | 812111095 | CycK蛋白复合体在HIV复制中的作用机制研究 | 李沁桐 四川大学 | Boris Peterlin University of California, San Francisco, UCSF |
| 28 | 812111140 | 探测血脑屏障功能的高灵敏成像剂的开发及其PET成像研究 | 彭以元 江西师范大学 | Pike Victor, W. National Institute of Mental Health, National Institutes of Health |
| 29 | 812111064 | Sp4基因缺陷鼠脑免疫组化和蛋白质组学系统研究 | 万春玲 上海交通大学 | Xianjin Zhou University of California San Diego |
| 30 | 812111049 | 微生物来源的抗MRSA和VRE化合物筛选与作用机制研究 | 张立新 中国科学院微生物研究所 | Michael Gilmore Harvard Medical School |
| 31 | 812111068 | 利用系统进化方法研究北京MSM人群的HIV传播关系 | 邢辉 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心 | Sten H.Vermund Vanderbilt University |
| 32 | 812111088 | 中国艾滋病病毒感染者心脏脂肪变性流行病学研究 | 汪宁 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心 | Shenghan LAI Johns Hopkins Medical Institutions |
| 33 | 812111009 | HIV-1感染NK细胞调节免疫压力的机制研究 | 邵一鸣 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心 | Altfeld Marcus Ragon Institute of MGH, MIT and Harvard |
| 34 | 812111070 | 乳腺癌易感位点的等位基因不平衡表达 | 任泽舫 中山大学 | Wei ZHENG Vanderbilt University |
| 35 | 812111017 | 老龄宿主T细胞对血吸虫感染的免疫反应 | 吴忠道 中山大学 | Su Dongming University of North Texas, Health Science Center at Fort Worth |
| 36 | 812111149 | Capuramycin类抗生素生物合成机制在新一代抗结核药物发现中的应用 | 杨兆勇 中国医学科学院医药生物技术研究所 | Van lanen Steven College of Pharmacy, University of Kentucky |
| 37 | 812111023 | 靶向衣壳蛋白的抗病毒抑制剂对中国重组HIV流行株的敏感性和耐药性研究 | 马丽英 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心 | Asim Debnath Lindsley F. Kimball Research Institute New York Blood Center |
| 38 | 812111132 | 精神分裂症丘脑功能障碍的多模态成像研究 | 张敏鸣 浙江大学 | Robert Freedman University of Colorado |
| 39 | 812111167 | 儿童脑血流图谱 | 范勇 中国科学院自动化研究所 | Danny Jiongjiong Wang University of California, Los Angeles |
| 40 | 812111126 | MTC-220及其类似物肿瘤靶向纳米递释系统的研究 | 刘刚 清华大学 | Kit Lam University of California, Davis |
| 41 | 812111177 | 发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒防治对策研究 | 梁米芳 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所 | Heinz Feldmann National Institutes of Health |
| 42 | 812111081 | RDGN网络整合前列腺癌细胞雄激素受体功能 | 吴孔明 华中科技大学 | PESTELLl Richard Thomas Jefferson University |